第 4 條
港航課掌理下列事項：
- 一、港灣設施維護管理事項。
- 二、港區範圍內船舶航行安全及秩序管理事項。
- 三、船席指定及調配管理事項。
- 四、港區安全管理及災害事故處理事項。
- 五、航行障礙避航通告及潮汐資料蒐集事項。
- 六、港區環境清潔及衛生管理事項。
- 七、港區範圍內港工作業管理及許可證核發事項。
- 八、信號台設備維護管理及船舶航行、交通管制事項。
- 九、船舶檢查丈量及建造、改造圖審核事項。
- 十、船舶登記註冊、船舶運送業、船務代理業、海運承擭運送業監理事項。
- 十一、船員及引水人及動力小船駕駛人監理事項。
- 十二、打撈業管理事項。
- 十三、船舶海事報告簽證項。
- 十四、資訊業務之開發、建置、執行事項。
- 十五、其他交辦事項。
第 5 條
業務課掌理下列事項：
- 一、商港設施經營管理事項。
- 二、商港營運發展企劃事項。
- 三、船舶貨物裝卸承攬業、拖駁船業經營許可事項。
- 四、港埠業務費計收事項。
- 五、商港服務費收取事項。
- 六、旅客服務事項。
- 七、客戶服務事項。
- 八、勞工安全衛生管理、訓練宣導及職業災害處理事項。
- 九、棧埠設施維護管理事項。
- 十、棧埠業務調派申請事項。
- 十一、其他交辦事項。
第 6 條
工務課掌理下列事項：
- 一、港區整體規劃計畫之擬訂及工程概算之審核、編製事項。
- 二、重大及新建工程設計、變更修正及查勘擬議處理事項。
- 三、工程發包、簽約、施工督導、考核、驗收及決算等業務事項。
- 四、發包工程完工驗收證明書之簽發事項。
- 五、緊急災害搶救工程事項。
- 六、工程圖檔建立及管理事項。
- 七、工程技術諮詢事項。
- 八、施工預算之擬訂審核及登記保管事項。
- 九、其他交辦事項。
第 7 條
秘書室掌理下列事項：
- 一、施政計畫、工作考成、為民服務、人民陳情案件、出國報告及動員業務事項。
- 二、各種會報彙辦、首長簡報製作及施政理念宣達事項。
- 三、印信典守、文書流程管理、文書處理、檔案管理及文書保密事項。
- 四、新聞轉核、參訪接待、睦鄰業務等公共關係事項。
- 五、財產管理、保險及變賣事項。
- 六、辦公廳舍修繕、維護及使用管理事項。
- 七、財物、事務用品採購及管理事項。
- 八、現金出納、有價證券保管品、出納帳冊報表處理事項。
- 九、不屬於其他各課、室掌理事項。
- 十、其他交辦事項。
第 8 條
人事室掌理下列事項：
- 一、機關組織編制事項。
- 二、機關人力規劃及評鑑事項。
- 三、任免、銓敘。俸給及遷調事項。
- 四、退休、離職、資遣及撫卹事項。
- 五、考核、獎懲及考成（績）事項。
- 六、表揚褒獎及申訴事項。
- 七、差假勤惰管理事項。
- 八、訓練、進修、講習、出國及考察事項。
- 九、保險、待遇、福利互助及各項補助費事項。
- 十、員工體育康樂活動有關事項。
- 十一、勞資關係、工作規則事項。
- 十二、人事資料管理事項。
- 十三、其他交辦事項。
第 9 條
會計室掌理下列事項：
- 一、年度預算編製事項。
- 二、預算分配、執行及保留事項。
- 三、收支審核及記帳憑證編製事項。
- 四、採購及出租業務監辦事項。
- 五、補助款申撥、保留事項。
- 六、會計報告編製及辦理上級暨審計機關查核事項。
- 七、會計簿籍編製及會計檔案管理事項。
- 八、年度決算編製。
- 九、料帳處理事項。
- 十、現金及預算執行查核項。
- 十一、統計業務事項。
- 十二、主計機構組織、主計人員之任免、遷調、考成（績）、考核、獎懲及訓練管理事項。
- 十三、其他交辦事項。