第 4 條
港航課掌理下列事項：
- 一、港區範圍內船舶航行安全及秩序管理事項。
- 二、船席指定及調配管理事項。
- 三、港區安全管理及災害事故處理事項。
- 四、航行障礙避航通告及潮汐資料蒐集事項。
- 五、港區環境清潔及衛生管理事項。
- 六、港區範圍內港工作業管理及許可證核發事項。
- 七、信號台設備維護管理及船舶航行、交通管制事項。
- 八、船舶檢查丈量及建造、改造船圖審核事項。
- 九、船舶登記註冊、船舶運送業、船務代理業、海運承擭運送監理事項。
- 十、船員及引水人及動力小船駕駛人監理事項。
- 十一、打撈業管理事項。
- 十二、船舶海事報告簽證事項。
- 十三、資訊業務之開發、建置、執行事項。
- 十四、其他交辦事項。
第 5 條
業務課掌理下列事項：
- 一、商港設施經營管理事項。
- 二、商港營運發展企劃事項。
- 三、船舶貨物裝卸承攬業、拖駁船業經營許可事項。
- 四、港埠業務費計收事項。
- 五、商港服務費收取事項。
- 六、旅客服務事項。
- 七、客戶服務事項。
- 八、勞工安全衛生管理、訓練宣導及職業災害處理事項。
- 九、辦理港埠作業委託事項。
- 十、專戶經理人之聯繫事項。
- 十一、其他交辦事項。
第 6 條
工務課掌理下列事項：
- 一、港區整體規劃計畫之擬訂及工程概算之審核、編製事項。
- 二、重大及新建工程設計、變更修與及查勘擬議處理事項。
- 三、工程發包、簽約、施工督導、考核、驗收、及決算等業務事項。
- 四、發包工程完工驗收證明書之簽發事項。
- 五、緊急災害搶救工程督導事項。
- 六、工程圖檔建立與管理事項。
- 七、工程技術諮詢事項。
- 八、施工預算之擬訂審核及登記保管事項。
- 九、其他交辦事項。
第 7 條
棧埠管理所掌理下列事項：
- 一、倉棧運用及規劃事項。
- 二、進出口貨物進倉申請及倉位分配事項。
- 三、貨棧登記證之申請、變更、撤銷、換照及相關海關業務事項。
- 四、船舶貨物裝卸承攬業，現場工作之督導、協調及建議事項。
- 五、港區危險品裝卸作業管理事項。
- 六、倉庫設施維護及管理事項。
- 七、船舶加水及管理事項。
- 八、裝卸量統計及效率分析事項。
- 九、民間機具進入港區受理申請事項。
- 十、裝卸作業勞工安全衛生督導事項。
- 十一、其他交辦事項。
第 8 條
港埠工程所掌理下列事項：
- 一、港埠設施維護工程年度預算之擬訂及執行事項。
- 二、新建工程預算書之擬定及執行事項。
- 三、港埠工程計畫之擬訂事項。
- 四、緊急災害搶救工程施工事項。
- 五、港埠工程採購契約規定有關工地現場環境污染防治督導事項。
- 六、海象資料蒐集整理事項。
- 七、測量資料、儀器之管理及維護事項。
- 八、其他交辦事項。
第 9 條
船機修理所掌理下列事項：
- 一、港勤船舶及機械之維修事項。
- 二、修船架固定機械設備維護、保養、汰換及管理事項。
- 三、各型車輛之維修事項。
- 四、所內用電設備之管理及維修事項。
- 五、船架之維護事項。
- 六、工程資料製作整理保管事項。
- 七、其他交辦事項。
第 10 條
秘書室掌理下列事項：
- 一、施政計畫、工作考成、為民服務、人民陳情案件、出國報告及動員業務事項。
- 二、各種會報彙辦、首長簡報製作及施政理念宣達事項。
- 三、印信典守、文書流程管理、文書處理、檔案管理及文書保密事項。
- 四、新聞轉核、參訪接待、睦鄰業務等公共關係事項。
- 五、財產管理、保險及變賣事項。
- 六、辦公廳舍修繕、維護及使用管理事項。
- 七、財物、事務用品採購及管理事項。
- 八、現金出納、有價證券保管品及出納帳冊報表處理事項。
- 九、不屬於其他各課、室、所掌理事項。
- 十、其他交辦事項。
第 11 條
人事室掌理下列事項：
- 一、機關組織編制事項。
- 二、機關人力規劃及評鑑事項。
- 三、任免、銓敘、俸給及遷調事項。
- 四、退休、離職、資遣及撫卹事項。
- 五、考核、獎懲及考成（績）事項。
- 六、表揚褒獎及申訴事項。
- 七、差假勤惰管理事項。
- 八、訓練、進修、講習、出國、考察事項。
- 九、保險、待遇、福利互助及各項補助費事項。
- 十、員工體育康樂活動有關事項。
- 十一、勞資關係、工作規則事項。
- 十二、人事資料管理事項。
- 十三、其他交辦事項。
第 12 條
會計室掌理下列事項：
- 一、年度預算編製事項。
- 二、預算分配、執行及保留事項。
- 三、收支審核及記帳憑證編製事項。
- 四、採購及出租業務監辦事項。
- 五、補助款申撥、保留事項。
- 六、會計報告編製及辦理上級暨審計機關查核事項。
- 七、會計簿籍編製及會計檔案管理事項。
- 八、年度決算編製。
- 九、料帳處理事項。
- 十、現金及預算執行查核事項。
- 十一、統計業務事項。
- 十二、主計機構組織、主計人員之任免、遷調、考成（績）、考核、獎懲及訓練管理事項。
- 十三、其他交辦事項：