第 4 條
自由貿易港區管理課掌理事項如下：
- 一、本港自由貿易港區規劃、申設及營運事項。
- 二、相關法規研定及建議事項。
- 三、自由貿易港區營運績效統計及分析事項。
- 四、專用車隊標誌之核發及管理事項。
- 五、加油用船標誌之核發及管理事項。
- 六、自由貿易港區事業專責人員訓練及發證事項。
- 七、從事物流之港區事業委外加工案件審查及核轉事項。
- 八、自由貿易港區事業貨物通（報）關、按月彙報及進出自由貿易港區門哨協調處理事項。
- 九、自由貿易港區事業優惠費用之數量及證明文件審查事項。
- 十、自由貿易港區事業雇用外勞及原住民協調管理事項。
- 十一、其他交辦事項。
第 5 條
倉儲裝卸課掌理事項如下：
- 一、倉棧運用及規劃事項。
- 二、本處經管貨棧登記證之申請、變更、撤銷及換照事項。
- 三、本處經管倉棧設施維修執行及遭受損壞案件處理事項。
- 四、有關本處防颱事項。
- 五、審核及查察航商貨主申請貨物滯留事項。
- 六、地磅業務查察及管理事項。
- 七、散裝貨物調整區之督導管理事項。
- 八、各棧埠作業機構作業秩序查察及督導事項。
- 九、各棧埠現場作業爭議調處事項。
- 十、各棧埠現場作業裝卸效率管理事項。
- 十一、裝卸作業違規事件處理事項。
- 十二、碼頭事業廢棄物清理之督導與協調事項。
- 十三、港埠倉儲裝卸作業技術之研究與建議事項。
- 十四、其他交辦事項。
第 6 條
旅運及勞安課掌理事項如下：
- 一、本港客運業務服務相關事項。
- 二、出境旅客服務費及旅客商港服務費收繳事項。
- 三、進出港旅客人數統計事項。
- 四、旅客服務中心設施、設備維護及管理之建議事項。
- 五、勞工安全衛生管理規劃及督導事項。
- 六、安全衛生設施、設備之規劃及督導事項。
- 七、勞工安全衛生教育訓練規劃及實施事項。
- 八、職業災害調查處理及統計事項。
- 九、勞工健康檢查配合作業及提供勞工安全衛生諮詢服務事項。
- 十、裝卸作業勞工安全衛生之督導建議事項。
- 十一、其他交辦事項。
第 7 條
綜合企劃課掌理事項如下：
- 一、各種會報彙辦及處務簡報製作事項。
- 二、施政計畫、工作考成、行政革新、為民服務及民眾陳情事項。
- 三、印信典守、文書流程管理、文書處理、檔案管理及文書保密事項。
- 四、財產管理、保險及變賣事項。
- 五、辦公室維護、公安、消防及使用管理事項。
- 六、動員準備業務配合事項。
- 七、財產物品、事務用品採購事項。
- 八、員工薪資及各項獎金核發、處理事項。
- 九、員工所得稅預繳申報事項。
- 十、其他不屬於各課、所、室之掌理事項。
- 十一、其他交辦事項。
第 8 條
機具所掌理事項如下：
- 一、機具設備需求擬訂事項。
- 二、機具設備及用料管理事項。
- 三、機具設備維護計畫及執行事項。
- 四、機具設備調配作業管理事項。
- 五、機具設備操作安全管理事項。
- 六、其他交辦事項。
第 9 條
人事室掌理事項如下：
- 一、機關組織編制事項。
- 二、分層負責及權責劃分事項。
- 三、機關人力規劃及評鑑事項。
- 四、任免、銓敘、俸給及遷調事項。
- 五、退休、離職、資遺及撫卹事項。
- 六、考核、獎懲及考成（績）事項。
- 七、表揚褒獎及申訴事項。
- 八、差假勤惰管理事項。
- 九、訓練、進修、講習、出國及考察事項。
- 十、保險、待遇、福利互助及各項補助費事項。
- 十一、員工文康活動及慶典集會事項。
- 十二、勞資關係及工作規則事項。
- 十三、人事資料管理事項。
- 十四、其他交辦事項。