第 5 條
本局設下列組、室、中心: 一、企劃組,分三科辦事。 二、航務組,分三科辦事。 三、船舶組,分三科辦事。 四、港務組,分四科辦事。 五、船員組,分三科辦事。 六、航安組,分四科辦事。 七、秘書室,分四科辦事。 八、人事室。 九、政風室。 十、主計室,分二科辦事。 十一、資訊室。 十二、北部航務中心,分六科辦事。 十三、中部航務中心,分四科辦事。 十四、南部航務中心,分六科辦事。 十五、東部航務中心,分三科辦事。
第 6 條
企劃組掌理事項如下: 一、國際組織事務之參與及研析。 二、海運相關法規制(訂)定、修正或廢止之研議及擬訂。 三、海運、港口、物流與商港自由貿易港區發展策略之規劃及研析。 四、國際公約之蒐集、研析、編冊、管理及國內法制化作業。 五、海運國際合作事務之研析及我國海運業者參與國際合作事務之輔導。 六、航港政策之研析及擬議。 七、海運貿易協議及談判之研析擬議。 八、派員駐境外辦事之作業及管理。 九、法令之研究、整理、編纂及諮詢。 十、其他有關企劃事項。
第 7 條
航務組掌理事項如下: 一、航業、海商相關法規制(訂)定、修正或廢止之研議及擬訂。 二、水運航線之規劃、船舶之調配及航線證書之核發。 三、航業設立登記、變更登記及註銷登記、費率之備查。 四、船舶運送業聯營組織及業務之監理督導。 五、臺灣地區與香港、澳門及大陸地區航運業務之處理。 六、違反航業法規規定及消費者保護案件之處理。 七、外國船舶運送業在臺分支機構之設立登記、變更登記、註銷登記及監督管理。 八、績優航商表揚之審核。 九、航運條約或協定之處理。 十、其他有關航務事務之處理。
第 8 條
船舶組掌理事項如下: 一、船舶相關法規制(訂)定、修正或廢止之研議及擬訂,船舶國際公約之認可及施行之擬議審核。 二、船舶之建(購)造、改造、修理、抵押、出售及拆解等事項之核議。 三、船舶(含小船)檢查、丈量、載重線或吃水尺度勘劃事項之業務督導。 四、船舶登記及小船註冊業務之督導。 五、船舶安全管理與查核、保全事項及保全等級之發布。 六、驗船機構之監督與管理及驗船師執業證書之核發、換發、補發。 七、船舶技術人員訓練、船舶技術規範、檢查技術標準之研訂及核議。 八、非中華民國國籍船舶申請進入非國際港灣口岸之特許。 九、水運動員準備相關事項之擬訂及執行。 十、其他有關船舶事務之處理。
第 9 條
港務組掌理事項如下: 一、商港港埠業監理業務之督導。 二、國內商港(不包括金門縣及連江縣國內商港)之經營及管理。 三、商港服務費之收取。 四、商港自由貿易港區管理機關應辦理事項之執行及督導。 五、港口設施保全之督導。 六、港區污染防治之督導。 七、商港公有公共基礎設施之建設管理。 八、港務管理相關法規制(訂)定、修正或廢止之研議及擬訂。 九、各港災害防救業務之督導。 十、其他有關港務事務之處理。
第 10 條
船員組掌理事項如下: 一、船員發展、培訓計畫之研議與相關國際公約認可之研擬及資料蒐集。 二、船員相關法規制(訂)定、修正或廢止之研議及擬訂。 三、船員規劃及研考業務之處理。 四、船員訓練設備購置補充之審議。 五、船員訓練機構、動力小船駕駛、遊艇駕駛及其訓練機構之管理。 六、船員各項訓練、適任性評估與航海人員測驗及發證之管理。 七、船員訓練計畫書核可之研擬。 八、水運動員之船員管理。 九、船員證件、最低安全配額、船員勞動條件及檢查之管理。 十、其他有關船員、動力小船與遊艇駕駛等事務之處理及督導。
第 10-1 條
航安組掌理事項如下: 一、燈塔與助航設施之設置、維護及管理。 二、航行安全相關法規制(訂)定、修正或廢止之研議及擬訂。 三、航行安全策略之規劃及研擬。 四、航船布告。 五、引水業務之監督及管理。 六、海難救護業務之監督及管理。 七、打撈業務之監督及管理。 八、海事案件之處理及統計分析。 九、海事評議事項之處理及評議會議召開。 十、其他有關航安等事務之處理及督導。
第 11 條
秘書室掌理事項如下: 一、印信典守及文書、檔案之管理。 二、出納、財物、營繕、採購及其他事務管理。 三、本局辦公廳、宿舍等不動產之取得及管理配置。 四、本局辦公廳、宿舍新建、擴建、遷建等營繕工程之審查、協調及督導。 五、本局辦公廳、宿舍、檔案、財產、車輛管理之督導考核及工程施工查核。 六、國會聯絡、媒體公關事務之政策規劃、研擬、執行及管考。 七、工友(含技工、駕駛)及駐衛警之管理。 八、本局災害防救之聯繫及安全防護。 九、不屬其他各組、室、中心事項。