第 3 條
主任工程司權責如下: 一、承處長、副處長之命,統籌督導本處各項工程建設。 二、審核各業務單位呈判(核)文稿及施工計畫、報告。 三、主管業務之規劃、推動及執行。 四、綜合文件之督導撰擬。 五、主管業務報告之編擬。 六、其他交辦事項。
第 5 條
綜合課掌理事項如下: 一、規劃業務可行性研究之預算審查、綜合評估、契約管理及審查報告。 二、工程管考業務。 三、統計及調查業務(含國土資訊系統相關資料)。 四、地上物測量、查估及拆遷。 五、各項專案計畫與工程簡報之編擬及製作。 六、工程材料之採購執行、讓售及廢料處理。 七、工程紀錄及施工照片之彙整。 八、電子化作業軟硬體建置與維護、資訊系統管理、網路管理、網站與郵 件系統等網際網路、資訊安全防護及稽核。 九、其他有關綜合業務事項。
第 6 條
工務課掌理事項如下: 一、軌道與測量工程之規劃及設計。 二、工程災害調查及預防。 三、土木建築工程之採購(招標文件)、預算審核及工法研擬。 四、工務工程契約管理及查核。 五、土木建築工程及景觀生態保育。 六、工程進度管制及計價審查。 七、工程履約爭議處理。 八、工程竣工、驗收及決算。 九、工務工程統計與查核及相關技術之建立。 十、其他有關工務事項。
第 7 條
機電課掌理事項如下: 一、機電設備之系統架構、功能及安全之規劃。 二、電力工程設計之審核及施工之規劃督導。 三、號誌工程設計之審核及施工之規劃督導。 四、電務與機務工程設計之審核及施工之規劃督導。 五、機電工程採購(招標文件)。 六、機電工程統計、查核及管考。 七、機電工程施工及預算書之編審。 八、其他有關機電事項。
第 8 條
運務課掌理事項如下: 一、新建或改建站場行車運管設施之規劃與設計審查及配合。 二、配合臺灣鐵路管理局相關規定,統籌辦理於鐵路沿線施工所需之路線 封鎖或斷電、慢行或開行工程列車及保安條件變更。 三、與鐵路施工相關道路設施安全及交通維持計畫之審議。 四、鐵路平交道廢止、改道或新設施工專用平交道之查驗。 五、鐵路沿線施工安全之訓練。 六、臨時軌與臨時站之切換及竣工之聯合檢查。 七、永久設施設備切換與移轉及鐵路從業人員訓練。 八、鐵路場站安全逃生、防災計畫與安全設施設備之設計及審查。 九、其他有關運務事項。
第 9 條
技術課掌理事項如下: 一、土建及機電等介面工程之整合。 二、鐵路設施建物與軌道等設置之系統技術及施工方法或品質管制。 三、各工程技術規範(含製圖)之研議、訂定、修正及技術圖書之管理。 四、施工品質(品保)查核及督導追蹤。 五、勞工安全衛生管理。 六、環境影響評估及水土保持。 七、災害防救及緊急應變。 八、公共藝術設置。 九、國內外工程技術研討會及相關技術訓練。 十、其他有關技術事項。
第 10 條
秘書室掌理事項如下: 一、施政方針、施政計畫、工作報告及重要資料之彙編。 二、重要會議、會報之籌備與記錄、各種會議會場佈置及各項活動之配合 辦理。 三、重要業務與交辦案件之管制、機要事務之辦理及分層負責明細表之研 擬。 四、公共關係聯繫與輿情資料蒐集及分析。 五、印信典守、文書收發、繕校、公文稽催及檔案管理。 六、員工薪餉清冊之編造、核發及所得稅扣繳。 七、現金出納、票據、有價證券保管及出納帳冊表報處理。 八、駕駛、技工、工友及臨時人員之管理;公務車輛之採購、管理、汰換 、維護、保養及油料購發。 九、財物之購置、保管、各種庶務與財產之異動登記及保管。 十、其他不屬各課、室事項。
第 11 條
人事室掌理事項如下: 一、人事規章與人事管理之改進建議及研究發展。 二、組織編制、預算員額、人力規劃、辦事細則及權責劃分。 三、人員考試分發、甄選、任免遷調、動態、銓敘審定及俸給。 四、人員考核、獎懲、考成(績)、服務及差勤管理。 五、人員保障及褒揚。 六、人員出國、訓練、進修及考察。 七、人員退休、資遣、撫卹及保險。 八、人員待遇、福利及文康活動。 九、人事資料登記、保管及表報之編報。 十、其他有關人事事項。
第 12 條
會計室掌理事項如下: 一、預 (概) 算之籌編及分配預算之編報。 二、會計報告、決算之編製與年度經費預算控制及支出審核。 三、代收、代付款、財產統制帳、總分類帳及明細分類帳之登錄。 四、各項採購之會核及會同兼辦。 五、工程施工預算、決算及竣工驗收表件之會核。 六、各項經費流用及代收代付款項憑證之審核。 七、歲出(入)應付(收)款之保留。 八、付款憑單、轉帳憑單、收支傳票及轉帳傳票之編製。 九、公務統計資料之收集及報送。 十、其他有關會計事項。
第 13 條
政風室掌理事項如下: 一、政風法令之研擬、訂定、修正及宣導。 二、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉。 三、政風興革之建議。 四、政風考核獎懲之建議。 五、公務機密之維護。 六、危害或破壞本機關事件之預防及陳情、請願之協助處理。 七、公職人員財產申報及審查。 八、政風督導小組之規劃執行。 九、政風工作年度計畫之策劃、擬訂、預算編列及推動執行。 十、其他有關政風事項。
第 14 條
各工程段任務如下: 一、工程設計及施工預算之編製。 二、施工計畫之釐定。 三、施工測量。 四、工程施工及監造。 五、施工期間有關行車安全及車站之協調處理。 六、工程災害之緊急處理。 七、工程竣工之驗收及決算。 八、工程行政業務。 九、其他有關工務工程事項。