第 5 條
本局設下列組、室：
- 一、規劃組，分六科辦事。
- 二、土木建築組，分六科辦事。
- 三、機電技術組，分六科辦事。
- 四、工程管理組，分六科辦事。
- 五、營運監理組，分六科辦事。
- 六、產管開發組，分五科辦事。
- 七、秘書室，分三科辦事。
- 八、人事室，分二科辦事。
- 九、政風室。
- 十、主計室，分三科辦事。
- 十一、資訊室。
- 十二、法制室。
第 6 條
規劃組掌理事項如下：
- 一、鐵道運輸路網之研擬、策劃及推動。
- 二、鐵道工程建設計畫之研擬、審查、報核、協調、管制及考核。
- 三、鐵道工程建設計畫相關運務作業之研擬、規劃及審查。
- 四、鐵道工程建設計畫之財務規劃、預算籌編、財源籌措與調度、相關基金調度管理及民間參與策劃。
- 五、鐵道工程建設計畫環境影響評估之研擬、規劃、報核、協調及追蹤查核。
- 六、鐵道工程系統計畫噪音振動之評估。
- 七、鐵道工程技術文件之管理及鐵道相關業務資訊化之配合。
- 八、與國內外學術機構、營運機構、其他鐵道相關機構之技術合作及交流。
- 九、其他有關鐵道規劃事項。
第 7 條
土木建築組掌理事項如下：
- 一、地質調查、地工、水土保持相關工程之規劃及審查。
- 二、土建相關工程之規劃及審查。
- 三、場站建築、公共藝術、景觀植栽相關工程之規劃及審查。
- 四、軌道、線形、測量相關工程之規劃及審查。
- 五、水電、環控、電梯與電扶梯、建築物管理系統相關工程之規劃及審查。
- 六、設計服務契約之委託、管理及鐵道系統兩側禁限建管制事宜。
- 七、工程沿線排水、管線、聯外道路相關工程之規劃及審查。
- 八、其他有關土木建築事項。
第 8 條
機電技術組掌理事項如下：
- 一、鐵道系統技術、通用規格與國家標準之規劃、研議及推動。
- 二、鐵道產業發展事項之規劃、研議及推動。
- 三、系統安全、系統保證、系統整合之規劃、分析、技術研發及審查。
- 四、變電站、電車線、第三軌相關工程之規劃及審查。
- 五、號誌工程之規劃及審查。
- 六、通信、自動收費、旅客資訊設備、中央監控相關工程之規劃及審查。
- 七、列車與車輛、行李包裹處理設備工程之規劃及審查。
- 八、機廠維修設備、月台門、維修管理系統相關工程之規劃及審查。
- 九、切換作業之整合、協調及監督管理。
- 十、其他有關機電技術事項。
第 9 條
工程管理組掌理事項如下：
- 一、採購招標、比（議）價、決標、簽約與招標期間之疑義及爭議受理。
- 二、工程品質政策擬定、品質管理制度訂定、品質保證稽核與施工查核業務之彙辦及品質訓練。
- 三、工程契約管理及施工督導。
- 四、職業安全衛生計畫擬定、查驗制度訂定與稽核業務之彙辦、教育訓練及宣導。
- 五、工程履約爭議處理。
- 六、局購料帳之管理及稽查。
- 七、其他有關工程管理事項。
第 10 條
營運監理組掌理事項如下：
- 一、鐵道系統履勘作業及開始（停止）營運之審議。
- 二、鐵道系統行車運轉、行車人員技能體格之監督管理與列車駕駛執照之核發及管理。
- 三、鐵道系統旅客（貨物）運送之監督管理。
- 四、鐵道系統機車車輛檢修、土木建築、軌道、保安與防護、電信、電力及車站設備修建養護之監督管理。
- 五、鐵道系統營運、財務、安全管理與事故預防監督管理及事故調查。
- 六、鐵道系統災害防救緊急應變小組運作策劃、協調、執行、訊息彙整及發布。
- 七、鐵道系統附屬事業之監督管理。
- 八、督導鐵路機構辦理鐵道文化資產之管理及維護。
- 九、其他有關鐵道系統營運監理事項。
第 11 條
產管開發組掌理事項如下：
- 一、用地規劃、都市計畫研擬與變更作業及開發許可之申請。
- 二、路權界樁與都市計畫樁之測設、指界、公告、測定及協調。
- 三、用地取得、補償預算之編擬及其相關基金之管理。
- 四、用地內地上物、墳墓之拆遷補償。
- 五、高速鐵路、大眾捷運、輕軌系統路權土地、帳務、財產管理、土地租金收支及第三人申請公共利益使用之審查。
- 六、高速鐵路、大眾捷運、輕軌系統土地開發之規劃、評估、行銷及投資協助。
- 七、高速鐵路、大眾捷運、輕軌系統土地開發計畫之研擬、報核與招商計畫之公告、評選及投資契約之簽訂。
- 八、高速鐵路區段徵收計畫執行與財務、資產之管理、土地標售及處分。
- 九、其他經管土地與資產之使用、收益、處分及經營管理事項。
第 12 條
秘書室掌理事項如下：
- 一、印信典守及文書、檔案之管理。
- 二、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
- 三、本局與所屬機關辦公廳、宿舍等不動產之取得及管理配置。
- 四、本局與所屬機關辦公廳、宿舍新建、擴建、遷建等營繕工程之審查、協調及督導。
- 五、本局與所屬機關辦公廳、宿舍、檔案、財產、車輛管理之督導考核及工程施工查核。
- 六、國會聯絡、媒體公關事務之規劃、研擬、執行及管考。
- 七、工友（含技工、駕駛）之管理。
- 八、本局災害防救之聯繫及安全防護。
- 九、不屬其他各組、室事項。