第 4 條
倉儲課掌理下列事項：
- 一、倉棧運用及規劃事項。
- 二、進出口貨物進倉申請案件處理事項。
- 三、存倉貨物損害賠償及逾期貨物處理事項。
- 四、貨棧登記證之申請、變更、撤銷及換照事項。
- 五、倉棧設施維修執行事項。
- 六、有關本處防颱事項。
- 七、鐵路平交道看柵事項。
- 八、碼頭倉棧、辦公處所等出（退）租案件處理事項。
- 九、倉棧設施遭受損壞案件處理事項。
- 十、其他交辦事項。
第 5 條
管理課掌理下列事項：
- 一、裝卸作業規劃、督導、協調及建議事項。
- 二、裝卸作業事故處理事項。
- 三、港區危險品裝卸作業技術人員登記建檔事項。
- 四、貨櫃（物）裝卸量統計及效率分析事項。
- 五、裝卸作業重大違規案件處理事項。
- 六、國內航線貨物商港服務費案件處理事項。
- 七、公民營拖駁船業管理事項。
- 八、貨櫃碼頭設施出（退）租案件處理事項。
- 九、貨櫃碼頭設施、機具維修保養事項。
- 十、船舶貨物裝卸承攬業管理事項。
- 十一、其他交辦事項。
第 6 條
勞工安全衛生管理課掌理下列事項：
- 一、職業災害防止計畫釐訂及實施事項。
- 二、勞工安全衛生管理規劃及督導事項。
- 三、安全衛生設施檢點及檢查之規劃及督導事項。
- 四、巡視、定期檢查、重點檢查及作業環境測定之指導、督導事項。
- 五、勞工安全衛生教育訓練規劃及實施事項。
- 六、勞工健康檢查規劃及健康管理實施事項。
- 七、職業災害調查處理之督導及職業災害統計事項。
- 八、勞工安全衛生管理資料提供及建議事項。
- 九、其他交辦事項。
第 7 條
各作業庫區掌理下列事項：
- 一、庫區設施維護及管理事項。
- 二、庫區各項作業申請書表單查核、簽證及結報事項。
- 三、裝卸作業督導及政令宣導事項。
- 四、裝卸作業勞工安全衛生業務督導事項。
- 五、裝卸作業違規案件處理事項。
- 六、現場意外及偶發事件處理事項。
- 七、倉位分配計畫、貨物收授、分嘜、歸堆及保管事項。
- 八、倉棧安全及庫區環境清潔維護事項。
- 九、出租設施巡查及管理事項。
- 十、貨櫃（物）運送單製發事項。
- 十一、進倉貨物短卸、溢卸及破件處理事項。
- 十二、其他交辦事項。
第 8 條
機具所掌理下列事項：
- 一、機具需求擬訂事項。
- 二、機具設備及用料管理事項。
- 三、機具設備維護計畫及執行事項。
- 四、機具設備調派作業管理事項。
- 五、機具設備操作安全管理事項。
- 六、車機自用加儲油設施管理事項。
- 七、其他交辦事項。
第 9 條
旅客服務所掌理下列事項：
- 一、本港入出境旅客、客運業務服務及改進事項。
- 二、出境旅客服務費及商港服務費收繳事項。
- 三、進出港遊客人數統計事項。
- 四、旅運大樓維護及管理事項。
- 五、其他交辦事項。
第 10 條
秘書室掌理下列事項：
- 一、各種會報彙辦及首長簡報製作事項。
- 二、分層負責及權責劃分事項。
- 三、施政計畫、工作考成、行政革新、為民服務及人民陳情事項。
- 四、印信典守、文書流程管制、文書處理、檔案管理及文書保密事項。
- 五、新聞轉核、參觀接待、睦鄰業務等公共關係事項。
- 六、財產管理、保險及變賣事項。
- 七、辦公廳舍修繕、維護及使用管理事項。
- 八、動員準備業務配合事項。
- 九、財物、事務用品採購及管理事項。
- 十、現金出納、有價證券保管品及出納帳冊報表處理事項。
- 十一、營業稅申報事項。
- 十二、不屬於其他各課、室、所、作業庫區事項。
- 十三、其他交辦事項。
第 11 條
人事室掌理下列事項：
- 一、機關組織編制事項。
- 二、機關人力規劃及評鑑事項。
- 三、任免、銓敘、俸給及遷調事項。
- 四、退休、離職、資遣及撫卹事項。
- 五、考核、獎懲及考成（績）事項。
- 六、表揚褒獎及申訴事項。
- 七、差假勤惰管理事項。
- 八、訓練、進修、講習、出國、考察及勞工教育事項。
- 九、保險、待遇、福利、互助及各項補助費事項。
- 十、員工文康活動及慶典集會事項。
- 十一、勞資關係及工作規則事項。
- 十二、人事資料管理事項。
- 十三、其他交辦事項。
第 12 條
會計室掌理下列事項：
- 一、年度預算編製事項。
- 二、預算分配及執行事項。
- 三、收支審核及記帳憑證編製事項。
- 四、採購業務監辦事項。
- 五、會計報告編製及辦理上級暨審計機關查核事項。
- 六、記帳憑證、會計簿籍及會計檔案管理事項。
- 七、統計資料之蒐集、整理及編報事項。
- 八、其他交辦事項。