第 4 條
濬港課掌理下列事項：
- 一、港灣疏濬工程計畫擬訂事項。
- 二、疏濬工程設計、施工管理及驗收事項。
- 三、疏濬船機維護工程之辦理及預算書編製事項。
- 四、碼頭水下結構檢查及港埠工程水下勘查事項。
- 五、局內單位水下作業之辦理及局外單位一般水下作業之代辦事項。
- 六、港區沉船及海底物打撈清除事項。
- 七、其他交辦事項。
第 5 條
營建課掌理下列事項：
- 一、新建工程施工管理及驗收事項。
- 二、新建工程預算書擬訂、發包（含維護工程）、施工管理及驗收事項。
- 三、港工作業許可證分派查驗事項。
- 四、新建工程採購契約規定有關工地現場環境污染防制督導事項。
- 五、其他交辦事項。
第 6 條
修繕課掌理下列事項：
- 一、港埠設施維護工程年度預算之擬訂及執行事項。
- 二、維護工程修繕事項。
- 三、港區用電設備檢測事項。
- 四、緊急災害搶救工程事項。
- 五、維護工程採購契約規定有關工地現場環境污染防制督導事項。
- 六、其他交辦事項。
第 7 條
勞工安全衛生管理課掌理下列事項：
- 一、職業災害防止計畫釐訂及實施事項。
- 二、勞工安全衛生管理規劃及督導事項。
- 三、安全衛生設施檢點及檢查之規劃及督導事項。
- 四、巡視、定期檢查、重點檢查及作業環境測定之指導、督導事項。
- 五、勞工安全衛生教育訓練規劃及實施事項。
- 六、勞工健康檢查規劃及健康管理實施事項。
- 七、職業災害調查處理之督導及職業災害統計事項。
- 八、勞工安全衛生管理資料提供及建議事項。
- 九、其他交辦事項。
第 8 條
隧道管理中心掌理下列事項：
- 一、隧道維護年度預算擬訂及機電設備之操作、保養及管理維護事項。
- 二、隧道交通監控、安全管制、事故排除及災害應變處理事項。
- 三、隧道環境清潔及維護事項。
- 四、其他交辦事項。
第 9 條
秘書室掌理下列事項：
- 一、各種會報彙辦及首長簡報製作事項。
- 二、分層負責及權責劃分事項。
- 三、施政計畫、工作考成、行政革新、為民服務及人民陳情事項。
- 四、印信典守、文書流程管制、文書處理、檔案管理及文書保密事項。
- 五、新聞轉核、參觀接待、睦鄰業務等公共關係事項。
- 六、財產管理、保險及變賣事項。
- 七、辦公廳舍修繕、維護及使用等管理事項。
- 八、動員準備業務配合事項。
- 九、財物、事務用品採購及管理事項。
- 十、現金出納、有價證券保管品及出納帳冊報表處理事項。
- 十一、營業稅申報事項。
- 十二、不屬於其他各課、室、所、作業庫區事項。
- 十三、其他交辦事項。
第 10 條
人事室掌理下列事項：
- 一、機關組織編制事項。
- 二、機關人力規劃及評鑑事項。
- 三、任免、銓敘、俸給及遷調事項。
- 四、退休、離職、資遣及撫卹事項。
- 五、考核、獎懲及考成（績）事項。
- 六、表揚褒獎及申訴事項。
- 七、差假勤惰管理事項。
- 八、訓練、進修、講習、出國、考察及勞工教育事項。
- 九、保險、待遇、福利、互助及各項補助費事項。
- 十、員工文康活動及慶典集會事項。
- 十一、勞資關係及工作規則事項。
- 十二、人事資料管理事項。
- 十三、其他交辦事項。
第 11 條
會計室掌理下列事項：
- 一、年度預算編製事項。
- 二、預算分配及執行事項。
- 三、收支審核及記帳憑證編製事項。
- 四、採購業務監辦事項。
- 五、會計報告編製及辦理上級暨審計機關查核事項。
- 六、記帳憑證、會計簿籍及會計檔案管理事項。
- 七、統計資料之蒐集、整理及編報事項。
- 八、其他交辦事項。