第 4 條
- 1港務組設港灣、繫船、港勤、航管四科，掌理下列事項：
- 一、商港範圍檢討修訂及都市計畫相關業務處理事項。
- 二、港區安全管理及災害事故處理事項。
- 三、小船新（汰）建、停泊及違規管理事項。
- 四、船舶船員日用品供應業、船舶理貨業、船舶小修業、船舶公證業及船舶勞務業管理事項。
- 五、船席指定及調配管理事項。
- 六、船舶進出港口及港內航行交通管理事項。
- 七、船舶交通管理系統及導航設備維護管理事項。
- 八、港勤船舶作業維護管理事項。
- 九、民營港勤業務協調督導事項。
- 十、商港法與港務管理規則等法規擬議修訂事項。
- 十一、其他交辦事項。
- 2航管科下設管制台。
第 5 條
航政組設技術、監理、海事三科，掌理下列事項：
- 一、查丈量及建造、改造船圖審核事項。
- 二、解體船審核事項。
- 三、載客船舶適航性抽查事項。
- 四、船舶進出港簽證事項。
- 五、船舶登記及註冊事項。
- 六、船舶運送業監理事項。
- 七、船務代理業監理事項。
- 八、海運承攬運送業監理事項。
- 九、貨櫃集散站經營業監理事項。
- 十、打撈業管理事項。
- 十一、船員及引水人管理事項。
- 十二、船舶海事案件調查及海事評議業務事項。
- 十三、船舶航海及輪機記事簿核閱簽證事項。
- 十四、其他交辦事項。
第 6 條
業務組設企劃、營運、客戶服務、業務拓展四科，掌理下列事項：
- 一、商港設施經營管理事項。
- 二、船舶貨物裝卸承攬業、拖駁船業經營許可事項。
- 三、港埠業務費項目及費率擬訂計收事項。
- 四、商港服務費收取事項。
- 五、有關商港營運發展企劃事項。
- 六、辦理轉投資業務事項。
- 七、客戶服務事項。
- 八、商港法及國際商港棧埠管理規則等法規擬議修訂事項。
- 九、辦理自由貿易港區業務事項。
- 十、其他交辦事項。
第 7 條
工務組設規劃、設計、工事三科及測量隊，掌理下列事項：
- 一、發展計畫中之工程、設施規劃之擬訂事項。
- 二、港工作業許可證（陸上部分）核發事項。
- 三、各種港灣、土木、建築工程新建及更新之設計、繪圖、估價、審查、建照執照之取得、驗收事項。
- 四、工程發包、施工督導、考核、驗收、決算之處理事項。
- 五、航道、船席、泊地及沿岸水深測量，陸上地形、施工及港灣海象之測量調查事項。
- 六、工程圖檔建立及管理事項。
- 七、工程技術諮詢事項。
- 八、工程預算之擬訂及執行事項。
- 九、其他交辦事項。
第 8 條
機務組設機電、船機、通訊三科，掌理下列事項：
- 一、裝卸機具、船舶資料蒐集、研究及諮詢，長期發展計畫訂定暨中長程汰舊換新計畫審核事項。
- 二、裝卸機具、船舶採購規範編擬及請購事項。
- 三、裝卸機具、船舶修護制度之訂定及修正事項。
- 四、裝卸機具、船舶保養不定期檢查事項。
- 五、各種電力、電信、照明、消防、給水、空調、監視、電梯、加油設施及運輸機械等機電工程設計暨相關機、水、電證照請領事項。
- 六、機電、船舶相關工程設計標準蒐集、建立及圖檔管理事項。
- 七、船舶年度修護計畫編擬、統計及零星修理檢討事項。
- 八、有線、無線電訊架設管理及證照檢驗申請事項。
- 九、其他交辦事項。
第 9 條
勞安環保組設安全衛生、環境管理、污染防治三科及清潔隊，掌理下列事項：
- 一、勞工安全衛生管理、運作、檢查、訓練及宣導事項。
- 二、職業災害處理事項。
- 三、港區污染防制與協助海污事件處理事項。
- 四、毒性化學物質管理事項。。
- 五、生態保育與綠美化工作事項。
- 六、環境影響評估與監測事項。
- 七、港區環境清潔、衛生管理事項。
- 八、其他交辦事項。
第 10 條
研究發展組設港埠發展、航港資訊、法制業務三科，掌理下列事項：
- 一、港埠經營發展及策略企劃研究、評估、推動、追蹤事項。
- 二、航港發展、安全管理及相關產業經濟之研究事項。
- 三、研究成果引進、應用諮詢及處理事項。
- 四、國內外航港、財經資料蒐集及研析事項。
- 五、航港資料庫建立及資訊提供事項。
- 六、圖書蒐集、典藏及管理事項。
- 七、相關法制業務處理及資料蒐集事項。
- 八、相關法令適用疑義諮詢及處理事項。
- 九、協助各業務單位處理相關爭訟及理賠事項。
- 十、其他交辦事項。
第 12 條
資訊室設系統規劃、程式設計、電腦作業三科，掌理下列事項：
- 一、資訊業務發展計畫研擬修訂事項。
- 二、應用作業系統開發維護事項。
- 三、資訊設備規劃及預算編擬事項。
- 四、網路連線規劃、建置及管理事項。
- 五、電腦設備請購經管事項。
- 六、電腦系統管理操作事項。
- 七、資訊安全稽核事項。
- 八、資訊業務委外事項。
- 九、電腦事務用品經管事項。
- 十、資訊訓練事項。
- 十一、其他交辦事項。
第 13 條
秘書室設文書、研考、公關、事務、出納、財產六科及診療所，掌理下列事項：
- 一、各種會報彙辦及首長簡報製作事項。
- 二、分層負責及權責劃分事項。
- 三、施政計畫、工作考成、行政革新、為民服務、人民陳情及出國報告事項。
- 四、動員準備業務事項。
- 五、印信典守、文書流程管理、文書處理、檔案管理及文書保密事項。
- 六、新聞、國會聯繫、參觀接待、睦鄰業務等公共關係事項。
- 七、港埠設備資料拍攝保存及港史館展覽事項。
- 八、宣傳刊物編撰事項。
- 九、國際港埠協會、姊妹港及慶典活動事項。
- 十、財產、房地之登記、管理及保險事項。
- 十一、眷舍、宿舍、辦公廳舍營繕、維護及使用管理事項。
- 十二、財物、事務用品採購、變賣事項。
- 十三、現金出納、有價證券保管品及出納帳冊報表處理事項。
- 十四、營業稅申報事項。
- 十五、診療業務事項。
- 十六、不屬於其他各組、室事項。
- 十七、其他交辦事項。
第 14 條
人事室設三科，掌理下列事項：
- 一、機關組織編制事項。
- 二、機關人力規劃及評鑑事項。
- 三、任免、銓敘、俸給及遷調事項。
- 四、退休、離職、資遣及撫卹事項。
- 五、考核、獎懲及考成（績）事項。
- 六、表揚褒獎及申訴事項。
- 七、差假勤惰管理事項。
- 八、訓練、進修、講習、出國、考察及勞工教育事項。
- 九、保險、待遇、福利、互助及各項補助費事項。
- 十、員工文康活動及慶典集會事項。
- 十一、勞資關係、工作規則等事項。
- 十二、人事資料管理事項。
- 十三、其他交辦事項。
第 15 條
會計室設帳務、檢查、審核、預算、統計五科，掌理下列事項：
- 一、年度預算編製事項。
- 二、預算分配及執行事項。
- 三、收支審核及記帳憑證編製事項。
- 四、採購及出租業務監辦事項。
- 五、補助款申撥、保留事項。
- 六、會計報告編製及辦理上級暨審計機關查核事項。
- 七、記帳憑證、會計簿籍及會計檔案管理事項。
- 八、公務統計、應用統計分析及統計刊物編製事項。
- 九、主計人員管理事項。
- 十、其他交辦事項。