第 4 條
本署設下列組、室：
- 一、徵集組，分四科辦事。
- 二、甄選組，分四科辦事。
- 三、管理組，分五科辦事。
- 四、權益組，分三科辦事。
- 五、訓練組，分四科辦事。
- 六、秘書室，分四科辦事。
- 七、人事室。
- 八、政風室。
- 九、主計室。
第 5 條
徵集組掌理事項如下：
- 一、兵源政策之規劃、推動。
- 二、兵役徵集相關法規之擬（訂）定、解釋及執行。
- 三、役男兵籍調查、免役、禁役、緩徵及服補充兵之規劃、督導。
- 四、接近役齡男子與役男出境、換發護照及大陸地區、香港或澳門來臺役男與歸化我國國籍者、歸國僑民役男服役之規劃、督導及審查。
- 五、役男徵兵檢查、體位判等與替代役役男因病停役處理之規劃、督導及審查。
- 六、檢查醫院、複檢醫院之指定、協調、爭議處理及考核。
- 七、役男服常備兵役員額配賦、抽籤、徵集、入營輸送與義務役預備軍（士）官考選徵訓之規劃、督導及協調。
- 八、後備軍人之備役管理與國民兵年資查處、召集及動員之督導、協調。
- 九、役政資訊作業管理及維護。
- 十、其他有關徵集事項。
第 6 條
甄選組掌理事項如下：
- 一、替代役相關法規之擬（訂）定、解釋及執行。
- 二、替代役申請、徵集、甄選與分發之規劃、督導及提前退役業務之處理。
- 三、役政人員與研發替代役訓練計畫之規劃、督導及處理。
- 四、替代役審議委員會會務之辦理。
- 五、各需用機關替代役需求之調查、評估。
- 六、研發替代役用人單位申請之審查、員額核配、管考及督導。
- 七、研發替代役役男之甄選、服勤管理、轉調及管考。
- 八、研發替代役基金預算之編列、管控。
- 九、替代役役男及常備兵因病停役之回役處理。
- 十、其他有關甄選事項。
第 7 條
管理組掌理事項如下：
- 一、替代役役男管理政策之規劃、推動與服勤管理相關法規之擬（訂）定、解釋及執行。
- 二、替代役督考工作之規劃、推動及執行。
- 三、替代役役男諮商輔導與輔導教育工作之規劃、推動及執行。
- 四、替代役役男公益服務之規劃、推動及執行。
- 五、替代役役男申訴案件之調查、處理。
- 六、替代役役男重大事故通報及爭議之處理。
- 七、替代役役男服勤、生活與紀律管理之規劃、推動及執行。
- 八、替代役役男役籍管理、折抵役期之規劃、督導與服役期滿退役之核定及證書之製發。
- 九、替代役役男因案停役及其回役之處理。
- 十、其他有關替代役管理事項。
第 8 條
權益組掌理事項如下：
- 一、役男權益政策之規劃、推動與權益相關法規之擬（訂）定、解釋及執行。
- 二、替代役役男薪俸、主副食費之發放。
- 三、役男優待及各項扶（慰）助業務之規劃、督導。
- 四、替代役役男撫卹、保險、醫療與身心障礙等級檢定之研擬、規劃及督導。
- 五、死亡軍人與因公死亡替代役役男之安葬（厝）、紀念、表揚、祭祀之規劃、督導及地方軍人公墓、忠靈祠之規劃、督導。
- 六、替代役役男服役期滿後之編組、召集。
- 七、替代役役男經理物品之策劃、採購、補給、保管及維護。
- 八、役政法規之審查及相關法制意見之諮詢。
- 九、其他有關役男權益事項。
第 9 條
訓練組掌理事項如下：
- 一、替代役軍事基礎及管理幹部訓練計畫之規劃、推動。
- 二、替代役役男役籍資料交接及會銜撥交作業之處理。
- 三、替代役受訓役男之考核、獎懲、諮商輔導及家屬聯繫。
- 四、替代役役男裝備之保管、維護、配發及處理。
- 五、役男入營體檢、訓練期間之醫療、伙食供應之管理。
- 六、替代役役男身分證之製發。
- 七、其他有關替代役軍事基礎訓練事項。