第 4 條
本總隊設下列組、室、大隊: 一、航勤組,分四科辦事。 二、機務組,分三科辦事。 三、飛安組,分二科辦事。 四、秘書室。 五、人事室。 六、政風室。 七、主計室。 八、勤務第一大隊,分三隊辦事。 九、勤務第二大隊,分三隊辦事。 十、勤務第三大隊,分三隊辦事。
第 5 條
航勤組掌理事項如下: 一、航務與空中勤務指揮作業之規劃、督導及執行。 二、機隊駐地與飛機配置之規劃、督導及執行。 三、飛航作業計畫之擬訂、督導、執行與空中支援案件之受理派遣、指揮管制及協調聯繫。 四、與飛航管制機關聯繫及協議之訂定。 五、緊急救難起降場之調查、協調與緊急應變小組、前進指揮所開設之規劃、督導及執行。 六、飛航勤務人員服勤、演習與訓練之規劃、督導及執行。 七、飛行員資格之檢定、鑑測與隨機飛行查核、督導及追蹤考核。 八、與勤務相互支援機關間協議之訂定、執行及共同勤務人員之訓練、指導。 九、陸空通訊系統與資訊作業之規劃、建置、管理及維護。 十、其他有關航勤事項。
第 6 條
機務組掌理事項如下: 一、飛機修護之規劃、督導及執行。 二、飛機性能提升及更新計畫之擬訂。 三、維護裝備、工具、航油補給之規劃、督導及執行。 四、航材採購、庫儲及帳籍管理之規劃、督導。 五、預防保養計畫之規劃、督導。 六、機務訓練之規劃、督導及執行。 七、機務相關證照之管理。 八、其他有關機務事項。
第 7-1 條
飛安組掌理事項如下: 一、總隊飛航安全監理機制與飛航安全管理之規劃及執行。 二、飛地安全事件預防規劃及執行。 三、飛地安全事件調查、分析、檢討及管考。 四、飛地安全教育訓練、稽查規劃及執行。 五、飛地安全相關會議之召開及參加。 六、國內外相關單位飛地安全資訊交流。 七、飛地安全相關規定之訂修、宣導、推動及執行。 八、其他有關飛地安全事項。