第 4 條
本總隊設下列科、中心、室及大隊： 一、警務科。 二、督訓科。 三、後勤科。 四、安檢保防科。 五、勤務指揮中心。 六、秘書室。 七、人事室。 八、主計室。 九、第一大隊、第二大隊，分六中隊辦事。 十、刑事警察大隊，分四偵查分隊、警犬分隊辦事。
第 5 條
警務科掌理事項如下： 一、勤務法令規章之擬訂與執行。 二、勤務區域區分及警力調配、駐地配置。 三、機動保安警力之編裝、規劃、管制、調派、訓練、檢測、演習及應變措施。 四、警備、警衛、警戒之規劃、執行及督導。 五、重點節日、選舉期間與春安工作治安維護之規劃、執行及督導。 六、保安、交通、民防、外事、行政、反暴力恐怖攻擊等警察業務之規劃、執行及督導。 七、戶役政資訊系統之使用管理。 八、其他有關警務事項。
第 6 條
督訓科掌理事項如下： 一、模範（績優）警察之遴薦、表揚。 二、改善員警服務態度之規劃、督導及考核。 三、員工座談會、激勵士氣活動之規劃、執行、督導與員警（工）因公傷亡殘疾之慰問及濟助。 四、在職（含常年）訓練、員警進修、終身學習與員警因公出國考察計畫之擬訂、遴選、審核及執行事項。 五、員警考核、風紀評估、教育輔導之規劃、執行、督導及考核。 六、特種勤務之協調、聯繫、執行及督導。 七、政風業務及監標、監驗之會辦。 八、勤務與風紀等內部管理之規劃、執行、督導及重（大）要違法（紀）案件之查處。 九、有關性騷擾案件之申訴、評議。 十、其他有關督訓事項。
第 7 條
後勤科掌理事項如下： 一、財產（含動產與不動產）之登記及管理。 二、營繕工程之規劃、執行及督導。 三、辦公廳舍與建築設施（備）之分配、管理、保險及維護。 四、警用車輛、油料之管理、調度、維護等工作之規劃、執行、督導及考核。 五、警訊器材與設施之規劃、管制、運用、維修及督導。 六、電訊（含訊號）業務之處理、教育訓練、管制及督導。 七、駕駛之僱用、調派、管理及考核。 八、警用武器、彈藥、防彈裝備與警用車輛之購置、補充、汰換、報廢及保養檢查之督導、執行。 九、裝備、器材、設備、設施、員警服裝等財物之採購、分配、管理、督導及考核。 十、其他有關後勤事項。
第 8 條
安檢保防科掌理事項如下： 一、海運進口貨櫃落地檢查工作之規劃、執行與督導、貨櫃檢查裝備器材之購置、維修、保養及使用教育訓練。 二、機動式海運貨櫃檢查儀、輻射防護、貨櫃安檢相關事業單位之聯繫、訪查與座談之規劃、執行及督導。 三、安檢情蒐工作、獎勵金、工作費、安檢緝私與密告獎金之規劃、執行及督導。 四、配合聯合查贓專案工作、舊機動車輛與引擎輸出查證作業之規劃、執行及督導。 五、保防工作與保防教育之規劃、執行及督導。 六、機關安全防護與公務機密維護之規劃、執行及督導。 七、員警（工）忠誠查核工作、新進人員安全查核事項之執行與資料管理及運用。 八、諮詢工作與治安情報資料蒐集之規劃、執行及督導。 九、行動蒐證之訓練、勤務派遣及處理。 十、其他有關安檢及保防事項。
第 10 條
勤務指揮中心掌理事項如下： 一、重大治安狀況、交通事故、聚眾活動、災難事故等之接報、指揮、處置及通報。 二、緊急命令及情報傳達、治安事故之通報。 三、各項勤務之支援、指揮、管制、調度及協調。 四、通報資料之整理保管、檢討分析及提報。 五、越區辦案與貨櫃落地檢查之管制及調度。 六、其他有關勤務指揮事項。
第 11 條
秘書室掌理事項如下： 一、年度施政計畫、業務計畫之執行、督導、查核及報告。 二、總隊會報之召開及彙辦、機要文件之處理與特定業務、交辦案件之管制及督導。 三、印信管理、文書分辦處理、公文檢核及檔案管理。 四、法規之宣導、研究與彙整及國家賠償事件之處理。 五、政令宣導及公共關係業務之推展。 六、事務用品採購、工友、辦公處所管理、出納及薪資等業務。 七、心理諮商、輔導之規劃及執行。 八、資訊作業管理及維護。 九、不屬其他單位事項。
第 14 條
第一大隊及第二大隊掌理事項如下： 一、承總隊之命，執行本總隊掌理事項。 二、負責貨櫃安檢查緝走私與其他不法工作。 三、執行貨櫃落地檢查、聯合查贓、舊機動車輛及引擎輸出查證作業防制贓車出口。 四、配合財政部查緝私劣菸酒等查緝貨櫃安檢工作。 五、執行反恐、保安、警備、警戒、警衛、秩序維護、刑事。 六、保安警力派遣、勤務規劃、訓練、督導。 七、其他有關大隊事項。