第 2 條
行政院為因應嚴重急性呼吸道症候群之疫情，應設嚴重急性呼吸道症候群 防治及紓困委員會；其組織，由行政院定之。 前項委員會召集人為行政院院長，其委員應包括中央、地方政府相關機關 首長及學者、專家。 中央、地方各機關 (構) 、學校、團體執行本條例防治及紓困工作，應受 第一項委員會之指揮。 第一項委員會應按月向立法院相關委員會報告防治及紓困之工作成果。 直轄市、縣 (市) 政府執行本條例所定事項，應遵行中央政府機關之指示 。直轄市、縣 (市) 政府應指示鄉 (鎮、市、區) 公所於各村、里組成抗 疫小組，採取迅速必要之防疫措施。 中央衛生主管機關於必要時，得結合全民防衛動員準備體系，實施相關防 疫措施。
第 3 條
中央衛生主管機關為有效統合全國防疫醫療資源，除應依傳染病防治法第 九條及傳染病疫情監視及預警系統實施辦法相關規定，建立嚴重急性呼吸 道症候群疫情監視及預警體系外，並劃分防疫區域，建立醫療通報制度。 為早日控制疫情，行政院應整合各研究機構及專家學者組成專案研究小組 ，落實辦理與嚴重急性呼吸道症候群有關之傳染途徑、檢驗、診斷與治療 方法、治療藥物及開發疫苗等各項之研究。
第 5 條
各級政府機關為防疫工作之迅速有效執行，得指定特定防疫區域實施管制 ；必要時，並得強制隔離、撤離居民或實施各項防疫措施。 各級政府機關得對指定場所、建築物或運輸工具及其人員、物品，施行檢 疫或各項防疫措施。 對前二項強制隔離、撤離、防疫措施及檢疫之指示，不得拒絕、規避或妨 礙。
第 6 條
各級政府機關為安置病人或與病人接觸者需要，得借用公有非公用財產； 其借用期間，由借用機關與管理機關議定，不受國有財產法第四十條及地 方公產管理法規有關規定之限制。 各級政府機關管理之公有公用財產，適於供安置之需要者，應即變更為非 公用財產，並依前項規定辦理。 各級政府機關依前二項規定借用公有財產時，得經管理機關同意後先行使 用，再辦理借用或變更為非公用財產之手續。
第 7 條
各級政府機關為迅速執行救人、安置及防疫工作，得向民間徵用土地、工 作物、建築物、防疫器具、設備、藥品、醫療器材、污染處理設施、車、 船、航空器及其他經中央衛生主管機關公告指定之防疫物資，並給予適當 之補償；其補償辦法，由行政院定之。
第 7-1 條
自國外進口之防疫器具、設備、藥品、醫療器材，由海關設置單一窗口， 受理其通關手續。捐贈各級政府機關、醫療機構供防疫使用之物資，得由 受贈之政府機關、醫療機構直接提領之；其未指明贈與對象者，由中央衛 生主管機關提領之。 前項防疫物資，係指下列公告品項： 一、外科用口罩。 二、防疫用口罩。 三、防疫用防護衣。 四、隔離衣。 五、隔離帽。 六、隔離鞋。 七、隔離鞋套。 八、耳溫槍。 九、耳溫槍膠套。 十、溫度計。 十一、酒精棉片。 十二、其他由中央衛生主管機關公告品項。
第 7-2 條
事業應各級政府機關所為協調、徵用及配銷防疫物資之行為，得不受公平 交易法第十四條、商品標示法第六條、第八條及第九條規定之限制；各該 事業受各級政府機關委託依政府機關規定價格代售徵用之防疫物資，且出 售收入全數交該委託機關解繳公庫者，不課徵營業稅。
第 8 條
經各級衛生主管機關認定應強制接受居家隔離、集中隔離或隔離治療者， 不得拒絕、規避或妨礙；其受隔離期間，應遵行各級衛生主管機關之指示 。 前項受隔離者於隔離期間，其任職之公、私立機關 (構) 、學校、團體應 給予公假，不受相關法令規定之限制。 接受強制隔離者，經診斷證實未感染嚴重急性呼吸道症候群，政府得給予 合理補償。 感染嚴重急性呼吸道症候群之病人，因強制隔離治療致影響其家計者，政 府得予扶助。 第一項之強制居家隔離，經各級政府機關指定負責執行者，或同意具結保 證之雇主、其他相關人員，應確實遵行各級衛生主管機關所為隔離或其他 防疫措施之指示，並接受各級政府機關之檢查及處置，不得拒絕、規避或 妨礙。
第 9 條
各級衛生主管機關為執行本條例所定之防疫工作，指定或徵用公、私立醫 療機構時，被指定或徵用之公、私立醫療機構，所需之醫事人員、醫療設 施及物資，若有不足時，中央衛生主管機關應予協助支援，使之完備。
第 12 條
公、私立醫療 (事) 機構執行醫療、照護之醫事人員及其相關工作人員， 中央衛生主管機關應酌予補助或發給津貼。 公、私立醫療 (事) 機構與其他相關機關 (構) 、學校、團體及其人員執 行本條例防治工作著有績效者，各級政府及其他機關 (構) 、學校、團體 應予獎勵；其因而感染嚴重急性呼吸道症候群者，政府應予合理補償。
第 13 條
因執行本條例防治工作，致傷病、身心障礙或死亡者，其各項給付之請領 ，準用災害防救法第四十七條之規定。 因執行本條例防治工作，致身心障礙或死亡者，其子女教育費用，由政府 編列預算支應，至取得學士學位為止。
第 14 條
受嚴重急性呼吸道症候群影響而發生營運困難之產業、醫療 (事) 機構， 除得由目的事業主管機關予以紓困、補貼稅費外，並得對其員工提供必要 之協助。 醫療機構因而停診者，政府應予適當補償。 前二項發生營運困難之產業、醫療 (事) 機構之認定、紓困、補償、補貼 措施及基準，與補貼稅費之種類、額度，由行政院定之。
第 15 條
感染嚴重急性呼吸道症候群之病人、照護之醫事人員、強制隔離者及其家 屬，其人格及合法權益，應予尊重及保障，不得予以歧視，非經其同意， 不得對其錄音、錄影或攝影。病人無傳染之虞者，並不得拒絕其就學、就 業或予其他不公平之待遇。
第 16 條
中央政府為支應嚴重急性呼吸道症候群防治及紓困所需經費，在總額新臺 幣五百億元內，於本條例公布日起三十日內，循特別預算程序辦理；其中 七十億元為自籌財源 (先行籌措三十五億元) ，其餘四百三十億元得以舉 借債務支應，不受公共債務法第四條第五項與預算法第二十三條、第六十 二條及第六十三條規定之限制。 為因應各項防治及紓困措施之緊急需要，各相關機關得報經行政院同意後 ，於前項特別預算案未完成法定程序前，先行支付其一部分。
第 18 條
明知自己感染或疑似感染嚴重急性呼吸道症候群，未遵行各級衛生主管機 關之指示，而有傳染於第三人之虞者，處三年以下有期徒刑、拘役或新臺 幣五十萬元以下罰金。 有下列各款情形之一者，除得逕行強制處分外，由各級衛生主管機關處新 臺幣六萬元以上三十萬元以下罰鍰： 一、除第四項規定外，違反第五條、第八條第一項或第五項規定。 二、醫療機構未遵行各級衛生機關之指示，實施防疫措施。 違反各級政府機關依第七條之徵用者，處新臺幣十萬元以上五十萬元以下 罰鍰。 違反各級政府機關依第五條或第八條規定所為測量體溫或戴口罩等之防疫 措施者，處新臺幣一千五百元以上七千五百元以下罰鍰。