第 2 條
- 1公、私立醫療（事）機構執行防治、醫療、照護之醫事人員及其他從事防治相關工作人員，中央衛生主管機關應予補助或發給津貼。
- 2公、私立醫療（事）機構與其他相關機關（構）、學校、法人、團體及其人員執行本條例防治工作著有績效者，各級政府機關（構）、學校、法人、團體應予獎勵。
- 3因執行本條例防治工作，感染嚴重特殊傳染性肺炎致傷病、身心障礙或死亡者，中央衛生主管機關應予補償、補助各項給付或其子女教育費用。
第 3 條
- 1各級衛生主管機關認定應接受居家隔離、居家檢疫、集中隔離或集中檢疫者，及為照顧生活不能自理之受隔離者、檢疫者而請假或無法從事工作之家屬，經衛生主管機關認定接受隔離者、檢疫者未違反隔離或檢疫相關規定，就接受隔離或檢疫之日起至結束之日止期間，得申請防疫補償。但有支領薪資或依其他法令規定性質相同之補助者，不得重複領取。
- 2前項防疫補償之申請，自受隔離或檢疫結束之日起，因二年間不行使而消滅。
- 3接受居家隔離、居家檢疫、集中隔離或集中檢疫者，於隔離、檢疫期間，其任職之機關（構）、事業單位、學校、法人、團體應給予防疫隔離假，且不得視為曠職、強迫以事假或其他假別處理，亦不得扣發全勤獎金、解僱或為其他不利之處分。家屬為照顧生活不能自理之受隔離者、檢疫者而請假者，亦同。
- 4第一項防疫補償發給之對象、資格條件、方式、金額、程序及其他相關事項之辦法，由中央衛生主管機關會商相關機關定之。
- 5因依第一項或依中央流行疫情指揮中心指揮官所為應變處置而請假或無法從事工作，致影響其生計者，主管機關應依社會救助法及相關法令予以救助。
第 4 條
- 1機關（構）、事業單位、學校、法人、團體給付員工依前條第三項規定請假期間之薪資，得就該薪資金額之百分之二百，自申報當年度所得稅之所得額中減除。其給付員工依中央流行疫情指揮中心指揮官所為應變處置指示而得請假期間之薪資，亦同。
- 2前項給付員工之薪資金額已適用其他法律規定之租稅優惠者，不適用前項規定。
- 3第一項請假期間、員工、給付薪資金額範圍、所得額範圍及減除方式、申請期限、申請程序、應檢附之證明文件及其他相關事項之辦法，由中央衛生主管機關會同財政部並會商相關機關定之。
第 5 條
- 1為生產傳染病防治法第五十四條第一項規定之防疫物資，於必要時，各級政府機關得依中央流行疫情指揮中心指揮官之指示，徵用或調用其生產設備及原物料，並給予適當之補償。
- 2前項徵用、調用作業程序、補償方式及其他相關事項之辦法，由中央衛生主管機關會商相關機關定之。
第 8 條
- 1於防疫期間，受隔離或檢疫而有違反隔離或檢疫命令或有違反之虞者，中央流行疫情指揮中心指揮官得指示對其實施錄影、攝影、公布其個人資料或為其他必要之防治控制措施或處置。
- 2為避免疫情擴散，對確診罹患嚴重特殊傳染性肺炎病人，亦同。
- 3前二項個人資料，於疫情結束應依個人資料保護相關法規處理。
第 9 條
- 1受嚴重特殊傳染性肺炎影響而發生營運困難之產業、事業、醫療（事）機構及相關從業人員，得由目的事業主管機關予以紓困、補貼、振興措施及對其員工提供必要之協助。
- 2醫療機構因配合中央流行疫情指揮中心防疫需要而停診者，政府應予適當補償。
- 3前二項之產業、事業、醫療（事）機構之認定、紓困、補貼、補償、振興措施之項目、基準、金額及其他相關事項之辦法，由各中央目的事業主管機關擬訂，報行政院核定。
第 9-1 條
- 1受嚴重特殊傳染性肺炎影響而依本條例、傳染病防治法第五十三條或其他法律規定，自政府領取之補貼、補助、津貼、獎勵及補償，免納所得稅。
- 2前項自政府領取之補貼、補助、津貼、獎勵及補償，不得作為抵銷、扣押、供擔保或強制執行之標的。
第 10 條
中央流行疫情指揮中心成立期間，廣播電視事業、衛星廣播電視事業因配合防疫需要而受指定播放防疫資訊、節目者，通訊傳播主管機關得視其受影響情形，放寬一定期間廣告時間，不受廣播電視法第三十一條及衛星廣播電視法第三十六條規定之限制。
第 11 條
- 1本條例所需經費上限為新臺幣八千四百億元，得視疫情狀況，分期編列特別預算，送請立法院審議；其預算編製及執行不受預算法第二十三條、第六十二條及第六十三條之限制。但經立法院審議刪除或刪減之預算項目不得流用。
- 2前項所需經費來源，得以移用以前年度歲計賸餘或舉借債務支應；其每年度舉借債務之額度，不受公共債務法第五條第七項規定之限制；中央政府總預算及特別預算於本條例施行期間之舉債額度合計數，占該期間總預算及特別預算歲出總額合計數之比率，不受財政紀律法第十四條第二項規定之限制。
- 3本條例施行期間，中央政府所舉借之一年以上公共債務未償餘額預算數，應依公共債務法第五條第一項規定辦理。
- 4為因應各項防治及紓困振興措施之緊急需要，各相關機關得報經行政院同意後，於第一項特別預算案未完成法定程序前，先行支付其一部分。
第 12 條
- 1對於經中央衛生主管機關公告之防疫器具、設備、藥品、醫療器材或其他防疫物資，哄抬價格或無正當理由囤積而不應市銷售者，處五年以下有期徒刑，得併科新臺幣五百萬元以下罰金。
- 2前項之未遂犯罰之。
第 15 條
- 1違反各級衛生主管機關依傳染病防治法第四十八條第一項規定所為之隔離措施者，處新臺幣二十萬元以上一百萬元以下罰鍰。
- 2違反各級衛生主管機關依傳染病防治法第五十八條第一項第四款規定所為之檢疫措施者，處新臺幣十萬元以上一百萬元以下罰鍰。
第 16 條
有下列情形之一者，由中央目的事業主管機關、直轄市、縣（市）政府處新臺幣五萬元以上一百萬元以下罰鍰：
- 一、違反第三條第三項規定。
- 二、拒絕、規避或妨礙各級政府機關依第五條第一項所為之徵用或調用。
- 三、違反中央流行疫情指揮中心指揮官依第七條規定實施之應變處置或措施。