第 4 條
本院設下列中心、室：
- 一、綜合規劃及人力培訓中心。
- 二、海洋政策及文化研究中心。
- 三、海洋科學及資訊研究中心。
- 四、海洋生態及保育研究中心。
- 五、海洋產業及工程研究中心。
- 六、秘書室。
- 七、人事室。
- 八、主計室。
第 5 條
綜合規劃及人力培訓中心掌理事項如下：
- 一、本院施政策略、施政計畫、研究發展計畫、先期作業、中長程個案計畫之研擬、彙辦、協調、管考及評估。
- 二、產學合作計畫之管理。
- 三、海洋保育與海巡執法人員教育訓練之規劃及執行。
- 四、海洋研究成果之推廣。
- 五、海洋相關人才培育引進之規劃及執行。
- 六、國際與兩岸海洋訓練機構交流合作之規劃及執行。
- 七、其他有關綜合規劃及人力培訓事項。
第 6 條
海洋政策及文化研究中心掌理事項如下：
- 一、國家總體海洋政策及制度之研究。
- 二、國際與兩岸海洋政策及制度之研究。
- 三、海洋事務相關國際法與國際公約內國法化之研究。
- 四、國際與兩岸海事、海洋法政、文化研究組織之合作及交流。
- 五、海洋文化、歷史、教育之研究及推廣。
- 六、其他有關海洋政策及文化研究事項。
第 7 條
海洋科學及資訊研究中心掌理事項如下：
- 一、海洋科技研究發展策略與計畫之研擬及執行。
- 二、海洋觀測計畫與數值模擬分析之規劃及執行。
- 三、海洋資訊系統與海洋資料庫之建置、管理及運用。
- 四、海底地形監測與探勘之規劃及執行。
- 五、海洋污染調查與防治技術之研究及推廣。
- 六、海洋資源調查與環境監測研究之規劃、執行、技術研發及推廣。
- 七、海域環境探測技術研發之整合、規劃及執行。
- 八、其他有關海洋科學及資訊研究事項。
第 8 條
海洋生態及保育研究中心掌理事項如下：
- 一、海洋生物、生態系統調查與保育之研究及技術推廣。
- 二、海洋生物科技與生物基因體之研究及技術推廣。
- 三、海洋噪音、酸化、氣候變遷及人類活動對海洋生物影響之研究。
- 四、海洋外來物種入侵防治技術之研究及推廣。
- 五、其他有關海洋生態及保育研究事項。
第 9 條
海洋產業及工程研究中心掌理事項如下：
- 一、海洋產業創新與轉型之研究及推廣。
- 二、海域與海洋工程技術之研究及推廣。
- 三、船艦設計與維修技術之研究及推廣。
- 四、海域腐蝕環境調查、分類與材料防蝕技術研發之規劃及執行。
- 五、海域、近岸水文水理研究、水工試驗、船舶流力實驗與數值模擬技術研發之規劃及執行。
- 六、海域、海岸救難與災害救助技術之研究及推廣。
- 七、海洋資源、能源探勘與開發利用技術之研究及推廣。
- 八、其他有關海洋產業及工程研究事項。