第 4 條
研究典藏組掌理事項如下：
- 一、海洋科學與科技相關領域之研究、開發及創新。
- 二、海洋科學與科技相關調查設備、機儀、工具之設計及開發。
- 三、海洋科技相關物件及海洋生物、標本與文獻資料之實驗、鑑定、蒐集、製作、典藏、研究及數位典藏業務之執行。
- 四、館藏圖書、期刊之採購、流通及管理。
- 五、研究典藏中心與附屬研究典藏設施之營運及管理。
- 六、其他有關研究典藏事項。
第 5 條
展示教育組掌理事項如下：
- 一、海洋科學與科技展示主題之擬訂、企劃及特別展示之規劃、執行。
- 二、委外營運團隊展示、特別展示及劇場節目規劃之審核。
- 三、數位博物館與數位學習業務之規劃及執行。
- 四、中小學、終身學習之海洋教育教學活動與教材教案之研究、企劃及推廣。
- 五、教育中心與附屬教育設施之營運及管理。
- 六、志工招募、導覽培訓、教育訓練與管理之規劃及執行。
- 七、海洋教育推廣圖書、折頁、視聽教材等出版品之規劃及發行。
- 八、其他有關展示教育事項。
第 6 條
經營管理組掌理事項如下：
- 一、館務規劃、館務長期發展方向及營運管理計畫之擬訂。
- 二、民間參與相關業務之規劃、管理及督導。
- 三、宣傳、行銷、服務資訊之彙整及傳輸。
- 四、資訊作業之管理及維護。
- 五、展示軟硬體設備及機具維護工作之監督管理。
- 六、其他有關經營管理事項。
第 7 條
產學交流組掌理事項如下：
- 一、與國內、外博物館、研究機構、學校、團體產學合作、學術交流、館際合作之規劃及執行。
- 二、海洋生物之蓄養技術開發、活體蒐集、館際交換與水生生物之救護及收容。
- 三、望海巷海灣環境監測與生物資源保育、復育之規劃及執行。
- 四、海洋生物活體展示之規劃及執行。
- 五、潮境海洋中心與附屬設施之營運及管理。
- 六、其他有關產學交流事項。
第 8 條
工務機電組掌理事項如下：
- 一、館區建物、戶外公共設施、研究設施之水電、電機、機械及管路設備之維護。
- 二、館區營繕工程與建築物公共安全之維護及設施修繕。
- 三、館區環保、勞工安全、消防安檢及保全之督導。
- 四、景觀之規劃及管理。
- 五、公務車輛之管理、維護、保養及油料之採購。
- 六、其他有關工務機電事項。