第 4 條
研究典藏組掌理事項如下：
- 一、臺灣與周邊地區史前文化、原住民、南島語族相關文物資料之研究、採集整理、典藏管理及出版。
- 二、國內外博物館、學校、團體之學術交流合作。
- 三、典藏管理系統規劃與藏品之徵集、入藏、登錄及維護。
- 四、標本文物之鑑定、分析、保存、修復、數位化作業及諮詢服務。
- 五、專業圖書、期刊之徵集、典藏及服務。
- 六、考古遺址調查及發掘等相關業務之執行。
- 七、考古學、民族學、人類學科技計畫之規劃及執行。
- 八、其他有關研究典藏事項。
第 5 條
展示教育組掌理事項如下：
- 一、臺灣與周邊地區史前文化、原住民、南島語族文物資料展示計畫之擬訂及推動。
- 二、展示規劃製作與展場設施之維護及管理。
- 三、教育資源服務管理與推廣活動之研擬、規劃及執行。
- 四、票務、導覽解說、觀眾服務之規劃及執行。
- 五、國會聯絡、媒體公關事務與文創行銷之規劃及執行。
- 六、志工服務人力資源之開發、運用及發展。
- 七、其他有關展示教育事項。
第 6 條
遺址發展組掌理事項如下：
- 一、臺灣東部考古遺址現地保存研究及發展。
- 二、卑南考古遺址調查、發掘及監管保護。
- 三、卑南考古遺址現地保存、展示之執行及管理。
- 四、卑南考古遺址自然地景變遷之調查分析。
- 五、卑南考古遺址環境生態教育之規劃及執行。
- 六、卑南遺址公園展場管理及設施維護。
- 七、其他有關遺址發展事項。
第 7 條
秘書室掌理事項如下：
- 一、本館中長程計畫、年度施政計畫、先期作業與重要會議決議事項之追蹤、管制、考核及評估。
- 二、工友（含技工、駕駛）之管理。
- 三、文書、檔案、印信、出納、庶務、採購、財產管理及法制。
- 四、數位資訊服務升級業務及管理。
- 五、不屬其他各組、室、中心事項。