第 5 條
本會設下列處、室：
- 一、綜合規劃處，分五科辦事。
- 二、文教處，分四科辦事。
- 三、經濟處，分五科辦事。
- 四、法政處，分六科辦事。
- 五、港澳蒙藏處，分五科辦事。
- 六、聯絡處，分四科辦事。
- 七、秘書室，分五科辦事。
- 八、人事室。
- 九、政風室。
- 十、主計室。
- 十一、資訊室。
第 6 條
綜合規劃處掌理事項如下：
- 一、整體大陸事務之政策研究、評估及規劃。
- 二、中國大陸情勢、對臺政策與兩岸互動、協商之整體研析及規劃。
- 三、兩岸關係涉外事務之整體情勢研析及規劃。
- 四、各機關及地方政府推動大陸工作業務之整體協調、聯繫。
- 五、兩岸關係民意調查與相關資訊蒐整、規劃運用及服務。
- 六、國內外研究機構聯繫、交流及合作。
- 七、其他有關兩岸整體情勢研判及政策規劃事項。
第 7 條
文教處掌理事項如下：
- 一、兩岸文教議題所涉協商事項之研擬、規劃及推動。
- 二、民間團體推動兩岸文教交流之審議、輔導及補助。
- 三、兩岸學術、科技、教育交流政策之研擬、審議、協調及處理。
- 四、兩岸藝文、宗教、體育交流政策之研擬、審議、協調及處理。
- 五、兩岸新聞、影視音、出版等大眾傳播交流政策之研擬、審議、協調及處理。
- 六、大陸臺商子女教育輔導及協助。
- 七、其他有關兩岸文教事項。
第 8 條
經濟處掌理事項如下：
- 一、大陸及兩岸經濟情勢之研究、分析。
- 二、兩岸經貿相關議題所涉協商事項之研擬、規劃及處理。
- 三、大陸投資與臺商服務相關業務之規劃、協調、聯繫及處理。
- 四、陸資來臺、兩岸貿易、產業、旅遊與涉外經濟相關業務之規劃、協調、聯繫及處理。
- 五、兩岸金融、財稅與關務相關業務之規劃、協調、聯繫及處理。
- 六、兩岸經貿與商務人員交流、農漁業、小三通、環境保護相關業務之規劃、協調、聯繫及處理。
- 七、兩岸交通運輸、郵政與電信相關業務之規劃、協調、聯繫及處理。
- 八、其他有關兩岸經貿事項。
第 9 條
法政處掌理事項如下：
- 一、兩岸法政事務之政策研析、規劃、審議及協調。
- 二、兩岸人民往來法規之研擬、審議及協調。
- 三、兩岸訂定協議相關法制之研究。
- 四、兩岸法政相關議題所涉協商事項之研擬、規劃及推動。
- 五、對授權處理兩岸事務之中介團體會務運作監督及其法制之審議。
- 六、兩岸社會交流、專業交流業務與法制之規劃、審議、協調及處理。
- 七、大陸地區法制研究。
- 八、兩岸司法、法務、醫藥食安、勞工、內政、天然災害及消費者保護等法政業務之統合規劃、審議、協調及處理。
- 九、其他有關兩岸法政事項。
第 10 條
港澳蒙藏處掌理事項如下：
- 一、香港、澳門及蒙藏情勢之蒐集、研析。
- 二、香港、澳門事務之政策研究、評估、規劃、協調及審議。
- 三、與香港、澳門政府協商議題之研擬、規劃及處理。
- 四、與香港、澳門經濟、文化、教育、法政、社會等往來相關業務之規劃、協調、聯繫及處理。
- 五、香港、澳門事務法規之研擬、審議及協調。
- 六、與香港、澳門民間或專業團體交流互訪事務之規劃及執行。
- 七、香港、澳門居民來臺活動或急難事件之聯繫及服務，國人在香港、澳門之綜合性服務。
- 八、港澳事務財團法人之設立許可及輔導，港澳事務民間團體會務之協調及輔導。
- 九、駐香港、澳門機構與香港、澳門在臺設立機構事務之協調及聯繫。
- 十、其他有關香港、澳門及蒙藏事項。
第 11 條
聯絡處掌理事項如下：
- 一、大陸政策國內外溝通說明之整體規劃及執行。
- 二、兩岸協商事項國內外溝通說明之整體規劃及執行。
- 三、國會聯絡、媒體公關事務之規劃、研擬及執行。
- 四、兩岸協商相關政策發言與輿情蒐報回應之協調及聯繫。
- 五、國外訪賓拜會之聯繫、安排及接待。
- 六、旅外中國大陸人士之邀訪及聯繫。
- 七、網路等新興傳播管道溝通說明事務之規劃及執行。
- 八、其他有關大陸政策與兩岸協商之說明事項。
第 12 條
秘書室掌理事項如下：
- 一、施政方針、計畫、業務報告之綜整、追蹤及管考。
- 二、本會重要會議議事及決議事項之追蹤管考。
- 三、行政效能、為民服務及重要事項之追蹤管考。
- 四、印信典守、文書、電務、檔案之管理及一般文件之處理。
- 五、出納、財務、營繕、採購及其他事務之管理。
- 六、本會辦公廳舍、宿舍、財產及車輛之管理維護。
- 七、工友（含技工、駕駛）、工讀生及駐衛警之管理。
- 八、機要事務及交辦事項之處理。
- 九、本會災害防救之聯繫及安全防護。
- 十、不屬其他處、室事項。