第 2 條
- 1本法施行前已繫屬於地方法院第一審簡易訴訟程序或第一審小額訴訟程序之智慧財產民事事件，於本法施行後，應裁定改依通常訴訟程序，並由原法官繼續審理。
- 2本法施行前已繫屬於地方法院第二審簡易訴訟程序或第二審小額訴訟程序之智慧財產民事事件，於本法施行後，原法院應依本法所定第二審程序終結之。
第 5 條
本法中華民國一百年十一月二十三日修正公布，一百零一年九月六日施行前，已繫屬於智慧財產及商業法院第一審簡易訴訟程序之智慧財產行政訴訟事件，於一百零一年九月六日後，應裁定改依通常訴訟程序，並由原法官繼續審理。
第 6 條
本法中華民國一百年十一月二十三日修正公布，一百零一年九月六日施行前，智慧財產及商業法院已終結之智慧財產行政訴訟簡易事件，其上訴、抗告，由最高行政法院依修正前智慧財產案件審理法、行政訴訟法之規定審理；已繫屬於最高行政法院之智慧財產行政訴訟簡易事件之上訴或抗告事件，亦同。
第 7 條
- 1本法施行前已繫屬於最高法院或最高行政法院之智慧財產民事或行政訴訟事件，或本法施行後不服高等法院或高等行政法院裁判之智慧財產民事及行政訴訟事件，經最高法院或最高行政法院廢棄者，除由各該終審法院自為裁判者外，應發交智慧財產及商業法院。
- 2本法施行前已繫屬於最高法院之智慧財產刑事案件，或本法施行後不服高等法院裁判之刑事案件，經最高法院撤銷者，除由最高法院自為裁判者外，應發交智慧財產及商業法院或依刑事訴訟法第三百九十九條但書規定逕行發交第一審法院裁判。