第 5 條
- 1檢察機關應設置存放國家機密卷證、資料及檔案之專區，並與一般檔案、贓證物品分別存放。
- 2前項國家機密卷證、資料之存放場所應由專責人員管理，並應另備保險箱或其他具安全防護功能之金屬箱櫃，裝置密鎖存放之；必要時，應存放於保險室或密室中，並裝置警報及監視系統。
- 3前項密鎖、警報及監視系統，至少每月應檢查一次，確保其安全。
- 4機密檔案之存放場所，對於人員、物品之進出，應予以管制，並造冊列管，載明進出人員、時間、目的。
第 6 條
- 1國家機密送達檢察機關時，收發人員應先確認封口有無異狀後，始行拆封。如有異狀，應報請檢察首長或其指定人員處理。
- 2收發人員拆封後，應核對其內容及附件。
- 3收發人員應依封套記載情形登記，其處理方式如下：
- 一、受文者為機關或機關首長者，送機關首長或其指定人員啟封。
- 二、受文者為其他人員者，逕送各該人員本人啟封。
第 8 條
- 1涉及國家機密之案件，得指定專責檢察官偵辦，並負責偵辦期間之相關卷證、資料之保管。但經檢察首長或其指定人員之核准，得另行指定專責人員保管，存放指定之處所。
- 2前項案件未經檢察首長或其指定人員之許可，不得將卷證、資料攜離辦公或指定處所。
第 10 條
- 1向其他機關調借國家機密資料，有複製之必要時，應先經原核定機關或其上級機關有核定權責人員以書面授權或核准後，始得為之。
- 2前項國家機密之複製物，應指定專責人員製作，並註明原件之機密等級、保密期限或解密條件、複製物字樣及其份數。
- 3檢察機關之卷證有複製之必要時，經檢察首長或其指定人員之核准，始得指定專責人員在辦公處所內為之。
- 4第一項及第三項之複製物，應視同原件，依本法規定保護之。
第 13 條
涉及國家機密之簽擬、封發及傳遞方式如下：
- 一、涉及國家機密文書之分文（交辦）、陳核（判）、送會、送繕、退稿、歸檔等流程，由承辦檢察官親自或其指定之人員傳遞為原則，傳遞時，應使用保密封套或專用加鎖之保密箱（夾）。
- 二、涉及國家機密文書之簽擬稿、繕印、打字時，因誤繕、誤印之廢紙、複印紙等，相關人員應即時銷毀之。
- 三、涉及國家機密之文書對外發文時，其封發，應使用雙重封套，內封套左上角加蓋『機密』文字，並加密封，上下兩端封口應加蓋「密封」戳記，外封套應有適當厚度，內外封套均註明收（發）文地址、收（發）文者，暨發文字號。但外封套不得標示機密等級或其他足以顯示內容之註記。
- 四、涉及國家機密之文書之傳遞，完成前款之程序後，得派專人送達，不宜以電子公文交換。
第 16 條
- 1涉及國家機密之案件偵查終結時，其製作之書類，不宜詳載國家機密之內容。
- 2前項案件，如經提起公訴、聲請簡易判決處刑、依職權或聲請送再議或聲請交付審判者，相關之卷證，應由專責人員遞送該管法院或上級檢察機關。