第 2 條
- 1本條例之適用範圍，為行政院核定流域綜合治理計畫所明列之直轄市、縣（市）管河川及區域排水、農田排水、水產養殖排水、雨水下水道、上游坡地水土保持及治山防洪區域。
- 2依本條例執行之直轄市、縣（市）管河川及區域排水治理工程所需用地，得逕行辦理工程用地徵收，不受水利法第八十二條規定之限制。
第 3 條
- 1本條例之中央主管機關為經濟部，中央主管機關應會同各中央目的事業主管機關依流域整體規劃及綜合治水原則、政策及優先秩序，擬訂流域綜合治理計畫。
- 2前項流域綜合治理計畫，計畫範圍內之河川及區域排水、農田排水、水產養殖排水、雨水下水道、上游坡地水土保持、治山防洪及省道配合河川、區域排水治理須辦理之橋樑改建工程，由中央目的事業主管機關於本計畫編列預算並執行，不受地方制度法第十八條、第十九條及第七十六條代行程序及經費負擔之限制。
- 3中央目的事業主管機關為辦理本條例各項工作，必要時得委辦、委託或補助直轄市、縣（市）政府或農田水利會執行。
第 4 條
- 1中央主管機關辦理下列事項：
- 一、流域綜合治理政策之規劃及推動。
- 二、流域綜合治理計畫之擬訂及推動。
- 三、各執行計畫之審查及核定。
- 2各中央目的事業主管機關辦理下列事項：
- 一、流域綜合治理計畫之會同擬訂及推動。
- 二、直轄市、縣（市）政府及農田水利會所提各項執行計畫審查。
- 三、流域綜合治理計畫特別預算之編列。
- 四、督導直轄市、縣（市）政府及農田水利會執行本條例之各項工作。
- 3直轄市、縣（市）政府辦理本條例相關工程用地之取得及河川、區域排水、水產養殖排水、疏濬清淤等相關工程計畫之提報及執行。
- 4農田水利會辦理本條例農田排水治理工程用地之取得、相關工程計畫之提報及執行。
第 5 條
- 1中央政府依本條例支應改善適用範圍內流域綜合治理計畫所需經費上限為新臺幣六百六十億元，以特別預算方式編列，得分期辦理預算籌編及審議。
- 2前項所需經費來源，得以舉借債務或出售政府所持有事業股份方式辦理，不受公共債務法第五條第七項有關每年度舉債額度規定之限制；其預算編製不受財政收支劃分法第三十條、第三十七條補助地方事項及經費負擔規定之限制；其經費使用得在各該機關原列預算範圍內調整支應，不受預算法第六十二條及第六十三條規定之限制。
- 3第一項特別預算中，為落實流域整體治理及綜合治水原則，其中辦理河川及區域排水經費上限為新臺幣四百二十億元、辦理雨水下水道經費上限為新臺幣九十億元、辦理農田排水、水產養殖排水、上游坡地水土保持及治山防洪經費上限為新臺幣一百五十億元。
第 6 條
- 1中央主管機關為推動本條例，應成立推動小組，辦理計畫審查、督導、管制考核、政策協調及研究發展與人才培訓等工作；推動小組設置及作業之辦法，由中央主管機關定之。
- 2為推動本條例各項工作所需人力得由各中央目的事業主管機關編制員額調兼或以約聘僱人員充任，所需經費由本條例所編預算支應之。
- 3依前項進用之約聘僱人員，於本條例施行期間，其約聘僱人數比例不受機關組織預算員額百分之五之限制。
- 4本條例施行屆滿後，第二項約聘僱人員不得續約。
第 7 條
- 1為加速取得流域綜合治理計畫所需用地，其涉及都市計畫之變更者，得於必要時依都市計畫法第二十七條規定，迅行變更或逕為變更。
- 2前項都市計畫之變更，依法應辦理環境影響評估、實施水土保持之處理及維護者，應依都市計畫法第二十七條之二規定辦理。
- 3執行本條例計畫所涉及非都市土地分區變更程序者，各級區域計畫主管機關於審查土地變更申請案時，得與水土保持、環境保護、原住民族主管機關就水土保持計畫及環境影響評估併行審查。
第 9 條
為降低開發衝擊並推動流域出流管制，土地開發利用或變更使用計畫應優先運用低衝擊開發方式，以增加透水、滯洪與綠地面積及不增加下游河川、排水系統負擔為原則，並不得妨礙原有水路之集、排水功能，且不能阻礙其上游地區之地表逕流通過。
第 10 條
- 1中央主管機關應將流域綜合治理計畫書重要內容及相關資訊報立法院備查，並公告於電信網路。
- 2前項公告於電信網路之資訊，中央主管機關及執行機關應設置專屬網頁，公開揭露各項工程相關之資訊。