第 4 條
- 1本分署設下列科、室及隊：
- 一、綜合研整科。
- 二、犯罪偵查科。
- 三、科技鑑識科。
- 四、資訊紀錄科。
- 五、特勤科。
- 六、督察科。
- 七、秘書室。
- 八、人事室。
- 九、政風室。
- 十、主計室。
- 十一、偵防查緝隊。
- 十二、特勤隊。
- 十三、宜蘭查緝隊、基隆查緝隊、臺北查緝隊、桃園查緝隊、新竹查緝隊、連江查緝隊、苗栗查緝隊、臺中查緝隊、彰化查緝隊、雲林查緝隊、嘉義查緝隊、金門查緝隊、臺南查緝隊、北門查緝隊、高雄查緝隊、鳳山查緝隊、屏東查緝隊、澎湖查緝隊、花蓮查緝隊、臺東查緝隊。
- 2前項各隊得於合計四十三組、六分隊及十七小隊內調整辦事。
第 5 條
綜合研整科掌理事項如下：
- 一、施政策略及施政計畫之建議。
- 二、重要個案計畫之研議及管制。
- 三、研究發展與服務品質工作之督導及執行。
- 四、海巡服務與預防犯罪工作之計畫、執行及管制。
- 五、偵防專業訓練之督導及執行。
- 六、偵防工作會報之召開及管制。
- 七、安全情報工作之督導、協調、調查及處理。
- 八、防制滲透工作之督導、協調、調查及處理。
- 九、情報職類人員任用之建議及管制。
- 十、其他有關安全調查及綜合規劃事項。
第 6 條
犯罪偵查科掌理事項如下：
- 一、走私、非法入出國與其他犯罪案件調查工作之督導及考核。
- 二、走私、非法入出國與其他犯罪案件情報之交換、蒐集、分析、研整、處理及協調聯繫。
- 三、走私、非法入出國與其他犯罪案件之跨機關聯繫、相關會議之協調分工及管制。
- 四、與法院、檢察及司法警察機關之協調聯繫。
- 五、檢舉獎金之審查、核發及管制。
- 六、偵防查緝隊任務之規劃、督導及考核。
- 七、跨境及兩岸共同打擊犯罪工作之執行。
- 八、其他有關犯罪偵查事項。
第 7 條
科技鑑識科掌理事項如下：
- 一、科技研發與刑事鑑識業務之規劃、督導、協調及辦理。
- 二、科技研發與刑事鑑識技術、設備器材之研究、發展、建置及運用。
- 三、科技研發與刑事鑑識技術之資訊蒐集及運用。
- 四、刑事科技系統開發、刑事鑑識知能之研究發展及教育訓練。
- 五、刑案數位、化學與物理鑑識之通報、聯絡及鑑（送）驗。
- 六、其他有關科技研發及刑事鑑識事項。
第 8 條
資訊紀錄科掌理事項如下：
- 一、犯罪數據資料之建檔、統計、分析及運用。
- 二、海巡偵防工作績效之統計及考核。
- 三、通訊監察業務之規劃、督導及考核。
- 四、犯罪態樣及趨勢之數據研析。
- 五、因案經司法與其他權責機關限制出海案件之資料彙整。
- 六、外援資料庫系統連結與機密網路系統之規劃、建置及管理。
- 七、偵防管理與外援系統查詢作業規定之執行及管制。
- 八、海巡偵蒐類裝備之規劃、建置、督導及考核。
- 九、其他有關犯罪偵防類資訊紀錄及統計分析事項。
第 9 條
特勤科掌理事項如下：
- 一、特勤與空勤吊掛任務之規劃、督導及考核。
- 二、特勤與空勤吊掛專業訓練之規劃、督導及執行。
- 三、重大、特殊犯罪案件偵辦之支援。
- 四、特勤與空勤吊掛類裝備之規劃、建置、督導及考核。
- 五、特勤與空勤吊掛類人員任用之建議及管制。
- 六、特勤快艇維修、保養業務與裝備料件等管理之執行及陳報。
- 七、其他有關特勤事項。
第 10 條
督察科掌理事項如下：
- 一、年度督察工作計畫之執行。
- 二、海域與海岸偵防勤務督察與內部紀律維護業務之規劃、執行及考核。
- 三、機關人員意外事件及與民眾糾紛之查處。
- 四、機關人員保護管束之執行。
- 五、法制業務、訴願及國家賠償事件之處理。
- 六、其他有關督察事項。
第 11 條
秘書室掌理事項如下：
- 一、印信典守及文書、檔案之管理。
- 二、議事、出納、財物及其他事務之管理。
- 三、國會聯絡與媒體公關事務之策劃及執行。
- 四、後勤裝備、物資補給、保修維護、運輸勤務與醫療衛生之督導、執行及管制。
- 五、採購作業之執行及管制。
- 六、通信系統、視訊系統與通資訊骨幹網路之規劃、建置、維護及管理。
- 七、通信系統裝備運用，數據網路管理、效能管制等業務之督導及審議。
- 八、資通安全工作之推動、協調及執行。
- 九、公產、公物及建築之管理。
- 十、不屬其他各科、室及隊事項。
第 15 條
偵防查緝隊掌理事項如下：
- 一、重大、特殊與其他犯罪案件之調查、偵辦及協助。
- 二、刑事鑑識工作之執行。
- 三、安全情報、反情報之蒐集、彙整及運用。
- 四、專案諮詢之部署、運用及執行。
- 五、其他有關偵防查緝事項。
第 16 條
特勤隊掌理事項如下：
- 一、海域與海岸反恐怖活動、反劫持及重大案件應（制）變行動之執行。
- 二、海域與海岸救難、海洋災害救護及空中偵巡任務之支援。
- 三、海巡人員特殊專業訓練之支援。
- 四、其他有關特勤事項。