第 5 條
巡防科掌理事項如下：
- 一、海域與海岸巡防勤務、業務、任務演習、專案演訓、配合國軍協同作戰演訓等之規劃、執行及考核。
- 二、海域巡護、共同執法、聯合護漁與海洋權益維護之督導、執行及考核。
- 三、海洋污染防治與海洋資源保護勤務之督導、執行及考核。
- 四、海上災害救護、交通秩序管制與維護、海上船舶碰撞糾紛蒐證、處理之執行及考核。
- 五、海上災害救護所需水文、海洋資訊、船舶資訊與相關海上航行安全資訊整備、運用之執行及考核。
- 六、海岸巡防機關器械、彈藥配賦運用之督導、執行、考核與其他巡防裝備之配置、管理、督導及考核。
- 七、長官視導、特種警衛勤務、人員與駐地安全防護、海域與海岸反恐怖活動之執行及考核。
- 八、海域與海岸有關安全情資蒐報、犯罪偵防、偵蒐（防）裝備與其他情報相關事項之研整、協調及管理。
- 九、海巡隊、機動海巡隊、直屬船隊勤務人力部署、艦船艇需求與轄區劃分之規劃、督導、執行及考核。
- 十、其他有關巡防事項。
第 6 條
檢管科掌理事項如下：
- 一、入出港船舶與其他水上運輸工具及通商口岸人員安全檢查之執行。
- 二、協助國內僱用大陸船員相關管制之執行。
- 三、岸際、港口各項法令彙整與勤（業）務資料之統計、分析及運用。
- 四、傳染性疫病防處勤務之規劃、督導、執行及考核。
- 五、岸巡單位、勤務人力調整之規劃、督導、執行及協調。
- 六、沿近海漁業資源維護、違規取締案件管理與人民申請進出海岸管制區管理及安全維護之執行。
- 七、安全檢查勤務之規劃、督導、演訓及考核。
- 八、安檢裝備、系統之配置、管理、督導及考核。
- 九、其他有關檢管事項。
第 7 條
後勤科掌理事項如下：
- 一、後勤裝備、物資補給、保修維護、運輸勤務與醫療衛生之執行及管制。
- 二、營繕工程規劃設計之執行及管制。
- 三、採購作業之執行及管制。
- 四、不動產之取得、保管、使用維護、處分之執行及管制。
- 五、國有財產產籍管理之執行及管制。
- 六、其他有關後勤事項。
第 9 條
督察科掌理事項如下：
- 一、年度督察工作計畫之執行。
- 二、海域與海岸巡防勤務督察、內部紀律維護業務之規劃、督導、執行及考核。
- 三、機關人員意外事件及與民眾糾紛之查處。
- 四、機關人員保護管束之執行。
- 五、法制業務、訴願及國家賠償事件之處理。
- 六、協助艦船艇維修後之檢驗工作及海損調查。
- 七、其他有關督察事項。
第 10 條
勤務指揮中心掌理事項如下：
- 一、海域與海岸狀況之初步應變、指導、處理、管制及通報。
- 二、勤務單位、人員之指揮、管制及協調統合。
- 三、海巡雷達與雷情系統之訓練運用、管制、督導及考核。
- 四、海巡報案專線一一八與遠洋衛星電話之執行及管制。
- 五、海情系統之督導及考核。
- 六、其他有關勤務指揮事項。
第 11 條
巡防及戰備科掌理事項如下：
- 一、海域與海岸巡防勤務、業務之執行及考核。
- 二、涉及東南沙防務與海域、海岸巡防任務演訓之督導、執行及考核。
- 三、防衛性武器、彈藥配賦運用之督導、執行、考核與其他巡防裝備之配置、管理、督導及考核。
- 四、長官視導、特種警衛勤務、人員與駐地安全防護、海域與海岸反恐怖活動之執行及考核。
- 五、東南沙登島相關事務之督導、執行及考核。
- 六、與各機關有關海域與海岸巡防任務之協調聯繫及執行。
- 七、海上災害救護、交通秩序管制與維護、海上船舶碰撞糾紛蒐證、處理之執行及考核。
- 八、海上災害救護所需水文、海洋資訊、船舶資訊與相關海上航行安全資訊整備、運用之執行及考核。
- 九、有關勤務指揮之執行及考核。
- 十、其他有關巡防及戰備事項。
第 12 條
維修養護科掌理事項如下：
- 一、艦船艇計畫維修制度（PMS） 與船況設備偵測（AEC） 之規劃及執行。
- 二、艦船艇自力維保之規劃、督導、執行及考核。
- 三、艦船艇維保督工與技術通報之研整、規劃及督導事項。
- 四、艦船艇、庫房保險之規劃及管理。
- 五、艦船艇開口合約之規劃、執行及管理。
- 六、報廢艦船艇及附屬設備之處理。
- 七、海損出險及評議會議之執行。
- 八、艦船艇航儀設備、船台無線電通信設備之維護及管理。
- 九、艦船艇料配件管理之規劃、督導及執行。
- 十、其他有關艦船艇維修養護事項。