第 5 條
綜合規劃組掌理事項如下：
- 一、本署施政策略、施政計畫、中長程個案計畫之彙辦、管制及評估。
- 二、海洋生態系管理、海洋保護區域之整合、規劃、協調及推動。
- 三、海岸與海域管理工作之協調及配合。
- 四、海洋保育教育宣導之規劃、協調、推動及執行。
- 五、海洋保育資訊調查之規劃、協調、統計及應用。
- 六、國際合作與技術交流之規劃、協調、推動及執行。
- 七、法制、訴願與國家賠償事件之審議及處理。
- 八、其他有關綜合規劃事項。
第 6 條
海洋生物保育組掌理事項如下：
- 一、海洋生物多樣性保育與復育政策之整合、規劃、協調、推動及執行。
- 二、海洋生物外來種防治政策之整合、規劃、協調及執行。
- 三、海洋非漁業資源保育與管理政策之規劃、協調及執行。
- 四、海洋生物多樣性種原庫與基因庫設置之研擬、協調及推動。
- 五、海洋生物巡護、監控、管制與調查之規劃、協調及推動。
- 六、海洋生物保育法規制（訂）定、修正、廢止及解釋之研擬。
- 七、其他有關海洋生物保育事項。
第 7 條
海洋環境管理組掌理事項如下：
- 一、海洋環境保護政策之整合、規劃、協調及執行。
- 二、海洋污染防治政策之整合、規劃、協調及執行。
- 三、海洋環境管理法規制（訂）定、修正、廢止及解釋之研擬。
- 四、海洋水質維護策略之擬訂、整合、協調及執行。
- 五、重大海洋污染事件之應變、協調及督導。
- 六、海洋環境監測之研擬、規劃、協調及執行。
- 七、其他有關海洋環境管理事項。