第 2 條
本法中華民國九十三年四月十四日修正施行前，飼養家畜、家禽已達中央主管機關公告指定之飼養規模以上者，因土地使用或建築管理等限制，而未能依本法施行細則第四條規定辦理畜牧場登記者，應自本辦法發布之日起至民國九十六年十二月三十一日止向所在地鄉（鎮、市、區）公所申請畜禽飼養登記。
第 3 條
- 1申請畜禽飼養登記應填具申請書（格式如附件一），報經所在地鄉（鎮、市、區）公所審查，符合規定者轉送該管直轄市或縣（市）主管機關核發畜禽飼養登記證。
- 2申請畜禽飼養登記時應檢附下列書件：
- 一、負責人及主要管理人之身分證明文件影本。
- 二、畜禽飼養場坐落位置之土地登記謄本及地籍圖謄本。但直轄市或縣（市）地政主管機關能提供網路查詢者，得免予檢附。
- 三、畜禽飼養場位置圖及配置圖或地政機關建物複丈成果圖。
- 四、畜牧設施說明書。
- 五、死廢畜禽廢棄物處理計畫書。
第 6 條
畜禽飼養登記證有效期限為五年，期滿仍須繼續飼養者，應於期限屆滿前三個月內填具展延申請書（格式如附件三）及檢附原畜禽飼養登記證，報經所在地鄉（鎮、市、區）公所審查，符合規定者轉送該管直轄市或縣（市）主管機關予以展延並換發新證。
第 7 條
- 1已辦理登記之畜禽飼養場，不得擴大飼養規模、新建、增建、改建畜禽舍或其他畜牧設施，或變更場址或飼養家畜、家禽種類。但有下列情形之一者，得新建、增建、改建畜禽舍或其他畜牧設施：
- 一、為改善環境污染或資源回收再利用之必要設施。
- 二、因防疫需要，改善為密閉式或非開放式禽舍。
- 三、因產業升級需要，改善為節能、節水、環境控制畜禽舍。
- 四、為採友善式飼養，改善畜禽舍。
- 2前項第二款至第四款設施改善面積，不得超過畜禽飼養登記證畜牧設施之畜禽舍面積。
第 8 條
畜禽飼養登記證除前條限制規定外，有變更時，應於事實發生後一個月內填具變更申請書（格式如附件四）及檢附原畜禽飼養登記證，報經所在地鄉（鎮、市、區）公所審查，符合規定者轉送該管直轄市或縣（市）主管機關變更登記並換發新證。
第 9 條
已辦理登記之畜禽飼養場違反前二條規定者，應由所在地鄉（鎮、市、區）公所報請該管直轄市或縣（市）主管機關除依本法規定處罰外，直轄市或縣（市）主管機關並得通知限期改善或辦理，屆期不改善或辦理者，按次分別處罰。