第 4 條
本院對其他機關或人員所提供、答復或陳述之國家機密，應確實依本法有關國家機密之維護規定處理，並將資料單獨密封成卷，循行政程序報請秘書長核可後，移請秘書處依其機密等級妥善保存管理。其需附於辦理案件之卷宗者，全卷之機密等級以其中最高之機密等級為機密等級。
第 6 條
本院各單位收發人員發現所收受係屬其他機關或人員提供之國家機密時，應詳細檢查封口有無異狀，依內封套記載情形登記，並交由專責人員親自處理，其處理規定如下：
- 一 國家機密文書之收文登記，應建立專用登記簿。
- 二 受文者為本院院長、副院長或委員者，分別送請院長室秘書、副院長室秘書或委員助理簽收轉陳。
- 三 受文者為本院或本院秘書長者，送交秘書處文書科科長簽收轉陳秘書長。
- 四 受文者為本院各處、室或委員會者，送請各單位主管人員簽收啟封。
- 五 受文者為本院其他人員者，送交其本人簽收處理。
- 六 啟封人員，應核對其內容及附件。
第 7 條
本院辦理案件，於簽註意見、撰擬調查報告、糾正案文、彈劾案文、糾舉案文或其他相關文件時，對其他機關或人員所提供、答復或陳述之國家機密，以不直接援引其內容，僅引檔號為原則。但確有必要援引時，該援引機密之文件應使用保密封套單獨封裝處理，其機密等級與該國家機密相同。
第 8 條
- 1本院各委員會、國家人權委員會或糾彈案件審查會審查涉及國家機密之調查報告、糾正案文、彈劾案文、糾舉案文或其他相關文件時，應以秘密會議或不公開方式行之。
- 2前項會議，如調查報告、糾正案文、彈劾案文、糾舉案文或其他相關文件，未援引國家機密者，審查會時，仍應備齊相關資料攜至會場備參。
- 3第一項文件，如有援引國家機密者，其會議資料，應標示機密等級、編號分發、逐頁註記與分發編號相同之號碼、確實登錄其使用人員，並於會議前一天下午密送應出席委員。但調查（提案）委員認有必要時，得簽奉院長核定，於會議當日在會場分送出席委員。另於會議資料首頁應提示保密義務及不得攜離會場，會後須當場清點收回。
第 9 條
- 1本院辦理案件，對其他機關或人員所提供、答復或陳述之國家機密，其資料訂卷時應依原核定機關所核定之機密等級、保密期限或解密條件，於卷面予以明確標示。
- 2前項原標示之保密期限或解密條件是否屆滿或成就如有疑義時，秘書處應通知業務承辦單位函詢原核定機關或其上級機關是否已解除機密。
- 3經原核定機關或其上級機關核定解除機密者，應為解除機密之標示。