第 3 條
本局局長綜理局務，副局長襄理局務，並設下列各課、室、水庫管理中心：
- 一、計畫課。
- 二、品管課。
- 三、工務課。
- 四、保育課。
- 五、養護課。
- 六、經管課。
- 七、資產課。
- 八、石門水庫管理中心。
- 九、寶山第二水庫管理中心。
- 十、秘書室。
- 十一、人事室。
- 十二、會計室。
- 十三、政風室。
第 4 條
計畫課職掌如下：
- 一、水資源調查、規劃、計畫擬訂及水資源工程規劃之設計事項。
- 二、多元水資源開發工程技術研究事項。
- 三、水資源之人文、地文、水文及生態研究分析與彙整。
- 四、技術性中長程施政計畫及特定案件管制考核事項。
- 五、專業訓練、技術性書刊出版、技術性法規及災害緊急應變綜合業務事項。
- 六、資訊作業計畫之策劃及推動事項。
- 七、資訊系統之建置、安全管理、技術支援與設備之管理及維護事項。
- 八、地理資訊系統之規劃、開發、建置及維護管理事項。
- 九、回饋補償、國家賠償之處理事項。
- 十、其他臨時交辦事項。
第 5 條
品管課職掌如下：
- 一、工程施工品質保證計畫之督導。
- 二、施工品質控制檢驗之督導。
- 三、工程施工中勞工安全衛生及環境保護事項之督導。
- 四、施工中工程品質之督導。
- 五、工程施工造成環保及公害糾紛處理事項。
- 六、工程品質檢驗技術之研究及改進事項。
- 七、其他臨時交辦事項。
第 6 條
工務課職掌如下：
- 一、年度工程施工計畫之編擬及執行管考。
- 二、工務行政、工程招標、訂約及驗收事項。
- 三、水資源開發工程監造事項。
- 四、工程施工技術之研究及改進事項。
- 五、工程施工地質研判及分析等事項。
- 六、其他臨時交辦事項。
第 7 條
保育課職掌如下：
- 一、水庫保護帶經營及維護治理等事項。
- 二、水資源公害糾紛處理事項。
- 三、水庫水源水質保護及環境保護事項。
- 四、各標的水資源污染處理及防治事項。
- 五、水庫保護帶災害緊急應變處理事項。
- 六、水庫防砂治理事項。
- 七、其他臨時交辦事項。
第 8 條
養護課職掌如下：
- 一、水庫安全檢查及評估事項。
- 二、水庫設施之觀測、維護及改善事項之督導與查核。
- 三、石門大壩、榮華大壩與義興防砂壩之週邊工程結構物之觀測、安全檢查及維護事項。
- 四、石門水庫蓄水範圍淤積處理事項。
- 五、石門大壩、榮華大壩及義興防砂壩（含石門及義興電廠）工程結構災害緊急應變處理事項。
- 六、其他臨時交辦事項。
第 9 條
經管課職掌如下：
- 一、各標的用水分配、調度、仲裁及移用補償事項。
- 二、水資源營運合約訂定及經費核收業務。
- 三、水權登記及管理業務。
- 四、亢旱因應及停灌休耕補償事項。
- 五、水資源聯合運用方案研究及資料管理事項。
- 六、用水計畫書審查之相關事項。
- 七、溫泉水權登記及管理業務。
- 八、違規取水查處事項。
- 九、堰壩蓄水範圍初審及會勘業務。
- 十、其他臨時交辦事項。
第 10 條
資產課職掌如下：
- 一、工程用地清查及取得事項。
- 二、公有土地管理及處分事項。
- 三、土地編定使用計畫及變更事項。
- 四、資產與基金管理及資金調度事項。
- 五、財產管理、清查及處分事項。
- 六、其他臨時交辦事項。
第 11 條
石門水庫管理中心職掌如下：
- 一、石門水庫防洪運轉及各標的用水運用之執行事項。
- 二、石門水庫集水區水文氣象觀測及警報系統設施之檢查維護事項。
- 三、石門水庫蓄水範圍使用管理事項。
- 四、石門水庫觀光業務及觀光設施之管理維護事項。
- 五、石門水庫環境綠美化及花木栽培維護管理事項。
- 六、其他臨時交辦事項。
第 12 條
寶山第二水庫管理中心職掌如下：
- 一、寶山第二水庫防洪運轉及各標的用水運用之執行事項。
- 二、寶山第二水庫集水區水文觀測及警報系統設施之檢查維護事項。
- 三、寶山第二水庫蓄水範圍使用管理事項。
- 四、寶山第二水庫集水區治理事項。
- 五、寶山第二水庫集水區緊急應變處理事項。
- 六、寶山第二水庫週邊工程結構物之觀測、安全檢查及維護事項。
- 七、隆恩堰及上坪堰之營運管理及維護事項。
- 八、其他臨時交辦事項。
第 13 條
秘書室職掌如下：
- 一、印信典守事項。
- 二、公文收發、繕校、稽催及檔案管理事項。
- 三、出納管理、有價證券保管及規費收繳事項。
- 四、辦公處所與宿舍管理、維修及環境整潔維護事項。
- 五、工友（含技工、駕駛）管理事項。
- 六、車輛管理及調度事項。
- 七、物品採購及財產管理事項。
- 八、勞務及財物採購事項。
- 九、公共關係協調聯絡事項。
- 十、文書作業檢核、研究發展及為民服務事項。
- 十一、防護團編組訓練及運用事項。
- 十二、其他臨時交辦事項。
第 14 條
人事室職掌如下：
- 一、組織編制及員額配置事項。
- 二、職務設置、歸系及異動管理事項。
- 三、職員派免遷調、銓敘及請任（免）事項。
- 四、考試分發之核簽擬辦事項。
- 五、分層負責之彙辦事項。
- 六、動員及緩召案件之擬辦及陳報事項。
- 七、人才儲備及人力規劃之擬辦事項。
- 八、職員考核獎懲及考績事項。
- 九、職員差勤之管理事項。
- 十、職員訓練、進修及出國事項。
- 十一、員工文康活動之辦理事項。
- 十二、職員待遇、福利及各項補助事項。
- 十三、職員退休、資遣、保險及撫卹事項。
- 十四、人事資料之蒐集、登記及保管事項。
- 十五、其他人事管理臨時相關事項。
第 15 條
會計室職掌如下：
- 一、非營業基金及本機關預（概）算之籌編、報核及分配事項。
- 二、預算執行之控制、審核及財務之稽核，採購案件之監辦。
- 三、經費流用與歲入、歲出保留案件之彙編及報核事項。
- 四、會計簿籍之登記及會計憑證之編製、保管，及各項會計報告之編製與公告事項。
- 五、辦理年度決算。
- 六、現金、票據、有價證券及其他財物之查核事項。
- 七、推動公務統計及制定水利業務統計制度。
- 八、辦理職務上應用統計分析及專（個）案統計調查。
- 九、統計資料之管理、提供、發布及統計書刊之編印。
- 十、辦理主計人員之人事管理事項。
- 十一、其他有關歲計、會計及統計事項。
第 16 條
政風室職掌如下：
- 一、政風法令之擬訂事項。
- 二、政風法令之宣導事項。
- 三、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
- 四、政風興革建議事項。
- 五、政風考核獎懲建議事項。
- 六、公務機密維護事項。
- 七、其他有關政風事項。