第 3 條
本所所長綜理所務，副所長襄理所務，並設下列各課室：
- 一、灌排規劃課。
- 二、河川規劃課。
- 三、水資源規劃課。
- 四、水工試驗課。
- 五、大地工程試驗課。
- 六、秘書室。
- 七、人事室。
- 八、會計室。
- 九、政風室。
第 4 條
灌排規劃課職掌如下：
- 一、中央管排水及地方重大區域排水改善規劃事項。
- 二、區域排水改善技術研究發展計畫事項。
- 三、區域排水洪峰水位觀測分析事項。
- 四、全國區域排水普查事項。
- 五、灌溉試驗及相關器材檢定測試事項。
- 六、省水灌溉推廣及節流設備研究事項。
- 七、全國重大灌溉計畫之調查規劃設計事項。
- 八、灌溉排水議題研究事項。
- 九、其他臨時交辦事項。
第 5 條
河川規劃課職掌如下：
- 一、河川治理規劃、治理基本計畫及水道治理計畫線、堤防預定線之訂定。
- 二、全國河川防災計畫之測量、規劃、研究及防災對策之研擬。
- 三、全國河川水系洪水量分析及技術研究。
- 四、河川生態多樣性及河川環境保全之專業調查、規劃及研究。
- 五、河川泥沙運動及河川演變之研究。
- 六、海岸變遷調查分析研究與海岸防護、保全之規劃、設計及研究。
- 七、河川綜合治理、防災與海岸防護保全規劃、專業技術研究及改進事項。
- 八、其他臨時交辦事項。
第 6 條
水資源規劃課職掌如下：
- 一、全國水資源調查及規劃事項。
- 二、全國各河川、水路及水文系統分析事項。
- 三、水資源開發計畫之調查、規劃及研究工作。
- 四、水資源規劃技術之策劃、研究及改進事項。
- 五、水資源統籌調配規劃及研究工作。
- 六、各標的用水基本資料統計工作。
- 七、水庫集水區保育治理規劃及研究工作。
- 八、旱災防救方案之規劃及研究工作。
- 九、水源水質檢驗分析研究工作。
- 十、其他臨時交辦事項。
第 7 條
水工試驗課職掌如下：
- 一、水工結構物之物理與數學模型之試驗及研究事項。
- 二、水文、水理儀器檢定試驗事項。
- 三、中長期河道治理、水庫防淤、水工構造物保護工法之試驗及研究事項。
- 四、水利、環保生態功能水工構造物功能調查及技術開發研究事項。
- 五、其他臨時交辦事項。
第 8 條
大地工程試驗課職掌如下：
- 一、工程地質鑽探、調查與岩石及土壤力學試驗事項。
- 二、工程材料調查及試驗事項。
- 三、地下水資源調查及試驗事項。
- 四、水利工程構造物破壞性及非破壞性檢測技術之研究事項。
- 五、大地工程技術之研究及改進事項。
- 六、集水區治理工程之調查及規劃設計事項。
- 七、水庫及堰壩淤積物調查及試驗事項。
- 八、其他臨時交辦事項。
第 9 條
秘書室職掌如下：
- 一、印信典守及公文收發、繕校、稽催及檔案管理事項。
- 二、出納管理、有價證券保管及規費收繳事項。
- 三、辦公處所及宿舍維修、環境整潔維護及公務車輛管理事項。
- 四、駕駛、技工、工友之管理及勞務外包業務事項。
- 五、財物採購及管理事項。
- 六、辦公場所佈置及管理事項。
- 七、公共關係協調聯絡及所務會議召開作業及會議紀錄事項。
- 八、綜合業務管制考核、文書作業檢核、研究發展及為民服務事項。
- 九、資訊相關業務之建置、維護及發展等事項。
- 十、不屬於其他各課、室業務及臨時交辦事項。
第 10 條
人事室職掌如下：
- 一、組織編制及員額配置事項。
- 二、職務設置、歸系及異動管理事項。
- 三、職員派免遷調、銓敘及請任（免）事項。
- 四、考試分發之核簽擬辦事項。
- 五、分層負責之彙辦事項。
- 六、動員及緩召案件之擬辦及陳報事項。
- 七、人才儲備及人力規劃之擬辦事項。
- 八、職員考核獎懲及考績事項。
- 九、職員差勤之管理事項。
- 十、職員訓練、進修及出國事項。
- 十一、職員文康活動之辦理事項。
- 十二、職員待遇、福利及各項補助事項。
- 十三、職員退休、資遣、保險及撫卹事項。
- 十四、人事資料之蒐集、登記及保管事項。
- 十五、其他人事管理相關事項。
第 11 條
會計室職掌如下：
- 一、本所預（概）算之籌編、報核及分配事項。
- 二、預算執行之控制、審核及財務之稽核。
- 三、採購案件之監辦。
- 四、經費流用與歲入、歲出保留案件之彙編及報核事項。
- 五、辦理年度決算。
- 六、會計簿籍之登記與會計憑證之編製、保管暨各項會計報告之編製及公告事項。
- 七、現金、票據、有價證券及其他財物之查核事項。
- 八、推動公務統計及制訂水利業務統計制度。
- 九、辦理職務上應用統計分析及專（個）案統計調查之舉辦。
- 十、統計資料之管理、提供、發布及統計書刊之編印。
- 十一、辦理會計人員之人事管理事項。
- 十二、其他有關歲計、會計及統計事項。
第 12 條
政風室職掌如下：
- 一、政風法令之擬定。
- 二、政風法令之宣導事項。
- 三、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
- 四、政風興革建議事項。
- 五、政風考核獎懲建議事項。
- 六、公務機密維護事項。
- 七、其他有關政風事項。