第 3 條
本局局長綜理局務，副局長襄助局長處理局務，秘書綜理文稿及協助局長處理水利行政業務，並設下列各課、室：
- 一、企劃課。
- 二、水質課。
- 三、保育課。
- 四、管理課。
- 五、建管課。
- 六、秘書室。
- 七、人事室。
- 八、會計室。
- 九、政風室。
第 4 條
企劃課職掌如下：
- 一、集水區保育之資源調查、規劃及計畫擬訂。
- 二、集水區保育之相關研究發展事項之推動。
- 三、中長程計畫及特定案件之管制考核。
- 四、水資源相關會議幕僚作業事項。
- 五、災害緊急應變綜合業務事項。
- 六、資訊作業計畫之規劃及推動事項。
- 七、資訊系統之建置、安全管理、技術支援與設備之管理及維護事項。
- 八、地理資訊系統之運用規劃及維護管理事項。
- 九、年度計畫研擬、績效檢討及年度成果彙編事項。
- 十、各項水資源資料彙整、統計分析及成果報告之編撰。
- 十一、有關教育宣導事項。
- 十二、其他臨時交辦事項。
第 5 條
水質課職掌如下：
- 一、環境改善維護事項。
- 二、河川水量之觀測分析事項。
- 三、水質污染防治計畫之擬訂及執行。
- 四、水質監視網之規劃與設立及水質檢驗分析。
- 五、違反水污染防治法、廢棄物清理法、自來水法、水利法、下水道法、飲用水管理條例、臺北水源特定區土地使用管制要點並有礙水源水質水量保護行為之查報取締及處理。
- 六、下水道計畫之擬訂與執行及系統設施操作維護。
- 七、納入公共下水道接管申請案件之設計圖說審查、竣工查驗及專用下水道之納管總量管制。
- 八、公共下水道之緊急應變處理事項。
- 九、其他臨時交辦事項。
第 6 條
保育課職掌如下：
- 一、集水區治理年度計畫之擬訂及執行。
- 二、治理工程用地取得相關事項。
- 三、計畫辦理工程測量、設計、發包、施工、監造、驗收及其他相關事宜。
- 四、申請施設水土保持案件之會辦。
- 五、工程施工技術之研究及改進事宜。
- 六、工程災害之緊急應變處理事項。
- 七、配合林業主管機關造林計畫之擬訂及執行。
- 八、其他臨時交辦事項。
第 7 條
管理課職掌如下：
- 一、工礦與土石採取管理及違反土石採取法、水利法並有礙水源水質水量保護行為之查報取締與處理。
- 二、觀光遊憩管理及違反發展觀光條例、風景特定區管理規則並有礙水源水質水量保護行為之查報取締與處理。
- 三、林地管理及違反森林法並有礙水源水質水量保護行為之查報取締與處理。
- 四、集水區土地使用管制及違反水利法、森林法、水土保持法、都市計畫法、山坡地保育利用條例、臺北水源特定區土地使用管制要點並有礙水源水質水量保護行為之查報取締與處理。
- 五、水源保育與回饋費管理及運用事項之配合。
- 六、溫泉管理之會辦。
- 七、用地取得相關事項。
- 八、闢建道路申請案之審查及核轉事項。
- 九、其他臨時交辦事項。
第 8 條
建管課職掌如下：
- 一、土地使用分區證明之核發。
- 二、特定區計畫樁位測定埋設及維護管理。
- 三、拆除執照、建造執照、雜項執照及使用執照之核發。
- 四、建築物之施工及使用管理。
- 五、建築線指定、畸零地合併使用及法定空地證明之核發。
- 六、違章建築之查報、認定及處理。
- 七、其他臨時交辦事項。
第 9 條
秘書室職掌如下：
- 一、業務專業以外研考業務之規劃及推展事項。
- 二、公共關係、文書、檔案、印信、出納、事務管理、財產管理及法制。
- 三、事務採購案件之公告、開標、決標及其他相關作業。
- 四、工友管理。
- 五、其他臨時交辦事項。
第 10 條
人事室職掌如下：
- 一、組織編制及員額配置事項。
- 二、職務設置、歸系及異動管理事項。
- 三、職員派免遷調、銓敘及請任（免）事項。
- 四、考試分發之核簽擬辦事項。
- 五、分層負責之彙辦事項。
- 六、動員及緩召案件之擬辦及陳報事項。
- 七、人才儲備及人力規劃之擬辦事項。
- 八、職員考核獎懲及考績事項。
- 九、職員差勤之管理事項。
- 十、職員訓練、進修及出國事項。
- 十一、員工文康活動之辦理事項。
- 十二、職員待遇、福利及各項補助事項。
- 十三、職員退休、資遣、保險及撫卹事項。
- 十四、人事資料之蒐集、登記及保管事項。
- 十五、其他人事管理相關事項。
第 11 條
會計室職掌如下：
- 一、本局預（概）算之籌編、報核及分配事項。
- 二、預算之執行控制、經費開支之內部審核及預算科目流用之審核、編報。
- 三、會計簿籍之記載、會計憑證之編製、保管及會計報告之編製與公告事項。
- 四、採購案件之監辦事項及財務上增進效能建議。
- 五、公務統計資料之管理、提供與發布及業務統計報表之彙辦。
- 六、辦理主計人員之人事管理事項。
- 七、其他臨時交辦事項。
第 12 條
政風室職掌如下：
- 一、政風法令之擬訂事項。
- 二、政風法令之宣導事項。
- 三、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
- 四、政風興革建議等事項。
- 五、政風考核獎懲建議事項。
- 六、公務機密維護事項。
- 七、其他有關政風事項。