第 2 條
森林區域內有下列條件之一者，得設置為自然保護區：
- 一、具有生態及保育價值之原始森林。
- 二、具有生態代表性之地景、林型。
- 三、特殊之天然湖泊、溪流、沼澤、海岸、沙灘等區域。
- 四、保育類野生動物之棲息地或珍貴稀有植物之生育地。
- 五、其他經主管機關認定有特別保護之必要。
第 4 條
自然保護區之設置地點及範圍，由森林所有人，擬具綱要規劃書，載明下列事項，報請中央主管機關核定公告；變更時亦同。
- 一、林地位置、範圍、面積。
- 二、環境特質及資源現況。
- 三、設置或變更之理由。
- 四、既有之保育措施及未來之保育策略。
第 5 條
- 1自然保護區之設置地點及範圍，經核定公告後，森林所有人或經公告指定之管理經營機關應於六個月內，擬訂自然保護區經營管理計畫（以下簡稱經營管理計畫），並在森林所在地之鄉（鎮、市、區）公所舉行說明會，聽取當地居民意見後，報請中央主管機關核定實施；變更時亦同。
- 2前項經營管理計畫，應載明下列事項：
- 一、計畫緣起：設立之目的、依據、範圍。
- 二、計畫目標及內容：計畫欲達成之目標、期程、需求經費及內容。
- 三、計畫地區環境特質及資源現況：自然及人文環境、自然資源及土地利用現況、現有設施及現有潛在因子、因應策略。
- 四、分區規劃及保護利用管制事項：分區規劃範圍、環境資源及環教推廣、設施維護及重大災害應變。
- 五、分區之許可、管制及利用事項。
- 六、委託管理事項。
- 七、圖籍資料：保護區面積在一千公頃以下，比例尺不得小於五千分之一；面積超過一千公頃者，比例尺不得小於二萬五千分之一，可清楚顯示界線之相關位置圖。
- 八、附錄及其他指定事項，包括說明會紀錄。
- 3經營管理計畫每五年至少通盤檢討一次。
- 4第一項說明會得結合網際網路資源，徵集意見。
第 7 條
管理經營機關得視自然保護區內環境特性及生態狀況劃分下列各區，並報經中央主管機關同意後管理之：
- 一、核心區：指受保護對象之主要生存、棲息、繁衍及族群最集中或地質地形最脆弱敏感之區域，並具易辨識區隔之天然或人為界線，區內僅供科學研究及生態監測活動。
- 二、緩衝區：指位於核心區外圍，隔離外界與核心區，以減少外在環境對核心區之影響。區內可進行與核心區相關之科學研究與生態及人文監測活動，並容許有限度之環境教育活動。
- 三、永續利用區：指位於緩衝區外圍，以維護保育對象的生存、繁衍，並促進鄰近社區之發展，區內資源容許有限度之利用。
第 8 條
管理經營機關得將下列自然保護區管理事務項目，委託或補助研究機構、民間保育團體、個人（以下簡稱管理單位）辦理。
- 一、自然保護區內生態資源調查、環境監測及資料庫之建立。
- 二、自然保護區之資源維護及管理。
- 三、自然保護區內科學研究、教育宣導等活動之舉辦及許可。
第 9 條
自然保護區內禁止下列行為：
- 一、採折花木，或於樹木、岩石、標示、解說牌或其他土地定著物加刻文字或圖形。
- 二、經營流動攤販。
- 三、隨地吐痰、拋棄瓜果、紙屑或其他廢棄物。
- 四、污染地面、牆壁、樑柱、水體、空氣或製造噪音。
- 五、騷擾或毀損野生動物巢穴。
- 六、擅自進入自然保護區內。
第 10 條
- 1在自然保護區之核心區與緩衝區，有下列情形，應經管理經營機關許可後進入。
- 一、為學術研究必要者。
- 二、為控制或防護傳染疫病所必要者。
- 三、為維護原有之自然環境所必要者。
- 2前項進入之期間、範圍、人數以及從事之行為種類、地點等事項，管理經營機關應依保護區經營管理計畫審核。
第 11 條
- 1在自然保護區之永續利用區，經申請管理經營機關或管理單位轉主管機關許可者，得為下列行為：
- 一、設置廣告、招牌或其他類似物。
- 二、採集標本。
- 三、焚毀草木。
- 四、填塞、改道或擴展水道或水面。
- 五、經營客、貨運。
- 六、有正當理由，必須使用影響森林環境之交通工具者。
- 七、引進或攜出動、植物等天然出產物。
- 八、探採礦、採取土石、挖掘埋藏物或改變水文、地形、地貌之行為。
- 九、溯溪或泛舟。
- 十、動、植物之復育。
- 十一、經營管理計畫應經許可之事項。
- 2前項申請書格式如附表。