第 2 條
行政院海岸巡防署海洋巡防總局（以下簡稱本總局）掌理下列事項： 一、關於海域犯罪之偵防事項。 二、關於海上、非通商口岸之查緝走私事項。 三、關於依法執行下列事項︰ （一）海上交通秩序之管制及維護事項。 （二）海上船舶碰撞及其他糾紛之蒐證、處理事項。 （三）海難船舶與人員之搜索、救助及緊急醫療救護事項。 （四）海洋災害之救護事項。 （五）漁業巡護及漁業資源之維護事項。 （六）海洋環境保護及保育事項。 （七）其他依法執行事項。 四、關於海上涉外事務之協調、調查及處理事項。 五、關於海上巡防勤務、業務之規劃、督導及考核事項。 六、關於船舶、航空器之規劃、設計、建造、維修等事項。 七、關於風紀維護之規劃、督導、考核及違紀案件之查處事項。 八、關於訓練之策劃、執行及考核等事項。 九、關於各項法令疑義之解釋及簿冊之規劃設計事項。 十、其他依法應規劃、執行事項。
第 6 條
本總局置主任秘書一人，組長四人，職務均列簡任第十一職等或警監；主任四人，職務列簡任第十職等至第十一職等或警監，其中秘書室主任一人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等或警正至警監；副組長四人，職務列簡任第十職等或警監；專門委員三人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等或警正至警監；督察三人，秘書二人，職務均列薦任第八職等至第九職等或警正，其中督察一人，職務得列薦任第九職等至簡任第十職等或警正至警監；技正三人，職務列薦任第八職等至第九職等，其中一人，職務得列簡任第十職等；科長二十一人，職務列薦任第九職等或警正；專員二十四人，職務列薦任第七職等至第八職等或警正；科員六十五人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或警佐或警正；技士六人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；技佐七人，職務列委任第四職等至第五職等，其中三人，職務得列薦任第六職等；辦事員七人，職務列委任第三職等至第五職等；書記四人，職務列委任第一職等至第三職等。
第 9 條
- 1本總局為應業務需要，設偵防查緝隊及直屬船隊，得分組辦事。
- 2偵防查緝隊置隊長一人，職務列簡任第十職等或警監；副隊長一人，職務列薦任第九職等或警正；組主任三人，職務列薦任第九職等或警正；專員二人，職務列薦任第七職等至第八職等或警正；偵查員六十九人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或警佐或警正；技士三人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；技佐三人，職務列委任第四職等至第五職等，其中一人，職務得列薦任第六職等；辦事員一人，職務列委任第三職等至第五職等。
- 3直屬船隊置隊長一人，職務列簡任第十職等或警監；副隊長一人，職務列薦任第九職等或警正；分隊長十一人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或警佐或警正；技士二人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；技佐二人，職務列委任第四職等至第五職等，其中一人，職務得列薦任第六職等；小隊長十七人，職務列委任第四職等至第五職等或薦任第六職等或警佐或警正；隊員八十四人，職務列委任第三職等至第五職等或警佐，其中四十二人，職務得列薦任第六職等或警正；辦事員二人，職務列委任第三職等至第五職等。
第 10 條
- 1本總局得視勤務需要，設十個甲種編制海巡隊，六個乙種編制海巡隊，二至四個機動海巡隊，並得分組辦事。
- 2甲種編制海巡隊置隊長十人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等或警正至警監；副隊長十人，職務列薦任第九職等或警正；組主任三十人，職務列薦任第八職等至第九職等或警正；科員六十人，分隊長一百一十人，職務均列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或警佐或警正；技士二十人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；小隊長二百人，職務列委任第四職等至第五職等或薦任第六職等或警佐或警正；技佐二十人，職務列委任第四職等至第五職等，其中十人，職務得列薦任第六職等；隊員一千二百五十人，職務列委任第三職等至第五職等或警佐，其中六百二十五人，職務得列薦任第六職等或警正；辦事員十人，職務列委任第三職等至第五職等；書記九人，職務列委任第一職等至第三職等。
- 3乙種編制海巡隊置隊長六人，職務列薦任第九職等或警正；副隊長六人，職務列薦任第八職等至第九職等或警正；組主任十二人，職務列薦任第八職等至第九職等或警正；科員十八人，分隊長三十人，職務均列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或警佐或警正；技士六人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；小隊長三十人，職務列委任第四職等至第五職等或薦任第六職等或警佐或警正；隊員二百九十四人，職務列委任第三職等至第五職等或警佐，其中一百四十七人，職務得列薦任第六職等或警正；辦事員六人，職務列委任第三職等至第五職等；書記六人，職務列委任第一職等至第三職等。
- 4機動海巡隊置隊長二人至四人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等或警正至警監；副隊長二人至四人，職務列薦任第九職等或警正；組主任六人至十二人，視察二人至四人，職務均列薦任第八職等至第九職等或警正；專員四人至八人，職務列薦任第七職等至第八職等或警正；科員十人至二十人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或警佐或警正；辦事員八人至十六人，職務列委任第三職等至第五職等。置艦長十六人至二十人，職務列薦任第七職等至第九職等，其中八人至十人，職務得列簡任第十職等；輪機長十六人至二十人，大副十六人至二十人，職務均列薦任第七職等至第九職等；報務主任三人至七人，艦艇駕駛員四十八人至六十人，艦艇機師四十八人至六十人，職務均列薦任第六職等至第八職等；報務員三人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；技術助理員五十二人至八十八人，職務列委任第三職等至第五職等；技術生七十五人至一百四十五人，職務列委任第一職等至第三職等。