第 3 條
本署就主管事務，對於直轄市、縣（市）政府之命令或處分，認為有違背法令或逾越權限，或應執行法令而不執行者，得報請行政院停止、撤銷或處理之。但情事緊急時，本署得發布署令先行停止、撤銷或處理之。
第 4 條
本署設左列各處、室：
- 一、綜合計畫處。
- 二、空氣品質保護及噪音管制處。
- 三、水質保護處。
- 四、廢棄物管理處。
- 五、環境衛生及毒物管理處。
- 六、管制考核及糾紛處理處。
- 七、環境監測及資訊處。
- 八、秘書室。
第 5 條
綜合計畫處掌理左列事項：
- 一、關於環境保護政策、方案、法規之研訂、策劃及推動事項。
- 二、關於年度施政計畫及報告之彙編事項。
- 三、關於自然保育之規劃、聯繫、推動及協調事項。
- 四、關於環境影響評估制度之策劃、推動、輔導、監督及評估報告之審核事項。
- 五、關於環境保護之研究發展事項。
- 六、關於環境保護年鑑、年報之彙編事項。
- 七、關於環境保護人員之培訓事項。
- 八、關於環境保護之教育及宣導事項。
- 九、關於國際合作之策劃、推動及協調事項。
- 十、關於環境保護團體與事業之聯繫、監督及輔助事項。
- 十一、關於其他綜合性環境保護計畫事項。
第 6 條
空氣品質保護及噪音管制處掌理左列事項：
- 一、關於空氣品質保護及噪音、振動管制之政策、法規之研訂事項。
- 二、關於噪音、振動管制之策劃、指導及監督事項。
- 三、關於惡臭及固定污染源空氣污染防治之策劃、指導及監督事項。
- 四、關於交通工具空氣污染防治之策劃、指導及監督事項。
- 五、關於非屬原子能游離輻射污染之輻射污染防治之策劃、指導及監督事項。
- 六、關於其他空氣品質保護及噪音、振動管制事項。
第 7 條
水質保護處掌理左列事項：
- 一、關於水質保護政策及法規之研訂事項。
- 二、關於廢水、污水排放、管制之策劃、指導及監督事項。
- 三、關於地面水、地下水、地盤下陷污染防治之策劃、指導及監督事項。
- 四、關於海洋污染防治之策劃、指導、監督或執行事項。
- 五、關於污水放流海洋之指導及監督事項。
- 六、關於其他水質保護事項。
第 8 條
廢棄物管理處掌理左列事項：
- 一、關於廢棄物管理與土壤污染防治政策及法規之研訂事項。
- 二、關於一般廢棄物管理與土壤污染防治之策劃、指導及監督事項。
- 三、關於事業廢棄物管理之策劃、指導及監督事項。
- 四、關於廢棄物投棄海洋之管制事項。
- 五、關於其他廢棄物管理及土壤污染防治事項。
第 9 條
環境衛生及毒物管理處掌理左列事項：
- 一、關於環境衛生管理政策及法規之研訂事項。
- 二、關於環境衛生管理之策劃、指導及監督事項。
- 三、關於天然災害環境污染防治之策劃、指導及監督事項。
- 四、關於毒性化學物質管理政策、法規之研訂及毒性化學物質之管制事項。
- 五、關於環境毒物之研究及調查事項。
- 六、關於環境衛生用藥及環境衛生用生物製劑之管制事項。
- 七、關於其他環境衛生及毒性化學物質管理事項。
第 10 條
管制考核及糾紛處理處掌理左列事項：
- 一、關於環境保護事務之經常調查及報告事項。
- 二、關於直轄市、縣（市）執行環境保護事務之考核事項。
- 三、關於環境保護糾紛事件鑑定、處理之法規研訂事項。
- 四、關於重大環境保護糾紛事件之協助鑑定、處理及申訴事項。
- 五、關於環境保護事件處理之追蹤、考核事項。
- 六、關於環境污染源管制之復查事項。
- 七、關於其他環境保護事務之執行、考核及糾紛處理事項。
第 11 條
環境監測及資訊處掌理左列事項：
- 一、關於環境品質監測之策劃、指導及監督事項。
- 二、關於環境保護資訊系統之策劃、運用、審查及考核事項。
- 三、關於環境品質監測系統之操作及維護事項。
- 四、關於環境品質監測資料之分析、處理、判定、公告、保管及運用事項。
- 五、關於環境品質警報發布之指導及監督事項。
- 六、關於其他環境保護監測及資訊事項。
第 12 條
秘書室掌理左列事項：
- 一、關於文書之收發、繕校及保管事項。
- 二、關於印信之典守事項。
- 三、關於經費之出納及保管事項。
- 四、關於財產及物品之保管事項。
- 五、關於事務及其他不屬各處、室事項。
第 14 條
- 1本署置主任秘書一人，技監四人或五人，參事三人或四人，處長七人，職務均列簡任第十二職等；副處長七人，職務列簡任第十一職等；室主任一人，專門委員十人至十二人，職務均列簡任第十職等至第十一職等；技正六十一人至七十一人，視察十五人至十九人，秘書九人至十一人，職務均列薦任第八職等至第九職等，其中技正三十人，視察八人，秘書五人，職務得列簡任第十職等至第十一職等；科長五十一人至五十五人，隊長十四人至十八人，職務列薦任第九職等；專員二十二人至二十四人，分析師四人至六人，管理師二人至四人，設計師七人至十一人，職務均列薦任第七職等至第九職等；技士一百四十三人至一百五十三人，科員六十五人至七十三人，職務均列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；管理員三人至五人，技佐七十七人或七十八人，職務均列委任第四職等至第五職等，其中管理員二人、技佐三十九人，職務得列薦任第六職等；辦事員七人或八人，職務列委任第三職等至第五職等；書記二十七人至三十一人，職務列委任第一職等至第三職等。
- 2前項員額中，專門委員一人、秘書三人、技正三人、專員二人、技士六人、科員二人、技佐十四人、辦事員二人及書記四人，由原臺灣省政府公務人員隨業務移撥者，出缺後不補。
- 3本條例修正施行前，本署及原臺灣省政府環境保護處原依雇員管理規則僱用之現職雇員，其未具公務人員任用資格者，得占用第一項書記職缺，繼續僱用至離職時為止。
第 17-2 條
- 1本署應核實配置環境保護警察隊，協助執行環境保護法令及排除稽查或取締違反環境保護法令之阻礙事項。
- 2環境保護警察隊依環境保護法令執行職務時，並受行政院環境保護署就其主管業務指揮、監督之。