第 3 條
本所設檢疫組、港區衛生管理組、疫情組、秘書室、人事室、會計室及基 隆、台北、高雄第一、高雄第二、台中、花蓮、蘇澳七個檢疫分所，另設 北區、中區、南區、東區四個疫病監視中心，各組、室、分所、中心職掌 事項依照行政院衛生署檢疫總所組織條例及實際業務情況訂定之。
第 4 條
檢疫組職掌如左： 一、關於進出口物品檢疫業務規劃事項。 二、關於進出口船舶、航空器及其工作人員、旅客等檢疫業務規劃事項。 三、關於國際預防接種業務規劃、委託、辦理及證書簽發等事項。 四、關於船舶、航空器工作人員及旅客醫療急救業務之規劃事項。 五、關於各檢疫分所檢疫業務之規劃、推展、督導及管理事項。 六、關於檢疫人員訓練事項。 七、關於檢疫藥品、器材之籌劃事項。 八、關於檢疫業務資料之建立、編報、統計事項。 九、關於檢疫業務之研究發展事項。 十、關於上級交辦事項。
第 5 條
港區衛生管理組職掌如左：
一、關於港區、航空站、航空器、船舶、貨櫃、貨物、倉庫等滅鼠 滅蟲
及蒸燻消毒業務之規劃事項。
二、關於港區、航空站、航空器、船舶等飲水、倉品、器具之衛生管理規
劃事項。
三、關於港區、航空站病媒調查及管制事項。
四、關於檢疫之檢驗事項。
五、關於各檢疫分所港區衛生管理業務之規劃、推展、督導及管理事項。
六、關於蒸燻、病媒、檢驗人員之訓練事項。
七、關於蒸燻、衛生、檢驗業務藥品器材之籌劃事項。
八、關於蒸燻、衛生、檢驗業務資料之建立、編報、統計事項。
九、關於上級交辦事項。第 6 條
疫情組職掌如左： 一、關於國內疫情之調查、協調處理及研究事項。 二、關於支援地方衛生機關辦理傳染病防治事項。 三、關於防疫藥品及器材之儲備支援、供應使用規劃事項。 四、關於突發不明原因疫病之應變、調查及處理事項。 五、關於督導各疫病監視中心辦理有關傳染病偵測事項。 六、關於疫情報告系統之研究規劃、及建議事項。 七、關於國內疫情之蒐集、統計、分析、研判及報告事項。 八、關於國際疫情資料之蒐集、交換、調查及報告事項。 九、關於國際疫病流行之研究事項。 十、關於國內外疫情資訊之諮詢提供事項。 十一、關於疫情監視、處理人員之訓練事項。 十二、關於上級交辦事項。
第 7 條
會計室職掌如左：
一、關於歲入、歲出概算預算之籌編、審議、核計、整理、彙編事項。
二、關於分配預算之編報事項。
三、關於單位預算以外之補助經費、專案經費、代辦經費預算會審處理事
項。
四、關於申請動支預備金之核簽編報事項。
五、關於收支法案之審議核簽事項。
六、關於實施內部審核之事前事後財務審核、工作審核事項。
七、關於招標比價或議價之監辦事項。
八、關於財物之驗收驗交之監辦事項。
九、關於員工待遇各項補助費、互助費案件之會核事項。
十、關於所屬各分所各項經費之核簽、報支憑證案件之審核、款項收支之
處理事項。
十一、關於付款憑單、轉帳憑單、支出收回書或收支及轉帳傳票之編製事
項。
十二、關於序時帳簿、明細帳簿、總分類帳簿、統計帳、補助帳、備查簿
等登記結算及整理事項。
十三、關於會計報告之編報事項。
十四、關於決算之編製事項。
十五、關於原始憑證之整理編號報請審計機關或有關機關核銷事項。
十六、關於歲出應付款之保留申請核辦事項。
十七、關於經費流用之處理事項。
十八、關於憑證報表帳簿之整理保管事項。
十九、關於統計業務工作計劃之擬訂。
二十、公務統計之推行及編報分析事項。
二十一、關於資料之管理、提供、會核、建檔、圖表之設計及電腦化處理
等有關事項。
二十二、會計人員管理事項。
二十三、其他有關歲計、會計、統計交辦事項。第 8 條
秘書室職掌如左： 一、關於事務性工作計畫及工作報告之研議事項。 二、關於印信典守事項。 三、關於財產之購置、廳舍營繕及物品器材之採購事項。 四、關於財產文具物品之管理事項。 五、關於文書之收發、分辦、繕校、及檔案管理事項。 六、關於員工薪津之發放事項。 七、關於員工交通費、實物配給核發事項。 八、關於現金出納、登帳、填開支票事項。 九、關於公、勞保、福利互助、所得稅之扣繳事項。 十、關於技工、工友之管理事項。 十一、關於車輛調派管理事項。 十二、關於勞工保險之核辦事項。 十三、關於辦公廳舍環境衛生之維護事項。 十四、督導各分所、疫病監視中心有關事務性工作事項。 十五、其他交辦事項。
第 9 條
人事室職掌如左：
甲 人事管理：
一、關於人事規章之研擬事項。
二、關於組織編制及權責與職掌劃分之研擬事項。
三、關於任免、遷調、銓審、動態登記、考績 (成) 、獎懲 (懲戒) 及級
俸之研擬事項。
四、關於分層負責逐級授權之研擬事項。
五、關於公務人力規劃事項。
六、關於工作簡化之推行及督導事項。
七、關於專長審評及人才培育事項。
八、關於人事業務研究發展事項。
九、關於職名章之核發事項。
十、關於經管財務人員保證事項。
十一、關於員額設置標準之研擬事項。
十二、關於福利待遇、保險、退休 (資遣) 及撫卹之研擬事項。
十三、關於差假勤惰管理事項。
十四、關於進修、訓練之研擬事項。
十五、關於人事年度工作計畫及年度工作績效檢討報告事項。
十六、關於人事表報之編報、資料登記、管理、轉移事項。
十七、關於人事革新措施及員工康樂、自強活動計畫之研擬事項。
十八、關於服務獎章申請審核事項。
十九、關於 國父紀念月會、員工慶生會之召開事項。
二十、關於上級交辦事項。
乙 人事查核：
一、關於員工保防教育之推行事項。
二、關於員工忠誠調查事項。
三、關於安全防護事項。
四、關於公務機密維護事項。
五、關於政風調查事項。
六、其他有關人事查核及臨時交辦事項。第 10 條
檢疫分所業務職掌如左：
一、關於航空器、船舶、人員、物品檢疫事項。
二、關於染疫或有染疫嫌疑船舶、航空器、人員之隔離、留驗及消毒事項
。
三、關於港區工作人員、旅客之醫療急救事項。
四、關於船舶、航空器、貨櫃之蒸燻消毒事項。
五、關於船舶、航空器衛生管理事項。
六、關於船舶無線電檢疫事項。
七、關於進口水產品留驗、投藥等檢疫事項。
八、關於進口水產品檢疫申請案件審核、登記事項。
九、關於旅客航空器工作人員隨身攜帶入境水產品處理事項。
十、關於各種檢體採驗、整理、送驗及登記事項。
十一、關於染疫水產品處理及銷燬事項。
十二、關於國際預防接種簽證事項。
十三、關於各種疫苗之儲存、統計事項。
十四、關於進出口靈柩、屍體、骨灰查驗、簽證事項。
十五、關於港區蟲媒調查、管制及環境衛生管理事項。
十六、關於各項檢疫憑證簽發事項。
十七、關於各項檢疫資料整理、統計及表報製作報告事項。
十八、關於各項檢疫規費徵收事項。
十九、關於國內外疫情蒐集與報告事項。
二十、關於聯檢中心有關業務協調事項。
二十一、關於其他內部行政事務之處理及上級臨時交辦事項。第 11 條
疫病監視中心 (含花蓮檢疫分所) 業務職掌如左： 一、關於傳染病疫情之監視、蒐集、交換、調查、處理及報告事項。 二、關於突發不明原因疫病之應變及處理事項。 三、關於支援地方衛生機關辦理傳染病防治事項。 四、關於預防傳染病所需各種藥品器材之儲備管理事項。 五、關於協助地方衛生機關推行衛生教育及衛生改善事項。 六、關於其他內部行政事務之處理及上級臨時交辦事項。
第 12 條
所長綜理所務，並指揮監督所屬職員及機關，其職責如左： 一、檢疫業務興革與技術之研究改進。 二、港區、疫情業務之督導與考核。 三、重要公文之核判及工作計畫之決定。 四、會計、財務收支及編製概算之提示。 五、本所所屬人員依法任免、遷調、考核及獎懲。 六、各單位工作之監督、指導與考核。 七、各單位主管及職員之差假依法核定。 八、重要會議之主持及出席參加。 九、所屬職員出國進修、訓練、考察之遴派。 十、其他有關所務之處理。
第 13 條
副所長承所長之命，處理本所事務，其職掌如左： 一、襄理所長辦理檢疫業務興革與技術之改進研究。 二、襄理所長辦理檢疫業務執行之監督與考核。 三、有關防疫計劃方案及文稿之審核。 四、出席或主持與檢疫有關之會議或協調事宜。 五、臨時交辦事項。
第 14 條
主任秘書承所長之命，處理本所事務，其職責如左： 一、施政計劃之編擬。 二、機要文件之處理及研擬。 三、各種文稿之審核及代判。 四、各組、室工作之協調及聯繫。 五、本所有關會議 (報) 之協調聯繫。 六、所務 (主管) 會報裁示事項及所長交辦事項之追蹤。 七、研考業務之處理及公文稽催。 八、特種文書處理及列管案件年終考核評估。 九、各單位公文定期或不定期及年終抽查分析評估。 十、其他有關臨時交辦事項。
第 15 條
組長、室主任、分所長及中心主任各承所長之命處理業務，其職責如左： 一、本組、室、分所及中心業務之處理及建議。 二、本組、室、分所及中心人員工作之分配、調度及指導。 三、出席或主持會議及主管案件之分配與文稿之審核。 四、主管業務之規劃及執行監督指導。 五、依分層負責授權之文稿核判。 六、所屬人員考核、獎懲之建議。 七、所屬人員給假、依授權假期之核定。 八、其他有關臨時交辦事項。
第 17 條
薦任技正承組長 (科長) 、分所長之命辦理有關檢疫、疫情、港區衛生管
理等業務，其職責如左：
一、國際檢疫規章及檢疫技術之研究改進。
二、檢驗技術及檢驗方法之指導。
三、進出口物品抽驗技術之指導改進。
四、疫情資料彙整、疫病預防接種及傳染病、病源查驗預防之規劃。
五、有關檢疫、檢驗計劃之釐訂。
六、港區環境衛生、病媒管制、除蟲滅鼠、蒸燻消毒等業務技術之研究與
督導。
七、入境航空器、船舶、人員及物品檢疫技術之研究。
八、國內外疫情監視、蒐集、調查報告及彙編。
九、支援地方衛生機關辦理傳染病防治工作。
十、其他臨時交辦事項。第 20 條
機密文件，註明所長親啟者，須陳所長拆封外，餘由主任秘書拆閱，陳所 長核閱後處理，或交有關單位簽辦。重要機密文件由主管人員親自詳簽意 見，親送核判，如涉及重要法令案件並須檢附有關文卷陳核，普通及例行 案件由承辦人員辦理，如有前案須檢附隨案簽擬，逐級陳核，經核定後發 回主辦單位，逕送主辦文書人員交繕、校正、用印、編號，依普通及機要 文件分別發出，文件發出後，由收發人員編號將稿件送管卷人員點收、登 記、分類歸檔。
第 21 條
各單位人員調卷，應填寫調卷單經主管組、室主管核准，向管卷人員調借 ，機密文件，須經所長，副所長或主任秘書許可調閱，甲單位需調借乙單 位案卷時，應取得乙單位主管同意後行之。或簽奉本機關權責長官核准後 行之。 本所職員對於公文或會議資料等，凡有機密性者，均應嚴守秘密，不得洩 漏，違者應依有關規定議處。
第 33 條
本所值日由員工輪值之，各分所暨疫病監視中心因工作情形特殊，擔任檢 疫及疫病中心工作人員，星期、例假、週末仍須輪流出勤，採輪班制，並 擔任分所及中心行政值日，必要時得臨時辦公。行政值日規定另訂之。
第 34 條
本所職員之差假，應依規定手續辦理。平時出勤簽到及簽退由人事室派員 管理。各分所暨疫病監視中心由兼辦人員管理。各單位主管應經常督導考 核。差假及因公外出人員必須先辦妥差假及公出手續，奉准後離所。
第 37 條
本所人事室於核定派代人提出資歷證件及任用審查表，應即填明適用法規 條款、擬任等級，簽請所長判行後，依法辦理送審手續。上項任用審查案 ，奉核定後，薦任職以上人員須由人事室辦理呈報上級，轉請總統任命， 並將審定等級通知會計室，如其審查不合格者應撤銷其派代。