第 5 條
動物防疫組分設四科，各科掌理下列事項：
- 一、獸醫行政科：
- （一）獸醫師管理政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （二）獸醫師之登記、管理及訓練。
- （三）獸醫師團體之輔導、交流、聯繫及監督。
- （四）寵物與野生動物防疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （五）寵物與野生動物防疫技術、程序、方法之研擬、執行及督導。
- （六）寵物與野生動物防疫科技之研究、發展、引進及技術服務。
- （七）獸醫有關科技應用之研究、發展、引進及技術服務。
- （八）其他獸醫行政事項。
- 二、家畜防疫科：
- （一）家畜防疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （二）家畜防疫科技之研究、發展、引進及技術服務。
- （三）家畜防疫技術、程序、方法之研議、執行及督導。
- （四）家畜疫病疫情管制業務之策劃、分析、聯繫及督導。
- （五）動物防疫相關國際合作、交流及國際事務之處理。
- （六）化製場之管理及督導。
- （七）其他有關家畜防疫事項。
- 三、家禽及水生動物防疫科：
- （一）家禽與水生動物防疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （二）家禽與水生動物防疫科技之研究、發展、引進及技術服務。
- （三）家禽與水生動物防疫技術、程序、方法之研議、執行及督導。
- （四）家禽與水生動物疫病疫情管制業務之策劃、分析、聯繫及督導。
- （五）動物防疫資訊系統之擬訂、策劃、執行及督導。
- （六）其他有關家禽及水生動物防疫事項。
- 四、藥品管理科：
- （一）動物用藥品與動物衛生資材管理政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （二）動物用藥品與動物衛生資材檢驗之策劃、執行及督導。
- （三）動物用藥品科技之研究、發展、引進及技術服務。
- （四）動物用藥品製造、輸出入、販賣、使用、品質檢驗、證照核發之審核、管理及督導。
- （五）動物用藥品使用準則、試驗基準、品質規格與檢驗標準之擬訂、審議及督導。
- （六）畜禽藥物殘留之監測與檢驗技術開發之研擬、策劃及督導。
- （七）動物用藥品與動物衛生資材相關國際合作、交流及國際事務之處理。
- （八）其他有關動物用藥品管理事項。
第 6 條
動物檢疫組分設三科，各科掌理下列事項：
- 一、動物檢疫行政科：
- （一）輸出入動物與其產品檢疫品目及檢疫條件之擬訂。
- （二）國外動物疫區之宣告及解除之擬訂。
- （三）輸出入動物與其產品檢疫處理技術及認證業務之處理。
- （四）動物檢疫疫情管制業務之策劃、分析、聯繫及督導。
- （五）輸出入動物及動物產品檢疫違規、申訴案件及糾紛之處理。
- （六）輸出入檢疫物檢疫證明書、標識、檢疫卡之制訂、查核、管理及督導。
- （七）動物檢疫人員之訓練及督導。
- （八）其他有關動物檢疫行政事項。
- 二、動物檢疫技術科：
- （一）動物檢疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （二）輸出入動物檢疫及其處理設施之審核及督導。
- （三）動物檢疫科技之研究、發展、引進及技術服務。
- （四）動物檢疫技術、程序、方法之研議、執行及督導。
- （五）動物檢疫相關國際合作、交流及國際事務之處理。
- （六）動物檢疫人員之管理政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （七）其他有關動物檢疫技術事項。
- 三、動物產品檢疫科：
- （一）輸出入肉品檢疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （二）輸出入肉品檢疫技術、程序、方法之研議、執行及督導。
- （三）動物產品檢疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （四）輸出入動物產品檢疫及檢疫處理設施之審核及督導。
- （五）輸出入肉品衛生檢查制度審查、查證及推薦業務。
- （六）動物產品檢疫科技之研究、發展、引進及技術服務。
- （七）動物產品檢疫技術、程序、方法之研議、執行及督導。
- （八）其他有關動物產品檢疫事項。
第 6-1 條
肉品檢查組分設三科，各科掌理下列事項：
- 一、肉品檢查行政科：
- （一）畜禽屠宰場管理政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （二）畜禽屠宰管理技術研究、發展、引進及技術服務。
- （三）畜禽屠宰場輔導政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （四）外銷肉品生產場所之畜禽屠宰場審查及管理。
- （五）畜禽屠宰場管理業務人員之訓練及督導。
- （六）畜禽屠宰場設立登記之審核、管理及督導。
- （七）其他有關畜禽屠宰管理行政事項。
- 二、肉品檢查技術科：
- （一）屠宰衛生檢查政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （二）屠宰衛生檢查技術、程序、方法之研議、執行及督導。
- （三）屠宰場微生物污染監控政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （四）屠宰場微生物污染監控科技之研究、發展、引進及技術服務。
- （五）屠宰衛生檢查委託業務之管理及督導。
- （六）屠宰衛生檢查相關國際合作、交流及國際事務之處理。
- （七）畜禽屠宰衛生檢查證明文件之簽發、查核、管理及督導。
- （八）屠宰衛生檢查人員之訓練及督導。
- （九）其他有關畜禽屠宰衛生檢查技術事項。
- 三、肉品查核取締科：
- （一）畜禽屠宰管理違規取締方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （二）畜禽屠宰管理違規取締業務之協調及聯繫。
- （三）畜禽屠宰管理違規強制執行案件之處理。
- （四）畜禽屠宰管理違規、申訴案件及糾紛之處理。
- （五）畜禽屠宰管理違規查核取締人員之訓練及督導。
- （六）督導直轄市、縣（市）政府執行化製場之化製原料（動物屍體）來源、數量及產品數量記錄查核。
- （七）督導直轄市、縣（市）政府執行化製場內動物屍體委託化製、通報、查核及運輸車消毒防疫合格證之核發、有效期限、黏貼位置、換證、廢止、抽查、報備。
- （八）其他有關畜禽屠宰管理違規查核取締事項。
第 7 條
植物防疫組分設三科，各科掌理下列事項：
- 一、植物防疫科：
- （一）植物疫病蟲害防疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （二）植物防疫科技之研究、發展、引進及技術服務。
- （三）植物防疫技術、程序、方法之研議、執行及督導。
- （四）植物防疫資訊系統之擬訂、策劃、執行及督導。
- （五）植物疫病蟲害疫情管制業務之策劃、分析、聯繫及督導。
- （六）植物防疫人員管理政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （七）植物防疫人員之訓練及督導。
- （八）植物防疫相關國際合作、交流及國際事務之處理。
- （九）其他有關植物防疫事項。
- 二、病蟲害管理科：
- （一）繁殖用之植物特定疫病蟲害檢查技術、程序、方法之研議、執行及督導。
- （二）作物病蟲害管理科技研究、發展、引進及技術服務。
- （三）作物病蟲害管理技術示範、移轉、推廣、應用之策劃、執行及督導。
- （四）生物防治、非農藥防治、整合性病蟲害防治技術之研究、發展及示範推廣。
- （五）植物與其產品田間防疫計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （六）重要病蟲害損失評估之策劃、協調及督導。
- （七）有益與有用昆蟲之保護、利用技術研究、發展及推廣。
- （八）其他有關病蟲害管理事項。
- 三、緊急防疫科：
- （一）突發性與特定疫病蟲害緊急防治措施之擬訂、策劃、執行及督導。
- （二）國內特定植物疫病蟲害疫區劃定及解除之擬訂及督導。
- （三）疫區物品遷移許可證明之核發、查核及督導。
- （四）重大有害生物防除之策劃、執行及督導。
- （五）國內重大疫病蟲害疫情之監測、分析、研判及通報。
- （六）國外特定疫病蟲害資訊之蒐集、分析及通報。
- （七）特定疫病蟲害緊急防疫科技之研究、發展、引進及推動。
- （八）其他緊急防疫事項。
第 8 條
植物檢疫組分設三科，各科掌理下列事項：
- 一、植物檢疫行政科：
- （一）輸出入植物與其產品檢疫品目及檢疫條件之擬訂。
- （二）國外植物疫病蟲害疫區之宣告及解除之擬訂。
- （三）輸出入植物與其產品檢疫處理技術及認證業務之處理。
- （四）植物檢疫疫情管制業務之策劃、分析、聯繫及督導。
- （五）輸出入植物或植物產品檢疫違規、申訴案件及糾紛之處理。
- （六）植物檢疫人員訓練及督導。
- （七）其他有關植物檢疫行政事項。
- 二、植物檢疫技術科：
- （一）植物檢疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （二）特定植物與其產品輸入之審核、管理及督導。
- （三）有害生物、土壤、附著土壤之植物及所使用之包裝、容器之輸入審核、管理及督導。
- （四）輸出入植物檢疫與其處理設施之審核及督導。
- （五）植物檢疫科技之研究、發展、引進及技術服務。
- （六）植物檢疫技術、程序、方法之研議、執行及督導。
- （七）植物檢疫相關國際合作、交流及國際事務之處理。
- （八）其他有關植物檢疫技術事項。
- 三、農產品檢疫科：
- （一）農產品檢疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （二）木材檢疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （三）輸出入農產品檢疫與其處理設施之審核及督導。
- （四）農產品檢疫科技之研究、發展、引進及技術服務。
- （五）農產品檢疫技術、程序、方法之研議、執行及督導。
- （六）植物檢疫人員管理政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
- （七）其他有關農產品檢疫事項。
第 9 條
企劃組分設三科，各科掌理下列事項：
- 一、綜合企劃科：
- （一）動植物防疫檢疫業務發展政策與計畫研擬、協調及督導。
- （二）年度施政方針與施政計畫之研擬、策劃及督導。
- （三）施政報告與簡介之彙編及協調。
- （四）上級機關指示、重大計畫、專案計畫及交辦事項之列管追蹤。
- （五）有關兩岸地區動植物防疫檢疫事務之統籌、協調及督導。
- （六）動植物檢疫隔離設施之設置及督導。
- （七）年報與動植物防疫檢疫季刊之彙編及協調。
- （八）業務輿情資料之蒐集、分析、發布及媒體之聯絡。
- （九）其他有關綜合企劃事項。
- 二、計畫及資訊管理科：
- （一）動植物防疫檢疫科技計畫研提管理之統籌、協調、執行及監督。
- （二）動植物防疫檢疫科技研發成果推廣管理之統籌、協調、執行及監督。
- （三）局務會議之記錄與決議事項之彙整、協調及列管追蹤。
- （四）公共安全、災害防救方案之統籌及協調。
- （五）人民陳情事宜及為民服務考核業務之辦理。
- （六）業務電腦系統化與資訊系統建置之協調、推動及監督。
- （七）資訊安全、資訊與通訊環境之規劃、建置及管理。
- （八）其他有關計畫考核及資訊管理事項。
- 三、國際事務科：
- （一）動植物防疫檢疫相關國際合作、交流與國際事務等之統籌、協調及督導。
- （二）參與國際動植物防疫檢疫組織之統籌、協調、督導及其相關資訊之蒐集、彙整。
- （三）國外訪賓接待事項之協調及辦理。
- （四）友邦動植物防疫檢疫技術人員來華受訓之協辦。
- （五）動植物防疫檢疫技術人員援外事項之統籌、協調及督導。
- （六）其他有關動植物防疫檢疫國際合作統籌事項。
第 10 條
秘書室分設三科，各科掌理下列事項：
- 一、事務科：
- （一）本局營繕工程、財物、勞務之採購及管理。
- （二）辦公廳舍及財產之管理。
- （三）車輛、油脂之管理調配及電話、水電之保養維護。
- （四）辦公廳舍安全與保全系統之監督及管理。
- （五）技工、駕駛及工友之管理。
- （六）款項、票據與有價證券之收支、登記、保管及移轉。
- （七）收支款項報告之編製。
- （八）薪津發放及規費收繳。
- （九）各類所得資料彙整、申報稅款繳交及扣繳憑單填發事項。
- （十）公款結匯及代扣款事項彙辦。
- （十一）立法院與監察院等機關之聯絡及協調。
- （十二）其他不屬於各組、室主管事項。
- 二、文書科：
- （一）文書收發分配、繕校及檔案管理。
- （二）印信典守事項。
- （三）圖書雜誌與出版品之典藏及管理事項。
- （四）公文電子傳送及交換事項。
- （五）文書處理系統軟硬體設備維護事項。
- （六）公文稽催及管制。
- 三、法制科：
- （一）對於本局業務及管理事項法律意見之提供。
- （二）對於其他機關洽會涉及法規案件意見之提供。
- （三）法規資料之蒐集、分析及研議事項。
- （四）本局動植物防疫檢疫與畜禽屠宰管理法規之釋疑、整理及編印。
- （五）本局訴訟案件之協辦。
- （六）有關動植物防疫檢疫及畜禽屠宰管理訴願案件答辯之協辦事項。
- （七）其他有關法制事項。
第 11 條
人事室掌理下列事項：
- 一、組織編制及職務歸系之擬辦。
- 二、職員任免、遷調、銓審、動態之擬辦。
- 三、職員待遇、福利、退休、資遣、撫卹、保險之擬辦。
- 四、職員服務、考績、獎懲、保障、差假、勤惰之擬辦。
- 五、職員訓練、進修、人才儲備、人力規劃之擬辦。
- 六、職員人事資料登記、保管、分析及運用。
- 七、職員兼職借調案件之擬辦。
- 八、職員出入境之擬辦。
- 九、人事規章之擬訂。
- 十、本局工作簡化之推行。
- 十一、本局暨所屬機關人事人員任免、遷調、考核、獎懲等案件之擬辦。
- 十二、其他有關人事管理事項。
第 12 條
會計室掌理下列事項：
- 一、本局歲入、歲出概（預）算之籌編、分配與控制。
- 二、會計報告與年度決算之編製。
- 三、原始憑證之查核、整理、保管及送審。
- 四、本局營繕工程、財物、勞務採購之招標、比價、議價與驗收之會同監辦及其經費開支之內部審核。
- 五、各項經常性費用之審核。
- 六、歲出應付款之審核、保留及分配預算之編製。
- 七、本局各項補助、委辦計畫經費之審核、撥款、保留及執行機關帳務之審核。
- 八、本局主管計畫經費處理相關規定之擬訂及輔導。
- 九、本局財物作業之監辦及查核。
- 十、動植物防疫檢疫、畜禽屠宰管理統計制度之規劃、研擬及改進。
- 十一、動植物防疫檢疫、畜禽屠宰管理統計資料之蒐集、整理、審核及分析。
- 十二、動植物防疫檢疫、畜禽屠宰管理統計報告之編製及統計資料檔案之建立、管理。
- 十三、本局所屬各分局主計事務之督導。
- 十四、本局暨所屬機關主計人員任免、遷調、考核、獎懲等案件之擬辦。
- 十五、其他有關會計、歲計、統計事項。
第 13 條
政風室掌理下列事項：
- 一、政風法令之擬訂與宣導。
- 二、本局暨所屬機關員工貪瀆不法之預防、發掘及檢舉事項之處理。
- 三、政風興革事項及考核獎懲之建議。
- 四、本局暨所屬機關公職人員財產申報之受理及資料之審核。
- 五、公務機密之維護及洩密事件之查處。
- 六、本局暨所屬機關陳情請願案件之協助處理。
- 七、專案性機關安全維護之策劃。
- 八、本局政風人員任免、遷調、考核、獎懲等案件之擬辦。
- 九、其他有關政風事項。
第 14 條
主任秘書承長官之命，處理事務，其權責如下：
- 一、本局文稿之綜核及代判。
- 二、機密及重要文件之處理及分配。
- 三、各種重要會議之籌劃及參加。
- 四、各組室間業務之協調。
- 五、局長、副局長不在局時，局務之代理。
- 六、分層負責權責範圍內事項之決定。
- 七、職務上應隨時提請局長、副局長注意之事項。
- 八、局長、副局長交辦事項。