第 5 條
動物檢疫課掌理下列事項：
- 一、輸出入動物與畜、禽、水產品及其他動物檢疫物之檢疫。
- 二、輸出入肉品之檢查及其證明書之簽發、查核及管理。
- 三、輸出入隔離留檢動物之檢疫與隔離場所之勘查、輔導及管理。
- 四、輸出入動物及其產品之產地檢疫。
- 五、輸出入動物及其產品檢疫證明書之簽發及查核。
- 六、輸出入感染或污染疫病動物及其產品之處理。
- 七、動物檢疫燻蒸、消毒設施之維護及管理。
- 八、動物防疫檢疫法規、程序、標準與方法之研究改進及建議。
- 九、動物疫病疫情之蒐集及報告。
- 十、協助督導地方農業主管機關辦理動物防疫。
- 十一、其他有關動物之防疫、檢疫執行事項。
第 6 條
植物檢疫課掌理下列事項：
- 一、輸出入植物與植物產品及其他植物檢疫物之檢疫。
- 二、輸出入植物及其產品檢疫證明書之簽發及查核。
- 三、輸出入植物及其產品之產地檢疫。
- 四、輸出入植物檢疫隔離場所之勘查、輔導及管理。
- 五、植物檢疫燻蒸、消毒設施之維護及管理。
- 六、輸出入感染或污染疫病蟲害植物及其產品之處理。
- 七、植物疫病蟲害疫情之蒐集及報告。
- 八、協助督導地方農業主管機關辦理植物防疫及種苗之疫病蟲害檢查。
- 九、植物防疫檢疫法規、程序、標準與方法之研究改進及建議。
- 十、其他有關植物之防疫、檢疫執行事項。
第 6-1 條
肉品檢查課掌理下列事項：
- 一、畜禽屠宰衛生檢查業務之執行及督導。
- 二、畜禽屠宰場之管理及督導。
- 三、畜禽屠宰管理法規、程序、標準與方法之研究改進及建議。
- 四、畜禽屠宰管理申訴及糾紛案件之處理。
- 五、畜禽屠宰管理違規案件之查核及處理。
- 六、畜禽屠宰衛生檢查證明文件之簽發、查核及管理。
- 七、畜禽屠宰衛生檢查委託業務之管理及督導。
- 八、畜禽屠宰管理資訊之蒐集及報告。
- 九、外銷肉品生產場所之審查及管理。
- 十、其他有關畜禽屠宰管理執行事項。
第 7 條
總務課掌理下列事項：
- 一、動植物檢疫案件之受理、登錄及查詢事項。
- 二、核發動植物檢疫物品各項證明書與不合格通知書及證明書之管理。
- 三、檢疫、檢查規費之核計及收繳。
- 四、檢疫標識之領取、管理、分配、使用與統計。
- 五、申報發證資料、各種檢疫費率資料之調查、蒐集、整理、分析與建議。
- 六、營繕工程、財物、勞務之採購及管理。
- 七、辦公廳舍及財產之管理。
- 八、車輛、油脂之管理調配及電話、水電之保養維護。
- 九、辦公廳舍安全及保全系統之監督及管理。
- 十、技工、駕駛及工友之管理。
- 十一、文書收發分配、繕校、檔案管理及公文稽催管制。
- 十二、印信典守事項。
- 十三、圖書雜誌及出版品之典藏及管理。
- 十四、公文電子傳送與交換事項。
- 十五、款項、票據及有價證券之收支、登記、保管、移轉。
- 十六、收支款項報告之編製。
- 十七、薪津發放及行政規費收繳。
- 十八、各類所得資料彙整、申報稅款繳交、扣繳憑單填發事項。
- 十九、公款結匯及代扣款事項彙辦。
- 二十、業務會議之召開、記錄及決議事項之彙整、協調、辦理及列管追蹤。
- 二十一、本分局電腦系統之規劃、管理及操作。
- 二十二、其他不屬於各課室主管之事項。
第 8 條
人事室掌理下列事項：
- 一、組織編制及職務歸系之擬辦。
- 二、職員任免、遷調、銓審、動態之擬辦。
- 三、職員待遇、福利、退休、資遣、撫卹、保險之擬辦。
- 四、職員服務、考績、獎懲、保障、差假、勤惰之擬辦。
- 五、職員訓練、進修、人才儲備、人力規劃之擬辦。
- 六、職員人事資料登記、保管、分析及運用。
- 七、職員兼職借調案件之擬辦。
- 八、職員出入境之擬辦。
- 九、人事規章之擬訂。
- 十、本分局工作簡化之推行。
- 十一、本分局人事人員任免、遷調、考核、獎懲等案件之擬辦。
- 十二、其他有關人事管理事項。
第 9 條
會計室掌理下列事項：
- 一、本分局歲入、歲出概（預）算之籌編、分配與控制。
- 二、會計報告與年度決算之編製。
- 三、原始憑證之查核、整理、保管及送審。
- 四、本分局營繕工程、財物、勞務採購之招標、比價、議價、決標與驗收之會同監辦及其經費開支之內部審核。
- 五、各項經常性費用之審核。
- 六、歲出應付款之審核、保留及分配預算之編製。
- 七、本分局各項補助、委辦計畫經費之審核、撥款、保留及執行機關帳務之審核。
- 八、本分局主管計畫經費處理相關規定之擬訂及輔導。
- 九、本分局財物作業之監辦及查核。
- 十、本分局統計資料之蒐集、彙整、分析及提供。
- 十一、本分局主計人員任免、遷調、考核、獎懲等案件之擬辦。
- 十二、其他有關會計、歲計及統計事項。
第 10 條
政風室掌理下列事項：
- 一、政風法令之執行與宣導。
- 二、員工貪瀆不法之預防、發掘及檢舉事項之處理。
- 三、政風興革事項及業者意見反映之調查處理。
- 四、公職人員財產申報之受理及資料審核。
- 五、公務機密維護及洩密事件查處。
- 六、陳情請願案件之協助處理。
- 七、機關安全維護之規劃執行。
- 八、本分局政風人員任免、遷調、考核、獎懲等案件之擬辦。
- 九、其他有關政風事項。
第 11 條
本分局因業務需要，設高雄港口檢疫站、高雄機場檢疫站、屏東檢疫站、台南檢疫站及金門檢疫站，各置主任一人，由本分局派技正兼任，綜理站務；其所需工作人員由本分局法定編制員額內調配。但因業務需要，得增設檢疫站。
第 12 條
秘書承長官之命處理事務，其權責如下：
- 一、本分局文稿之綜核及代判。
- 二、機密及重要文件之處理及分配。
- 三、各種重要會議之籌劃及參加。
- 四、各課室站間業務之協調。
- 五、分局長、副分局長不在分局時，局務之代理。
- 六、分層負責權責範圍內事項之決定。
- 七、本分局法制事項。
- 八、分局長、副分局交辦事項。
第 13 條
課長、室主任承長官之命處理事務，其權責如下：
- 一、主管業務之籌劃及執行。
- 二、工作之分配、領導及監督。
- 三、文稿之審核或代判。
- 四、主管業務報告之編擬。
- 五、本課室工作及權責問題之協調及解決。
- 六、所屬人員考核、獎懲之擬議。
- 七、年度工作計畫及預算之編擬。
- 八、關於職責上應隨時提請長官注意之事項。
- 九、其他交辦事項。