第 4 條
本署設下列組、室、中心：
- 一、企劃組，分四科辦事。
- 二、感染管制及生物安全組，分三科辦事。
- 三、急性傳染病組，分四科辦事。
- 四、慢性傳染病組，分三科辦事。
- 五、新興傳染病整備組，分三科辦事。
- 六、檢疫組，分二科辦事。
- 七、疫情中心，分四科辦事。
- 八、檢驗及疫苗研製中心，分六科辦事。
- 九、秘書室，分二科辦事。
- 十、人事室，分二科辦事。
- 十一、政風室。
- 十二、主計室，分二科辦事。
- 十三、資訊室。
- 十四、臺北區管制中心，分二科辦事。
- 十五、北區管制中心，分二科辦事。
- 十六、中區管制中心，分二科辦事。
- 十七、南區管制中心，分二科辦事。
- 十八、高屏區管制中心，分二科辦事。
- 十九、東區管制中心。
第 5 條
企劃組掌理事項如下：
- 一、傳染病防治相關法制、訴願及國家賠償。
- 二、傳染病防治政策與科技發展之規劃及考核。
- 三、防疫人員教育訓練之規劃及推動。
- 四、國際與兩岸防疫技術合作之規劃及推動。
- 五、其他有關企劃事項。
第 6 條
感染管制及生物安全組掌理事項如下：
- 一、醫療照護相關感染管制政策與通報系統之規劃、建置及執行。
- 二、抗生素抗藥性管理政策與通報系統之規劃、建置及執行。
- 三、傳染病實驗室生物安全政策與系統管理之規劃、建置及執行。
- 四、感染管制及生物安全之研究發展。
- 五、其他有關感染管制及生物安全事項。
第 7 條
急性傳染病組掌理事項如下：
- 一、腸道傳染病防治政策之規劃及推動。
- 二、病媒傳染病防治政策之規劃及推動。
- 三、急性呼吸道傳染病防治政策之規劃及推動。
- 四、國家預防接種政策之規劃及推動。
- 五、急性傳染病之研究發展。
- 六、其他有關急性傳染病防治事項。
第 8 條
慢性傳染病組掌理事項如下：
- 一、愛滋病與結核病防治政策之規劃及推動。
- 二、愛滋病與結核病疫情之研判及處理。
- 三、漢生病防治政策之規劃及推動。
- 四、性傳染病防治政策之規劃及推動。
- 五、慢性傳染病之研究發展。
- 六、其他有關慢性傳染病防治事項。
第 9 條
新興傳染病整備組掌理事項如下：
- 一、新興傳染病防治政策之規劃及推動。
- 二、生物病原災害應變整備政策之規劃及推動。
- 三、防疫物資整備政策之規劃及推動。
- 四、傳染病防治醫療網之規劃及推動。
- 五、新興傳染病之研究發展。
- 六、其他有關新興傳染病整備事項。
第 11 條
疫情中心掌理事項如下：
- 一、國內外傳染病疫情之監測蒐集、分析研判、報告及警訊發布。
- 二、傳染病通報系統之規劃、建置及執行。
- 三、民意、輿情之監測及回應。
- 四、防疫衛生教育宣導之規劃及執行。
- 五、疫情資料之加值應用。
- 六、傳染病流行病學專業人員之培訓。
- 七、疫情監測之研究發展。
- 八、其他有關疫情監測事項。
第 12 條
檢驗及疫苗研製中心掌理事項如下：
- 一、傳染病之檢驗、血清疫苗製造政策之規劃及執行。
- 二、傳染病檢驗基準之訂定、檢驗人員之培訓、檢驗技術之研發及技術移轉。
- 三、生物材料庫與病原體基因資料庫之建立、分析及應用。
- 四、傳染病檢驗機構之指定、委託與認可、實驗室生物安全、品質保證規範之規劃及執行。
- 五、血清疫苗之製造、銷售及廠房管理。
- 六、其他有關檢驗及疫苗研製事項。