第 4 條
本局設下列科、室及稽徵所：
- 一、綜合規劃科，分二股辦事。
- 二、服務科，分二股辦事。
- 三、稅務資訊科，分五股辦事。
- 四、審查一科，分三股辦事。
- 五、審查二科，分三股辦事。
- 六、審查三科，分三股辦事。
- 七、審查四科，分二股辦事。
- 八、徵收科，分二股辦事。
- 九、法務一科，分二股辦事。
- 十、法務二科，分三股辦事。
- 十一、秘書室，分四股辦事。
- 十二、人事室，分三股辦事。
- 十三、政風室，分二股辦事。
- 十四、主計室，分四股辦事。
- 十五、監察室，分三股辦事。
- 十六、民雄稽徵所，分四股辦事。
- 十七、佳里稽徵所，分四股辦事。
- 十八、新化稽徵所，分五股辦事。
- 十九、安南稽徵所，分四股辦事。
- 二十、東港稽徵所，分三股辦事。
- 二十一、潮州稽徵所，分四股辦事。
- 二十二、恆春稽徵所，分二股辦事。
第 5 條
綜合規劃科掌理事項如下：
- 一、本局業務方針、施政計畫及作業手冊之彙編。
- 二、研究發展工作之規劃、研析、推動及管考。
- 三、重要業務之協調及聯繫。
- 四、稽徵業務考核及公文檢核作業。
- 五、各稅審查案件之覆核。
- 六、其他有關綜合規劃事項。
第 6 條
服務科掌理事項如下：
- 一、納稅服務業務之規劃、執行、督導及管制。
- 二、國稅稅政法令宣導之規劃、執行、督導及管制。
- 三、媒體公關事務之政策規劃、研擬、執行及管考。
- 四、其他有關服務管理事項。
第 7 條
稅務資訊科掌理事項如下：
- 一、稅務應用系統維運及支援系統整體規劃。
- 二、本局與所屬機關資訊應用服務策略之規劃及協調推動。
- 三、稅務及行政資訊服務平台之維運管理。
- 四、本局與所屬機關資訊應用環境之規劃及管理。
- 五、本局與所屬機關資訊資通安全之規劃及推動。
- 六、其他有關稅務資訊事項。
第 8 條
審查一科掌理事項如下：
- 一、營利事業所得稅稽徵作業之規劃及督導。
- 二、營利事業所得稅案件之查核及管制。
- 三、營利事業所得稅相關稅務法令疑義之請釋及解答。
- 四、記帳士、記帳及報稅代理業務人登錄、管理相關業務與記帳及報稅代理業務人專業訓練機構之管理。
- 五、其他有關營利事業所得稅事項。
第 9 條
審查二科掌理事項如下：
- 一、綜合所得稅稽徵作業之規劃及督導。
- 二、扣繳、非扣繳作業之規劃及督導。
- 三、執行業務者、補習班、幼稚園、托兒所案件之規劃及督導。
- 四、華僑與外國人所得稅稽徵作業之規劃及督導。
- 五、個案調查案件之規劃、查核及管制。
- 六、遺產及贈與稅稽徵作業之規劃、督導及案件之查核、管制。
- 七、綜合所得稅、遺產及贈與稅相關稅務法令疑義之請釋及解答。
- 八、其他有關綜合所得稅、遺產及贈與稅事項。
第 10 條
審查三科掌理事項如下：
- 一、證券交易稅與期貨交易稅稽徵作業之規劃及執行。
- 二、貨物稅、菸酒稅、特種貨物及勞務稅稽徵作業之規劃、執行及督導。
- 三、檢舉、違章案件之規劃、查核及督導。
- 四、虛報薪資案件之規劃、查核及督導。
- 五、證券交易稅、期貨交易稅、貨物稅、菸酒稅、特種貨物及勞務稅相關稅務法令疑義之請釋及解答。
- 六、其他有關檢舉業務、證券交易稅、期貨交易稅、貨物稅及菸酒稅事項、特種貨物及勞務稅查核行政事項。
第 11 條
審查四科掌理事項如下：
- 一、營業稅稽徵作業之規劃、督導及管制。
- 二、營業稅案件之查核。
- 三、虛設行號案件之查核及督導。
- 四、營業稅相關稅務法令疑義之請釋及解答。
- 五、其他有關營業稅事項。
第 13 條
法務一科掌理事項如下：
- 一、營利事業所得稅、營業稅核定稅捐處分行政救濟案件之審理及行政事項之處理。
- 二、營利事業所得稅、營業稅行政救濟作業之規劃、管制、督導及考核。
- 三、營利事業所得稅、營業稅違章案件之審理、裁罰、管制、督導及考核。
- 四、稅務法令之蒐集、整理及彙編。
- 五、稅務法令適用疑義及修正意見之研議。
- 六、國家賠償案件之處理。
- 七、其他有關營利事業所得稅、營業稅行政救濟及違章行政事項。
第 14 條
法務二科掌理事項如下：
- 一、綜合所得稅、遺產及贈與稅、貨物稅、菸酒稅、證券交易稅、期貨交易稅、特種貨物及勞務稅行政救濟案件之審理及督導。
- 二、綜合所得稅、遺產及贈與稅、貨物稅、菸酒稅、證券交易稅、期貨交易稅、特種貨物及勞務稅違章案件之審理、裁罰、管制、督導及考核。
- 三、檢舉人獎金之提成及核發。
- 四、違反記帳士法第三十四條案件之審理、處罰及行政救濟等事項之擬議。
- 五、其他有關各稅（營利事業所得稅及營業稅除外）行政救濟及違章行政事項。