第 4 條
本中心設下列組、室：
- 一、綜合規劃組，分五科辦事。
- 二、國稅組，分五科辦事。
- 三、地方稅及徵課組，分五科辦事。
- 四、資通營運組，分四科辦事。
- 五、系統設計及資理組，分五科辦事。
- 六、電子發票組，分四科辦事。
- 七、秘書室。
- 八、人事室。
- 九、政風室。
- 十、主計室。
- 十一、支援服務室，分二科辦事。
第 5 條
綜合規劃組掌理下列事項：
- 一、財政部及所屬機關（構）資訊業務之整體規劃、協調、研究。
- 二、財政部及所屬機關（構）資訊計畫之審議、管制、考核。
- 三、財政部及所屬機關（構）資訊業務之績效評核。
- 四、財政部及所屬機關（構）資通訊業務之規範、管理。
- 五、財政部及所屬機關（構）資通安全之規劃、推動、輔導。
- 六、財政部及所屬機關（構）資訊稽核之規劃、推動、輔導。
- 七、本中心法制作業之規劃及研處。
- 八、其他有關綜合規劃事項。
第 6 條
國稅組掌理下列事項：
- 一、綜合所得稅、營利事業所得稅、菸酒稅、貨物稅、遺產稅、贈與稅、證券交易稅、期貨交易稅、特種貨物及勞務稅之整體資訊作業及跨域資訊交流。
- 二、國稅稽徵機關資訊作業（不含營業稅及電子發票業務）之審議、輔導、督導、檢查及績效評核。
- 三、其他有關國稅資訊作業事項。
第 7 條
地方稅及徵課組掌理下列事項：
- 一、土地增值稅、娛樂稅、地價稅、房屋稅、使用牌照稅、契稅、印花稅、地方自治稅課、工程受益費之整體資訊作業及跨域資訊交流。
- 二、國稅與地方稅徵課管理之整體資訊作業及跨域資訊交流。
- 三、共用性應用系統模組之規劃管理與維護。
- 四、國有財產署與國庫署資訊計畫與預算之審議，及資訊安全之檢查與績效評核。
- 五、其他有關地方稅及徵課資訊作業事項。
第 8 條
資通營運組掌理下列事項：
- 一、財政部及所屬機關（構）資通訊設備之規劃、協調、審議、作業檢查、績效評核。
- 二、財政資訊業務資通訊設備集中機房與異地備援機房之規劃、設置及維運。
- 三、財政資訊業務應用系統操作管制、程式碼管理、文書維護、中文字碼字型維護及媒體檔案管理。
- 四、其他有關資通營運事項。
第 9 條
系統設計及資理組掌理下列事項：
- 一、辦公室自動化之整體資訊作業及跨域資訊交流。
- 二、資訊系統開發、建置及維護。
- 三、財政部及所屬機關（構）資訊訓練之規劃。
- 四、本中心應用系統測試平台使用規範與品質管理制度之訂定、推動及輔導。
- 五、財稅資料之收件、整理、掃描、登錄及抽核等資料處理作業。
- 六、受理財稅資料查調作業。
- 七、其他有關系統設計及資料處理事項。
第 10 條
電子發票組掌理下列事項：
- 一、電子發票之整體資訊作業及跨域資訊交流。
- 二、電子發票應用與推廣之策略規劃、宣導及執行。
- 三、營業稅之整體資訊作業及跨域資訊交流。
- 四、國稅稽徵機關之營業稅及電子發票資訊作業之審議、輔導、督導、檢查及績效評核。
- 五、關務署資訊計畫與預算之審議，及資訊安全之檢查與績效評核。
- 六、其他有關營業稅及電子發票資訊作業事項。
第 11 條
秘書室掌理下列事項：
- 一、印信典守及文書、檔案之管理。
- 二、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
- 三、本中心辦公廳舍等不動產之取得及管理配置。
- 四、國會聯絡、媒體公關事務之政策規劃、研擬、執行及管考。
- 五、施政計畫之彙報及管制。
- 六、研究發展計畫管制、執行及考核。
- 七、工友（含技工、駕駛）之管理。
- 八、不屬其他各組、室事項。