第 4 條
本關設下列組、室、分關：
- 一、業務一組，分五課十七股辦事。
- 二、業務二組，分二課五股辦事。
- 三、稽查組，分四課十三股二艇辦事。
- 四、倉棧組，分二課八股辦事。
- 五、機動稽核組，分五課四股辦事。
- 六、法務緝案組，分三課三股辦事。
- 七、秘書室，分六股辦事。
- 八、人事室，分三股辦事。
- 九、政風室，分二股辦事。
- 十、主計室，分三股辦事。
- 十一、資訊室，分三股辦事。
- 十二、五堵分關，分六課二十三股辦事。
- 十三、桃園分關，分四課十二股辦事。
- 十四、八里分關，分五課十七股辦事。
- 十五、花蓮分關，分三課五股二艇辦事。
第 5 條
業務一組掌理事項如下：
- 一、進口、轉運、轉口及郵遞貨物之通關。
- 二、進口稅則預先審核及疑義案件之處理。
- 三、進口貨物保稅、補稅、免稅、押款、退款、按月彙繳、分期繳納關稅、暫准通關案件及艙單之處理。
- 四、貨物稅完（免）稅照之處理。
- 五、進口貨物退運、調換、聲明放棄之處理。
- 六、進出口貨物查驗、化驗、鑑定及貨樣管理。
- 七、違章及行政救濟案件之處理。
- 八、其他有關進口貨物通關事項。
第 6 條
業務二組掌理事項如下：
- 一、出口貨物通關（不含驗貨）。
- 二、進出口報單審核、副本核發及報單管理。
- 三、出口貨物退關、註銷及轉船之處理。
- 四、報關、承攬、倉儲、免稅商店、離島免稅購物商店、保稅運貨工具等業者之設立登記及管理。
- 五、優質企業之認證、驗證及管理。
- 六、運輸業登記、管理及自備封條申請案件之處理。
- 七、違章及行政救濟案件之處理。
- 八、其他有關出口貨物通關事項。
第 7 條
稽查組掌理事項如下：
- 一、進口、出口、轉運及轉口貨櫃（物）之抽核及儀器檢查。
- 二、入出境運輸工具之通關及管理。
- 三、入出境旅客、船員行李之檢查及通關。
- 四、緝毒犬隊執勤（搜索、偵測）及管理。
- 五、轄區內水域、碼頭之巡緝及倉庫之監管。
- 六、押運業務。
- 七、緝私船舶、車輛及貨櫃檢查儀等查緝設備之管理及維護。
- 八、違章及行政救濟案件之處理。
- 九、其他有關稽查事項。
第 8 條
倉棧組掌理事項如下：
- 一、進口、出口、轉運及轉口貨櫃（物）之監理。
- 二、貨棧、貨櫃集散站及保稅倉庫之監管。
- 三、貨棧、貨櫃集散站免驗貨櫃（物）之抽核。
- 四、自由貿易港區業務。
- 五、違章及行政救濟案件之處理。
- 六、其他有關倉儲事項。
第 9 條
機動稽核組掌理事項如下：
- 一、進口、出口、轉運、轉口貨櫃（物）之抽核及複驗。
- 二、入出境旅客、船員行李、郵遞貨物之抽核及複驗。
- 三、情資蒐集、分析及市面查緝。
- 四、貨棧、貨櫃集散站、私貨倉庫、免稅商店及保稅相關處所貨物之抽核。
- 五、進口貨物國內外價格資料之蒐集、調查及建置。
- 六、事後稽核案件之處理。
- 七、違章及行政救濟案件之處理。
- 八、其他有關機動查緝、稽核及價格調查事項。
第 10 條
法務緝案組掌理事項如下：
- 一、關務、緝私法規制（訂）定、修正、廢止之法制作業及法規適用疑義之研議、闡釋。
- 二、緝私案件之控管、處分書之核發及送達。
- 三、復查案件之佐理作業。
- 四、檢舉、密報案件之登錄及通報。
- 五、國家賠償案件之處理。
- 六、徵補稅費與處罰鍰案件之保全、催繳、強制執行及限制出境之通報。
- 七、軍警與其他機關移送案件緝私報告之撰寫及行政救濟案件之答辯。
- 八、私貨與逾期不退運貨物之查核估價、標售、銷毀及倉庫管理。
- 九、緝案獎金之核算、分配及核發。
- 十、其他有關法務緝案事項。
第 11 條
秘書室掌理事項如下：
- 一、印信典守及文書、檔案之管理。
- 二、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
- 三、國會聯絡、媒體公關事務之政策規劃、研擬、執行及管考。
- 四、工友（含技工、駕駛）之管理。
- 五、不屬其他各組、室、分關事項。
第 16 條
五堵、桃園分關掌理轄區內事項如下：
- 一、進口、出口及轉運貨物之通關。
- 二、進出口報單審核、副本核發及貨物稅完（免）稅照之處理。
- 三、進口貨物退運、調換、聲明放棄之處理。
- 四、進口貨物保稅、補稅、免稅、押款、退款、按月彙繳、暫准通關、艙單之處理及貨樣管理。
- 五、出口貨物退關、註銷及轉船之處理。
- 六、貨棧、貨櫃集散站及倉庫之監管；押運及免驗進出口貨櫃（物）之抽核。
- 七、違章及行政救濟案件之處理。
- 八、其他有關轄區關務事項。
第 17 條
八里分關掌理轄區內事項如下：
- 一、進口、出口、轉運及轉口貨物之通關。
- 二、進出口報單審核、副本核發及貨物稅完（免）稅照之處理。
- 三、進口貨物退運、調換、聲明放棄之處理。
- 四、進口貨物保稅、補稅、免稅、押款、退款、按月彙繳、暫准通關、艙單之處理及貨樣、報單之管理。
- 五、出口貨物退關、註銷及轉船之處理。
- 六、貨棧、貨櫃集散站及倉庫之監管；押運及免驗進出口貨櫃（物）之抽核。
- 七、貨櫃儀檢、碼頭巡緝、船舶監理、行李檢查及自由貿易港區業務。
- 八、入出境運輸工具之通關及管理。
- 九、違章及行政救濟案件之處理。
- 十、海運快遞貨物之通關及管理。
- 十一、其他有關轄區關務事項。