第 4 條
本關設下列組、室：
- 一、業務一組，分三課四股辦事。
- 二、業務二組，分三課辦事。
- 三、稽查組，分二課五股一艇辦事。
- 四、機動儀檢組，分二課九股辦事。
- 五、保稅組，分三課二股辦事。
- 六、秘書室，分四股辦事。
- 七、人事室，分二股辦事。
- 八、政風室。
- 九、主計室，分二股辦事。
第 5 條
業務一組掌理事項如下：
- 一、進口、郵遞貨物之通關。
- 二、進口稅則預先審核及疑義案件之處理。
- 三、進口貨物補稅、免稅、押款、退款、按月彙繳、先放後稅、分期繳納關稅、暫准通關案件及艙單之處理。
- 四、進口報單審核、副本核發及貨物稅完（免）稅證明書之處理。
- 五、進口貨物退運、調換、聲明放棄之處理。
- 六、進出口貨物查驗及貨樣之管理。
- 七、進口報單管理。
- 八、違章及行政救濟案件之處理。
- 九、其他有關進口通關、進出口貨物查驗及稽核事項。
第 6 條
業務二組掌理事項如下：
- 一、出口貨物通關；出口報單審核、副本核發及報單管理；出口貨物退關、註銷及轉船、復運出口案件之處理。
- 二、報關業、運輸業、貨棧業、貨櫃集散站之設立登記及管理。
- 三、違章及行政救濟案件之處理。
- 四、麥寮工業港、麥寮工業區區內廠商之進出口通關業務，港區船舶、貨櫃（物）、車輛之抽核監視。
- 五、關務、緝私法規制（訂）定、修正、廢止之法制作業及法規適用疑義之研議、闡釋。
- 六、緝私案件、私貨及逾期不退運貨物等相關事項之處理。
- 七、復查案件之佐理作業；檢舉、密報案件之登錄及通報；國家賠償案件之處理。
- 八、徵補稅費與處罰鍰案件之保全、催繳、強制執行及限制出境之通報。
- 九、軍警與其他機關移送案件緝私報告之撰寫及行政救濟案件之答辯。
- 十、其他有關出口貨物通關及法務事項。
第 7 條
稽查組掌理事項如下：
- 一、進口、出口、轉運及轉口貨櫃（物）之抽核。
- 二、各類准單（含轉運、轉口）之列印及核發，轉送機動儀檢組抽核作業。
- 三、入出境運輸工具之通關及管理。
- 四、入出境旅客、航（船）員行李之檢查及通關。
- 五、轄區內水域、碼頭之巡緝及倉庫之監管。
- 六、貨棧、貨櫃集散站及保稅倉庫之監管。
- 七、押運業務。
- 八、緝私艇之管理及維護。
- 九、違章及行政救濟案件之處理。
- 十、其他有關稽查事項。
第 8 條
機動儀檢組掌理事項如下：
- 一、進口、出口、轉運、轉口貨櫃（物）之抽核、複驗及儀器檢查。
- 二、入出境旅客、航（船）員行李、郵遞貨物之抽核及複驗。
- 三、情資蒐集、分析及市面查緝。
- 四、貨棧、貨櫃集散站、私貨倉庫、免稅商店及保稅相關處所貨物之抽核。
- 五、電子封條監控系統之管理及維護。
- 六、貨櫃檢查儀、輻射偵測儀等查緝設備之管理及維護。
- 七、輻射證照人員、儀器操作人員之訓練及管理。
- 八、事後稽核案件之處理。
- 九、緝毒犬隊執勤（搜索、偵測）及管理。
- 十、其他有關機動查緝及儀檢事項。
第 9 條
保稅組掌理事項如下：
- 一、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心及免稅商店等保稅區之設立登記、變更及管理。
- 二、加工出口區、科學工業園區等監管保稅區之查核及管理。
- 三、自由貿易港區之查核及管理。
- 四、保稅區貨物之進出口通關。
- 五、保稅貨物進出口報單審核、副本核發及報單管理。
- 六、進儲保稅區逾期不報關及逾期不退運貨物之處理。
- 七、優質企業之認證、驗證及管理。
- 八、違章及行政救濟案件之處理。
- 九、進口原料稅自行具結記帳之辦理。
- 十、其他有關保稅事項。