第 5 條
本署設下列組、室：
- 一、綜合規劃組，分四科辦事。
- 二、通關業務組，分四科辦事。
- 三、關務查緝組，分六科辦事。
- 四、稽核業務組，分四科辦事。
- 五、稅則法制組，分五科辦事。
- 六、關務資訊組，分六科辦事。
- 七、秘書室，分五科辦事。
- 八、人事室，分三科辦事。
- 九、政風室，分二科辦事。
- 十、會計室，分三科辦事。
- 十一、統計室，分三科辦事。
- 十二、督察室，分四科辦事。
第 6 條
綜合規劃組掌理事項如下：
- 一、國際關務相關業務之執行及國際組織活動之參與。
- 二、年度施政方針、年度施政計畫、中程施政計畫、先期作業、中長程個案計畫之研擬、規劃及協調。
- 三、施政報告、重大個案計畫之管制、考核及評估。
- 四、研究發展工作之規劃、研析、推動及管考。
- 五、出版品之審核及評估。
- 六、特別關稅相關事項。
- 七、其他有關綜合規劃事項。
第 7 條
通關業務組掌理事項如下：
- 一、通關業務政策、法令訂定、修正、解釋之研擬及相關業務之督導。
- 二、進口、出口、轉口、轉運貨物（櫃）通關業務。
- 三、快遞貨物通關業務。
- 四、郵遞物品通關業務。
- 五、出、入境旅客行李通關業務。
- 六、通關相關業者管理法規訂修之研議。
- 七、規費之徵收、代徵及邊境管理代辦事項。
- 八、關稅配額政策及法令之研擬。
- 九、優質企業制度之規劃及管理。
- 十、其他有關通關業務事項。
第 8 條
關務查緝組掌理事項如下：
- 一、查緝政策、法令訂定、修正、解釋之研擬及相關業務之督導。
- 二、智慧財產權邊境保護業務之規劃、執行及督導。
- 三、國內外情資蒐集、分析、交流及走私漏稅密報案件之處理。
- 四、廠商風險管理基準之訂定、維護及執行，進出口報單篩選系統、其他風險資料庫與風險系統之建置、維護及運作。
- 五、風險分析、貨物移動安全及廠商守法評估作業。
- 六、邊境安全相關計畫之執行及督導。
- 七、緝毒犬培育及訓練業務之規劃及執行。
- 八、緝毒犬隊及嗅源管理業務之規劃、執行及督導。
- 九、其他有關關務查緝事項。
第 9 條
稽核業務組掌理事項如下：
- 一、估價制度、法令之研擬及相關業務之督導。
- 二、進口貨物國內外價格資料庫之規劃及管理。
- 三、貨物估價預先審核案件之處理。
- 四、事後稽核業務之規劃、選案交查及欠稅案件之追蹤管控。
- 五、保稅政策、法令訂定、修正、解釋之研擬及保稅區相關業務之督導。
- 六、自由貿易港區、其他免稅區之關稅政策、通關作業程序規劃、法令訂定、修正、解釋之研擬及相關業務之督導。
- 七、其他有關稽核業務事項。
第 10 條
稅則法制組掌理事項如下：
- 一、關稅稅率政策及制度之規劃。
- 二、進口稅則分類疑義之解釋及各關進口稅則預先審核案件之複核。
- 三、進口稅則、稅率之修正及機動稅率之研擬。
- 四、關稅減讓談判關稅議題之研議。
- 五、法規案件之審查、法規疑義之研議、闡釋及國家賠償案件之擬議。
- 六、其他有關稅則法制事項。
第 11 條
關務資訊組掌理事項如下：
- 一、本署及所屬機關資訊應用服務策略之規劃、協調推動。
- 二、海空運進口與出口通關應用系統之規劃、設計及管理。
- 三、關務行政應用系統之規劃、設計及管理。
- 四、本署及所屬機關資訊應用環境之規劃、管理。
- 五、資訊預算之編列與管理、資訊推廣服務及教育訓練。
- 六、本署及所屬機關資訊資通安全之規劃、推動。
- 七、其他有關關務資訊事項。