第 4 條
本關設下列組、室、分關：
- 一、業務一組，分三課七股辦事。
- 二、業務二組，分四課十五股辦事。
- 三、稽查組，分三課八股三艇辦事。
- 四、儀檢組，分三課九股辦事。
- 五、機動稽核組，分二課五股辦事。
- 六、法務緝案組，分三課二股辦事。
- 七、秘書室，分六股辦事。
- 八、人事室，分三股辦事。
- 九、政風室，分二股辦事。
- 十、主計室，分三股辦事。
- 十一、資訊室，分三股辦事。
- 十二、小港分關，分六課十八股辦事。
- 十三、旗津分關，分三課十股辦事。
- 十四、高雄機場分關，分四課十六股辦事。
- 十五、嘉南分關，分五課十二股辦事。
第 5 條
業務一組掌理事項如下：
- 一、進口、出口、轉運及郵遞貨物之通關。
- 二、進口稅則預先審核及疑義案件之處理。
- 三、進口貨物保稅、補稅、免稅、押款、退款、按月彙繳、分期繳納關稅及暫准通關案件之處理。
- 四、進出口報單審核、管理、副本核發及貨物稅完（免）稅照之處理。
- 五、進口貨物退運、調換、聲明放棄及出口貨物退關、註銷、轉船之處理。
- 六、進出口貨物化驗、鑑定及貨樣之管理。
- 七、優質企業之認證、驗證及管理。
- 八、報關、運輸、倉儲、貨櫃集散站及其他與通關業務相關業者之設立登記及管理。
- 九、違章及行政救濟案件之處理。
- 十、其他有關進出口貨物通關事項。
第 6 條
業務二組掌理事項如下：
- 一、進口、出口、轉運及轉口貨物之通關。
- 二、進口貨物保稅、補稅、免稅、押款、退款、按月彙繳、分期繳納關稅、暫准通關案件及艙單之處理。
- 三、出口報單審核、管理、副本核發及貨物稅完（免）稅照之處理。
- 四、進口貨物退運、調換、聲明放棄及出口貨物退關、註銷、轉船之處理。
- 五、進出口貨物化驗、鑑定及貨樣之管理。
- 六、貨棧、貨櫃集散站、倉庫及物流中心之監管。
- 七、押運及碼頭之巡緝。
- 八、入出境運輸工具之通關及管理。
- 九、違章及行政救濟案件之處理。
- 十、其他有關轄區業務事項。
第 7 條
稽查組掌理事項如下：
- 一、進口、出口、轉運及轉口貨櫃（物）之抽核。
- 二、入出境運輸工具之通關及管理。
- 三、入出境旅客、船員行李之檢查及通關。
- 四、轄區內水域、碼頭之巡緝及倉庫之監管。
- 五、押運業務。
- 六、緝私船舶與車輛等查緝設備之管理及維護。
- 七、違章及行政救濟案件之處理。
- 八、其他有關稽查事項。
第 8 條
儀檢組掌理事項如下：
- 一、進口、出口、轉運及轉口貨櫃之儀器、人工查核。
- 二、輻射偵測及安全防護之處理。
- 三、貨櫃檢查儀、輻射偵測儀等查緝設備之管理及維護。
- 四、輻射證照人員之訓練及管理。
- 五、儀器操作人員之訓練及管理。
- 六、其他有關儀檢事項。
第 9 條
機動稽核組掌理事項如下：
- 一、進口、出口、轉運、轉口貨櫃（物）之抽核及複驗。
- 二、入出境旅客、船員行李、郵遞貨物之抽核及複驗。
- 三、情資蒐集、分析及市面查緝。
- 四、貨棧、貨櫃集散站、私貨倉庫、免稅商店及保稅相關處所貨物之抽核。
- 五、事後稽核案件之處理。
- 六、違章及行政救濟案件之處理。
- 七、緝毒犬隊執勤（搜索、偵測）及管理。
- 八、其他有關機動查緝及稽核事項。
第 10 條
法務緝案組掌理事項如下：
- 一、關務、緝私法規制（訂）定、修正、廢止之法制作業及法規適用疑義之研議、闡釋。
- 二、緝私案件之控管、處分書之核發及送達。
- 三、復查案件之佐理作業。
- 四、檢舉、密報案件之登錄及通報。
- 五、國家賠償事件之處理。
- 六、徵補稅費與處罰鍰案件之保全、催繳、強制執行及限制出境之通報。
- 七、軍警與其他機關移送案件緝私報告之撰寫及行政救濟案件之答辯。
- 八、私貨與逾期不退運貨物之查核估價、標售、銷毀及倉庫管理。
- 九、緝案獎金之核算、分配及核發。
- 十、其他有關法務緝案事項。
第 11 條
秘書室掌理事項如下：
- 一、印信典守及文書、檔案之管理。
- 二、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
- 三、國會聯絡、媒體公關事務之政策規劃、研擬、執行及管考。
- 四、工友（含技工、駕駛）之管理。
- 五、不屬其他各組、室、分關事項。
第 16 條
小港分關掌理轄區內事項如下：
- 一、進口、出口、轉運及轉口貨物之通關。
- 二、進口貨物保稅、補稅、免稅、押款、退款、按月彙繳、分期繳納關稅、暫准通關案件及艙單之處理。
- 三、出口報單審核、管理、副本核發及貨物稅完（免）稅照之處理。
- 四、進口貨物退運、調換、聲明放棄及出口貨物退關、註銷、轉船之處理。
- 五、進出口貨物化驗、鑑定及貨樣之管理。
- 六、貨棧、貨櫃集散站、倉庫及物流中心之監管。
- 七、押運及碼頭之巡緝。
- 八、入出境運輸工具之通關及管理。
- 九、違章及行政救濟案件之處理。
- 十、其他有關轄區關務事項。
第 17 條
旗津分關掌理轄區內事項如下：
- 一、進口、出口、轉運及轉口貨物之通關。
- 二、進口貨物保稅、補稅、免稅、押款、退款、按月彙繳、分期繳納關稅、暫准通關案件及艙單之處理。
- 三、出口報單審核、管理、副本核發及貨物稅完（免）稅照之處理。
- 四、進口貨物退運、調換、聲明放棄及出口貨物退關、註銷、轉船之處理。
- 五、進出口貨物化驗、鑑定及貨樣之管理。
- 六、貨棧、貨櫃集散站、倉庫及物流中心之監管；押運及碼頭之巡緝。
- 七、自由貿易港區業務。
- 八、入出境運輸工具之通關及管理。
- 九、違章及行政救濟案件之處理。
- 十、其他有關轄區關務事項。
第 18 條
高雄機場分關掌理轄區內事項如下：
- 一、進口、出口、轉運及轉口貨物之通關。
- 二、進口貨物保稅、補稅、免稅、押款、退款、按月彙繳、分期繳納關稅、暫准通關案件及艙單之處理。
- 三、進出口報單審核、管理、副本核發及貨物稅完（免）稅照之處理。
- 四、進口貨物退運、調換、聲明放棄及出口貨物退關、註銷、轉機（船）之處理。
- 五、進出口貨物化驗、鑑定及貨樣之管理。
- 六、貨棧、倉庫、免稅商店及離島免稅購物商店之監管；押運及高雄國際機場、離島小三通口岸之巡緝。
- 七、入出境旅客、航（船）員行李及運輸工具之檢查、通關。
- 八、違章及行政救濟案件之處理。
- 九、其他有關轄區關務事項。