第 4 條
本局設下列科、室及稽徵所: 一、綜合規劃科,分二股辦事。 二、服務科,分三股辦事。 三、稅務資訊科,分六股辦事。 四、審查一科,分六股辦事。 五、審查二科,分四股辦事。 六、審查三科,分三股辦事。 七、審查四科,分三股辦事。 八、徵收科,分四股辦事。 九、法務一科,分三股辦事 十、法務二科,分三股辦事。 十一、秘書室,分四股辦事。 十二、人事室,分三股辦事。 十三、政風室,分三股辦事。 十四、主計室,分三股辦事。 十五、監察室,分三股辦事。 十六、新興稽徵所,分四股辦事。 十七、鹽埕稽徵所,分四股辦事。 十八、苓雅稽徵所,分四股辦事。 十九、鼓山稽徵所,分四股辦事。 二十、楠梓稽徵所,分四股辦事。 二十一、前鎮稽徵所,分四股辦事。 二十二、小港稽徵所,分四股辦事。 二十三、左營稽徵所,分四股辦事。 二十四、旗山稽徵所,分四股辦事。 二十五、岡山稽徵所,分四股辦事。
第 5 條
綜合規劃科掌理事項如下: 一、本局業務方針、施政計畫及作業手冊之彙編。 二、研究發展工作之規劃、研析、推動及管考。 三、重要業務之協調及聯繫。 四、稽徵業務考核及公文檢核作業。 五、各稅審查案件之複核。 六、其他有關綜合規劃事項。
第 6 條
服務科掌理事項如下: 一、納稅服務業務之規劃、執行、督導及管制。 二、國稅稅政法令宣導之規劃、執行、督導及管制。 三、華僑與外國人所得稅稽徵業務之規劃、收件、查核及徵收。 四、媒體公關事務之政策規劃、研擬、執行及管考。 五、其他有關服務管理事項。
第 7 條
稅務資訊科掌理事項如下: 一、稅務應用系統維運及支援系統整體規劃。 二、本局與所屬機關資訊應用服務策略之規劃及協調推動。 三、稅務及行政資訊服務平台之維運管理。 四、本局與所屬機關資訊應用環境之規劃及管理。 五、本局與所屬機關資訊資通安全之規劃及推動。 六、各項課稅資料之蒐集、登錄、整理、通報運用及保管。 七、其他有關稅務資訊事項。
第 9 條
審查二科掌理事項如下: 一、綜合所得稅稽徵作業之規劃及督導。 二、扣繳、非扣繳作業之規劃及督導。 三、執行業務者、補習班、幼稚園、托兒所案件之規劃、查核、督導及管制。 四、個案調查案件之規劃、查核及管制。 五、遺產及贈與稅稽徵作業之規劃、督導及案件之查核、管制。 六、綜合所得稅、遺產及贈與稅相關稅務法令之請釋及解答。 七、其他有關綜合所得稅、遺產及贈與稅事項。
第 10 條
審查三科掌理事項如下: 一、證券交易稅、期貨交易稅、貨物稅、菸酒稅、特種貨物及勞務稅稽徵作業之規劃、執行及管制。 二、檢舉、違章案件之規劃、查核及督導。 三、虛報薪資案件之查核。 四、證券交易稅、期貨交易稅、貨物稅、菸酒稅、特種貨物及勞務稅相關稅務法令疑義之請釋及解答。 五、其他有關檢舉業務、證券交易稅、期貨交易稅、貨物稅、菸酒稅、特種貨物及勞務稅事項。
第 11 條
審查四科掌理事項如下: 一、營業稅稽徵作業之規劃、督導及管制。 二、營業稅案件之查核。 三、開立不實統一發票營業人案件之查核及督導。 四、記帳及報稅代理業務人、記帳士執業登錄管理與記帳及報稅代理業務人專業訓練機構之管理。 五、營業稅相關稅務法令疑義之請釋及解答。 六、其他有關營業稅事項。
第 12 條
徵收科掌理事項如下: 一、國稅稅款徵收、劃解、退稅業務之規劃、執行、督導及管制。 二、國稅欠稅清理、稅捐保全、欠稅移送執行等業務之規劃、執行、督導及管制。 三、遺產及贈與稅實物抵繳案件、擔保案件之處理。 四、其他有關徵收事項。
第 13 條
法務一科掌理事項如下: 一、營利事業所得稅、營業稅行政救濟案件之審理及管制。 二、營利事業所得稅、營業稅違章案件之審理、裁罰及管制。 三、違反記帳士法第三十四條案件之審理、處罰及行政救濟之擬議。 四、稅務法令之整理、彙編及適用疑義之研議。 五、刑事訴訟案件之處理(不含開立不實統一發票營業人案件)。 六、國家賠償案件之處理。 七、其他有關營利事業所得稅、營業稅之法務事項。
第 14 條
法務二科掌理事項如下: 一、綜合所得稅、遺產及贈與稅、貨物稅、菸酒稅、證券交易稅、期貨交易稅、特種貨物及勞務稅行政救濟案件之審理及督導。 二、綜合所得稅、遺產及贈與稅、貨物稅、菸酒稅、證券交易稅、期貨交易稅、特種貨物及勞務稅違章案件之審理及裁罰。 三、檢舉人獎金之核發。 四、其他有關綜合所得稅、遺產及贈與稅、貨物稅、菸酒稅、證券交易稅、期貨交易稅、特種貨物及勞務稅之法務事項。