第 2 條
已向海關辦理登記之進出口貨棧、貨櫃集散站、保稅倉庫、物流中心及經海關指定之業者，具備第五條規定之條件，得向海關申請或由海關依職權核准實施自主管理。 前項經海關指定之業者，由關務署公告並刊登行政院公報。
第 3 條
經海關核准實施自主管理之業者，海關得不派員常駐。但於實施初期海關得派員輔導。 經核准實施自主管理之業者，應置二至七名專責人員（含一名主管），辦理自主管理事項，海關並得定期或不定期實施稽核。專責人員名單應於每年一月底前送海關備查。 專責人員應具備下列資格： 一、具有國內外高中或高職以上學校畢業之學歷（含同等學力資格）。 二、通過由海關或由海關審查通過之民間機構舉辦之專業訓練，並取得合格證書。 三、最近五年內無走私違法紀錄。 專責人員每半年應參加由海關或由海關委託民間機構舉辦之專責人員進修講習至少一次，全年累積受訓時數不得低於十六小時。
第 5 條
實施自主管理之業者，應具備下列條件： 一、已設置電腦及相關連線設備，並以電子資料傳輸方式依關務有關法令處理業務。 二、制度完善，營運正常及管理良好；對貨櫃（物）之進儲、提領、存放位置、異動及進出棧（倉）設有完整之電腦控管作業流程。但儲存大宗或種類單純之裸裝貨物者，不在此限。 三、大門警衛室設有電腦並採連線控管貨物進出，且可提供海關線上查核。但保稅工廠附設之自用保稅倉庫，不在此限。 四、大門及依法規應設置之集中查驗區域、貴重物品儲存專用倉間、未經公告准許輸入大陸物品儲放專區內，須設置具備二十四小時連續錄影或動態偵測錄影、供駐庫（稽核）關員線上監看等功能之監視系統。監視錄影檔案應存檔三十日以上，以供海關查核；必要時，應依海關通知延長存檔至九十日以上。但設立於港口機場管制區內以儲存大宗或種類單純裸裝貨物之業者，得經海關核准免設置。 五、業者無積欠已確定之稅額及罰鍰或提供相當擔保。 六、連續滿三年所存儲之貨櫃（物）無私運或嚴重失竊紀錄，且所屬員工無利用職務之便從事走私違法行為者。但有下列情形之一者，得不受三年期間之限制： （一）新申請設立登記之自用保稅倉庫、物流中心、免稅商店或專供存儲免稅商店銷售貨物之保稅倉庫。 （二）港口機場管制區、加工出口區、農業科技園區或科學工業園區之倉儲業，設置未滿三年。 進出口貨棧、貨櫃集散站申請或經海關指定自主管理，除應具備前項各款規定之條件外，並應設有獨立之警衛部門，負責執行貨櫃（物）進出站（倉）之查對、門禁管制及櫃場（倉棧）巡邏；警衛人員需著制服，以資識別。但設立於港口機場管制區內之進出口貨棧，不在此限。
第 6 條
進出口貨棧及貨櫃集散站自主管理事項包括下列各項： 一、進、出口及轉口共同作業項目： （一）巡視貨櫃集散站或進出口貨棧。 （二）啟閉進出口貨棧門鎖。 （三）檢查空貨櫃（含航空貨櫃）進站（棧）儲存。 （四）檢查空貨櫃（含航空貨櫃）放行出站（棧）。 （五）貨櫃（物）查驗、檢驗（疫）配合作業。 （六）貨櫃（物）借道通行作業。 （七）修復、更換實貨櫃作業。 （八）進、出口及轉口貨物加做或更正標記、箱號。 （九）進、出口及轉口貨物看樣、取樣與公證及必要之維護。 （十）更正貨櫃標誌、號碼。 （十一）報告違章、異常案件。 （十二）查對、登記扣存或沒入貨物。 （十三）編製貨櫃堆放動態表。 （十四）登載存貨簿冊及製作存倉貨物日報表。 （十五）海上走廊轉運貨櫃裝卸船作業。 （十六）使用海關封條（含電子封條）加封、核銷作業。 （十七）貨櫃動態電子資料傳輸之查核作業。 （十八）其他經海關核發准單所指示及依關務法規有關規定應辦理事項。 二、進口作業項目： （一）進口貨櫃進站儲存。 （二）進口貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）及貨櫃清單處理作業。 （三）點驗進口貨物進倉。 （四）進口貨櫃（物）放行提領出站。 （五）退運進口貨櫃（物）放行出站（櫃）。 （六）加封保稅貨物放行出站（棧）。 （七）進口貨櫃（物）移站（棧）轉儲。 （八）進口貨櫃（物）轉運其他關區作業。 （九）其他關區轉運進口貨櫃（物）進站（棧）。 （十）簽證破損貨物報告。 （十一）簽證短溢卸報告。 （十二）進口貨物銷毀、破壞作業。 （十三）進口食品加貼中文標示作業。 （十四）查對、登記逾期貨物或聲明放棄貨物。 （十五）查對存站（棧）已列拍賣清單貨物。 （十六）核對扣押或逾期貨物放行通知單並簽章放行。 （十七）機場管制區內進口貨物移倉。 三、出口作業項目： （一）出口貨櫃（物）進站（棧）儲存。 （二）簽證出口貨物進倉申請書並督促傳輸進倉資料至海關。 （三）簽證保稅貨櫃（物）退運出口進站（棧）。 （四）簽證退運進口貨櫃（物）進站（棧）。 （五）已放行出口貨物裝櫃打盤出倉。 （六）加封已放行出口實貨櫃進站（棧）。 （七）已放行出口實貨櫃加裝、分裝、改裝出口貨物。 （八）合裝出口貨物先行裝櫃進站（棧）。 （九）出口貨物重新包裝、加裝或打件進站（棧）。 （十）列印放行貨櫃清單辦理出站（棧）。 （十一）出口貨櫃放行出站作業。 （十二）出口貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）及貨櫃清單處理作業。 （十三）查對出口退關貨物及註銷報關貨物。 （十四）出口退關或註銷報關貨物提領站（棧）。 （十五）「外銷國產貨櫃」進站並簽發進站證明書。 四、轉口作業項目： （一）轉口貨櫃進儲或轉儲。 （二）轉口貨櫃加裝、分裝、改裝或轉口貨物加裝於出口貨櫃。 （三）轉口貨櫃裝船出口。 （四）境外航運中心貨櫃（物）進儲與裝船出口。 （五）轉口貨物之進倉、出倉、打盤或裝櫃作業。 （六）轉口貨物之拆包、分批或加貼航空（郵）標籤作業。 （七）海空聯運轉口貨物之打盤、裝櫃、變更貨物包裝及標記。 （八）空海聯運或空運經內陸轉口貨物之出倉、進倉、打盤、裝櫃、變更貨物包裝及標記。
第 7 條
保稅倉庫之自主管理事項包括下列各項： 一、巡視倉庫。 二、啟閉倉庫門鎖。 三、點驗貨物進倉。 四、查報短溢卸貨物。 五、短溢裝、破損貨物之填報。 六、監視加註或更正貨物標記、箱號。 七、看樣、取樣及公證之監視。 八、監視保稅貨物辦理重整。 九、查對、登記扣存或沒入貨物。 十、查對與登記逾期貨物或聲明放棄貨物。 十一、已列入拍賣清單貨物之查對。 十二、保稅貨物出倉。 十三、使用海關封條（含電子封條）加封、核銷作業。 十四、出倉進口食品加貼中文標示作業。 十五、保稅貨物銷毀、破壞作業。 十六、登載存貨簿冊及按月印製替代存貨簿冊之報表。 十七、各種有關報表文件之編製、核對簽證、造送、登記、整理、歸檔及保管等工作。 十八、報告違章異常案件。 十九、倉庫地腳品完稅提領出倉。 二十、其他經海關核發准單所指示及依關務法規有關規定應辦理事項。
第 8 條
物流中心之自主管理事項包括下列各項： 一、門禁之管控。 二、貨櫃（物）進儲。 三、點驗貨物進倉。 四、短裝溢裝報告之填報。 五、貨物看樣、取樣及公證。 六、貨物重整及簡單加工。 七、貨物帳之登錄及核銷處理。 八、自備封條之加封核銷。 九、貨物委外檢驗、測試。 十、貨物運往課稅區放行運出。 十一、貨物運往保稅區加封放行運出。 十二、出口貨櫃（物）放行運出。 十三、廢料放行運出。 十四、空貨櫃進出之檢查。 十五、貨物盤點。 十六、違章、異常案件之報告。 十七、物流中心貨物通關及進出、儲存之電腦作業系統。
第 9 條
免稅商店之自主管理事項包括下列各項： 一、免稅商店及免稅商店之市區預售中心之巡視。 二、免稅商店設有門鎖者之啟閉。 三、保稅倉庫移倉貨物進儲之點驗。 四、保稅貨物運回保稅倉庫之加封。 五、出境旅客預購貨物進儲機場、港口管制區提貨處之加封及啟封作業。 六、出境旅客預購貨物逾六個月未提領或退貨案件，運回市區免稅商店或免稅商店市區預售中心之加封。 七、使用海關封條（含電子封條）加封、核銷作業。 八、各種有關報表文件之編製、核對簽章、造送、登記、整理、歸檔及保管等工作。 九、違章異常案件之報告。 十、其他經海關核發准單所指示及依關務法規有關規定應辦理事項。
第 10 條
專責人員發現或遇有下列情形之一者，應即向海關報告： 一、進出口貨棧及貨櫃集散站： （一）進（轉）口貨櫃（物）屆時未進站或逾時進站者。 （二）貨櫃（物）有失竊或掉包者。 （三）封條有遺失、破損、斷失、偽造或變造之嫌，封條號碼與貨櫃（物）運送單不符或電子封條讀取比對異常者。 （四）貨櫃（物）運送單經塗改者。 （五）貨櫃（物）有夾藏或夾層者。 （六）放行進口貨物與提單貨名不符者。 （七）進（轉）口貨櫃（物）進錯站（倉）者。 （八）其他異常情形。 二、保稅倉庫： （一）封條有遺失、破損、斷失、偽造或變造之嫌，封條號碼與貨櫃（物）運送單不符或電子封條讀取比對異常者。 （二）進儲貨物有失竊、夾藏或掉包者。 （三）進倉貨物與申報不符者。 （四）放行貨物與准單貨名不符者。 （五）貨櫃（物）運送單經塗改者。 （六）依保稅倉庫設立及管理辦法第四條規定不得進儲之貨物者。 （七）保稅貨物於重整或經許可開箱時發現有短溢裝情事。 （八）存倉未滿二年之保稅貨物，所有人或倉單持有人以書面聲明放棄者。 （九）其他異常情形。 三、物流中心： （一）貨櫃（物）失竊或掉包者。 （二）封條有遺失、破損、斷失、偽造或變造之嫌，封條號碼與貨櫃（物）運送單不符或電子封條讀取比對異常者。 （三）貨櫃（物）運送單經塗改者。 （四）貨櫃（物）有夾藏或夾層者。 （五）貨櫃（物）屆時未進區或逾時進區者。 （六）進出倉貨物與原申報之貨名不符者。 （七）依物流中心貨物通關辦法第四條規定不得進儲之貨物者。 （八）存倉之保稅貨物，遭受水災、風災、火災或其他天然災害而致損毀者。 （九）其他異常情形。 四、免稅商店： （一）封條有遺失、破損、斷失、偽造或變造之嫌，封條號碼與貨櫃（物）運送單不符或電子封條讀取比對異常者。 （二）進儲貨物有失竊、夾藏或掉包者。 （三）貨櫃（物）運送單經塗改者。 （四）進出貨物與運送單不符者。 （五）免稅商店或免稅商店之市區預售中心貨物，遭受水災、風災、火災或其他天然災害而致損毀者。 （六）其他異常情形。